Tutorial Menggunakan ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(mempersingkat tutorial dan tes gambar)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini merangkum urutan tutorial penggunaan dan semua informasi teknis untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.  
[[Berkas:Efirodashboardshort.png|al=|700x700px]]
 
User menggunakan ALELEON Supercomputer melalui EFIRO OnDemand atau disingkat '''EFIRO -''' konsol tampilan grafis (GUI) untuk mengakses ALELEON Supercomputer melalui web browser.  
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Tutorial ALELEON Supercomputer
!Tutorial ALELEON Supercomputer
Baris 8: Baris 10:
|-
|-
|[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#3_-_Job_Composer:_Menjalankan_Komputasi_.28Job_Submission.29 '''Menjalankan komputasi via Job Composer EFIRO''']
|[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#3_-_Job_Composer:_Menjalankan_Komputasi_.28Job_Submission.29 '''Menjalankan komputasi via Job Composer EFIRO''']
* [[SLURM Script ALELEON Supercomputer|'''Panduan mengisi SLURM Script untuk menjalankan job''']]
* [[Optimasi Performa ALELEON Supercomputer|'''Panduan optimasi performa dalam menggunakan ALELEON Supercomputer''']]
|}
|}
== '''Mengenalkan EFIRO OnDemand''' ==
User menggunakan ALELEON Supercomputer melalui EFIRO OnDemand atau disingkat '''EFIRO -''' konsol tampilan grafis (GUI) untuk mengakses ALELEON Supercomputer melalui web browser.
[[Berkas:Efirodashboardshort.png|al=|700x700px]]
---


=== ''Doing the old way?'' Login SSH dan Terminal Linux ===
=== ''Doing the old way?'' Login SSH dan Terminal Linux ===
ALELEON Supercomputer '''tetap membuka akses login SSH''' untuk user yang memilih tampilan terminal Linux EFISON menyediakan [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal|'''tutorial terpisah untuk menggunakan ALELEON Supercomputer melalui terminal''']].  
ALELEON Supercomputer tetap membuka akses login SSH untuk user yang memilih tampilan terminal Linux. EFISON menyediakan tutorial [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal|'''menggunakan ALELEON Supercomputer melalui terminal''']].  


== '''1 - Koneksi VPN dan Login EFIRO''' ==
== '''1 - Koneksi VPN dan Login EFIRO''' ==
Langkah pertama untuk mengakses ALELEON Supercomputer adalah [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''menghubungkan perangkat user ke koneksi VPN ALELEON Supercomputer''']] demi keamanan jaringan dan data user.


Setelah terhubung ke VPN, user dapat mengakses EFIRO melalui alamat:
* Sebelum mengakses ALELEON Supercomputer, user harus [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''terhubung ke koneksi VPN EFISON''']] demi keamanan jaringan dan data user.
 
* Setelah terhubung ke VPN, user mengakses EFIRO melalui alamat berikut, diikuti dengan memasukkan '''username dan password''' akun user.
  '''http://efisonlt.ood'''
  '''http://efisonlt.ood'''
Kemudian masukkan '''username dan password user''' '''ALELEON Supercomputer'''.
== '''2 - Selamat Datang di Dashboard EFIRO''' ==
== '''2 - Selamat Datang di Dashboard EFIRO''' ==
Setelah login, user masuk ke dalam dashboard EFIRO yang menjadi ''central hub'' bagi user untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.   
Setelah login, user masuk ke dalam dashboard EFIRO yang menjadi ''central hub'' untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.   


[[Berkas:Efiromenubarbig.png|al=|800x800px]]
[[Berkas:Efiromenubarbig.png|al=|800x800px]]
Baris 37: Baris 29:


[[Berkas:Efiroftp3.png|al=|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Efiroftp3.png|al=|nirbing|600x600px]]
----


---
* Halaman '''Jobs > Active Jobs''' menampilkan daftar job komputasi beserta statusnya yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer.
* Halaman '''Jobs > Active Jobs''' menampilkan daftar job komputasi beserta statusnya yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer.


