Tutorial Menggunakan ALELEON Supercomputer

Dari ALELEON by EFISON

Revisi sejak 10 Maret 2022 09.33 oleh WilsonLisan (bicara | kontrib) (→‎Job Composer dan Interactive Apps: reformat dan menambah section katalog software dan instalasi mandiri)

User menggunakan ALELEON Supercomputer melalui EFIRO OnDemand atau disingkat EFIRO - konsol tampilan grafis (GUI) untuk mengakses ALELEON Supercomputer melalui web browser.

1. Koneksi VPN dan Login EFIRO

  • Setelah terhubung ke VPN, user mengakses EFIRO melalui alamat berikut, diikuti dengan memasukkan username dan password akun user.
http://efisonlt.ood

2. Dashboard EFIRO

Setelah login, user masuk ke dalam dashboard EFIRO yang menjadi central hub untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.

PENJELASAN MENU DI DASHBOARD EFIRO

Jobs > Job Composer

  • Halaman untuk membuat dan menjalankan komputasi di Compute Node ALELEON Supercomputer.
  • Job Composer berisikan serangkaian template, formulir, dan script untuk menjalankan software komputasi.
  • User dapat melihat semua job yang pernah dijalankan beserta hasilnya pada halaman Job Composer ini.
Halaman Job Composer

Jobs > Active Jobs

  • Menampilkan status dan antrian job komputasi semua user yang sedang berjalan.
Halaman Active Jobs

Interactive Apps

  • Menampilkan daftar software yang bisa diakses secara interaktif (langsung) oleh user.

My Interactive Sessions

  • Menampilkan daftar sesi interaktif user yang sedang aktif dan sudah selesai.

Clusters > Aleleon Shell Access

  • Halaman terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer.
  • Untuk kegiatan yang membutuhkan terminal seperti compiling, membuat environment (user Python, R, GROMACS), dll.
Terminal ALELEON Supercomputer

Files > Home Directory

  • Menampilkan isi direktori HOME user.
  • User dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, copy, rename, delete, dll.
Halaman Home Directory dan menu manajemen file

3A. Menggunakan ALELEON Supercomputer

Terdapat dua metode untuk menjalankan software komputasi di ALELEON Supercomputer:

  • Job Composer
  • Interactive Apps

---

Kredit Core Hour dan sausage

User memerlukan kredit