[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|nirbing|600x600px]]
----


---
* Halaman '''Clusters > Aleleon Shell Access''' menampilkan terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer.
* Halaman '''Clusters > Aleleon Shell Access''' menampilkan terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer.
[[Berkas:Efiroshell.png|al=|nirbing|400x400px]]
=='''3 - Job Composer: Menjalankan Komputasi (''Job Submission'')'''==
=='''3 - Job Composer: Menjalankan Komputasi (''Job Submission'')'''==
[[Berkas:Efirojobcomposer2.png|al=|nirbing|600x600px]]  
[[Berkas:Efirojobcomposer2.png|al=|nirbing|600x600px]]  


Halaman Jobs > '''Job Composer''' adalah tempat bagi user untuk membuat dan menjalankan komputasi (disebut sebagai '''<nowiki/>'job'''') di Compute Node ALELEON Supercomputer.   
Halaman '''Jobs >''' '''Job Composer''' adalah tempat bagi user untuk membuat dan menjalankan komputasi (disebut sebagai '''<nowiki/>'job'''') di Compute Node ALELEON Supercomputer.   
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menggunakan Job Composer
|-
|1
|[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#1._Membuat_job_baru_dan_memilih_template_job '''Membuat job baru dan memilih template job''']
|-
|2
|[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#2._Mempersiapkan_file_program_yang_akan_dijalankan '''Mempersiapkan file program yang akan dijalankan''']
|-
|3
|[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#3._Mengisi_.28SLURM.29_Submit_Script '''Mengisi Submit Script''']
* [[SLURM Script ALELEON Supercomputer|'''Panduan mengisi Submit Script''']]
|-
|4
|[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#4._Submit_job_dan_memantau_jalannya_job '''Submit Job dan memantau jalannya job''']
|}
----
----


=== 1. Membuat job baru dan memilih template job ===
* '''Compute Node''' adalah bagian server untuk menjalankan komputasi berat. User hanya dapat menggunakan Compute Node via halaman Job Composer. 
User membuat job baru melalui menu '''New Job.'''


[[Berkas:Jcnewjob.png|al=|nirbing|200x200px]]
{| class="wikitable"
 
! colspan="2" |Tutorial Menggunakan Job Composer
Pilihan New Job yang direkomendasikan:
 
* '''From Default Template'''
** Template job default yang dapat digunakan untuk menjalankan job apapun di mana user menulis sendiri perintah jalannya program.
* '''From Template'''
** Tersedia template yang dibuat oleh EFISON untuk menjalankan job software komputasi tertentu seperti GROMACS, QE, NAMD, R, dll dan skenario tertentu seperti MPI, Hybrid MPI/OMP. BLAS, dll.
** User juga dapat membuat template job sendiri.
** User dapat menyampaikan permintaan kepada admin EFISON untuk pembuatan template tertentu.
 
---


==== Opsi From Template ====
SOFTWARE KOMPUTASI SAINTIFIK
Apabila user memilih opsi '''From Template,''' langkah berikutnya adalah memilih template yang akan digunakan dan isi kolom '''Job Name''' untuk kerapian manajemen job user''',''' setelah itu klik '''Create New Job'''.
[[Berkas:Jcselecttemplate2.png|al=|nirbing|600x600px]]
----
----
 
=== 2. Mempersiapkan file program yang akan dijalankan ===
Berikutnya user mempersiapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan program tersebut seperti file input, config, binary program. Tersedia dua opsi: 
 
[[Berkas:Jcjoboption.png|al=|nirbing|600x600px]] 
 
*'''Edit Files'''
** Membuka halaman manajemen file untuk ruang job yang dipilih.
** User dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, editing file script, rename, dll.
[[Berkas:Jcfilemanagement.png|al=|nirbing|600x600px]]
*'''Open Terminal'''
** Membuka ruang job melalui terminal
** Dapat melakukan kebutuhan yang membutuhkan terminal seperti compiling.
----
----
 
=== 3. Mengisi (SLURM) Submit Script ===
Langkah berikutnya adalah mengisi Submit Script (terletak di kanan bawah halaman Jobs). Submit Script adalah bash script yang '''memerintahkan program manajemen superkomputer untuk menjalankan job komputasi user ke Compute Node.''' ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen [https://slurm.schedmd.com/documentation.html '''SLURM'''] sehingga Submit Script ini disebut sebagai '''SLURM Script'''.
 
[[Berkas:Jcsubmits.png|al=|nirbing|400x400px|tepi]]
 
User dapat menulis atau mengubah Submit Script yang telah disediakan melalui menu '''Open Editor'''.
 
[[Berkas:Jceditor.png|al=|nirbing|500x500px]]
 
---
 
==== Mengisi SLURM Script ====
Admin EFISON merangkum panduan lengkap untuk memahami dan mengedit SLURM Script pada laman berikut: 
 
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
 
---
 
==== Jangan Lupa Save Setelah Mengedit Submit Script! ====
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|400x400px]]
----
----
 
=== 4. Submit job dan memantau jalannya job ===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job tersebut dengan menekan tombol '''Submit'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit.png|nirbing|700x700px|al=]]
 
Perhatikan kolom '''Status''' pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:
{| class="wikitable"
|+Status jalannya Job
!Status
!Arti
|-
|-
|Not Submitted
|[[Berkas:R.png|nirbing|150x150px]]
|Job belum pernah dijalankan
|[[Berkas:GROMACS.png|nirbing|250x250px]]
|-
|-
|Running
|[[Berkas:Nwhem.png|nirbing|300x300px]]
|Job berjalan
|[[Berkas:Quantum ogo ok.png|nirbing|300x300px]]
|-
|-
|Queue
|[[Berkas:GAMESS.png|nirbing|300x300px]]
|Job mengantri dan belum berjalan
|[[Berkas:NAMDsof.png|nirbing|300x300px]]
|-
|-
|Completed
|[[Berkas:Orca logo.png|nirbing|180x180px]]
|Job selesai berjalan
|COMCOT
|-
|-
|Failed
|PHASE/0
|Job berhenti di tengah berjalan.
|
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user atau server tiba-tiba mati.
|}
|}
Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
---
==== Melihat Hasil Job yang Selesai ====
Apabila job sudah selesai berjalan, user dapat melihat hasil file yang dihasilkan melalui '''Edit Pages''' atau melihat secara cepat pada kolom '''Folder Contents'''.
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px]]
---
==== Submit Ulang Job ====
User dapat menjalankan ulang job yang sudah selesai dengan mengklik kembali tombol Submit.
{{DEFAULTSORT:tutorial}}
{{DEFAULTSORT:tutorial}}
__TANPADAFTARISI__
__TANPADAFTARISI__

Revisi per 22 Februari 2022 04.36

User menggunakan ALELEON Supercomputer melalui EFIRO OnDemand atau disingkat EFIRO - konsol tampilan grafis (GUI) untuk mengakses ALELEON Supercomputer melalui web browser.

Tutorial ALELEON Supercomputer
Login
Dashboard EFIRO
Menjalankan komputasi via Job Composer EFIRO

Doing the old way? Login SSH dan Terminal Linux

ALELEON Supercomputer tetap membuka akses login SSH untuk user yang memilih tampilan terminal Linux. EFISON menyediakan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer melalui terminal.

1 - Koneksi VPN dan Login EFIRO

  • Setelah terhubung ke VPN, user mengakses EFIRO melalui alamat berikut, diikuti dengan memasukkan username dan password akun user.
http://efisonlt.ood

2 - Selamat Datang di Dashboard EFIRO

Setelah login, user masuk ke dalam dashboard EFIRO yang menjadi central hub untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.

  • Halaman Files > Home Directory menampilkan isi direktori HOME user. User dapat melakukan manajemen file melalui deretan menu di bagian atas halaman seperti upload, download, copy, rename, delete, dll.

---

  • Halaman Jobs > Active Jobs menampilkan daftar job komputasi beserta statusnya yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer.

---

  • Halaman Clusters > Aleleon Shell Access menampilkan terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer.

3 - Job Composer: Menjalankan Komputasi (Job Submission)

Halaman Jobs > Job Composer adalah tempat bagi user untuk membuat dan menjalankan komputasi (disebut sebagai 'job') di Compute Node ALELEON Supercomputer.

  • Compute Node adalah bagian server untuk menjalankan komputasi berat. User hanya dapat menggunakan Compute Node via halaman Job Composer.
Tutorial Menggunakan Job Composer

SOFTWARE KOMPUTASI SAINTIFIK

R.png GROMACS.png
Nwhem.png Quantum ogo ok.png
GAMESS.png NAMDsof.png
Orca logo.png COMCOT
PHASE/0


Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer&oldid=625"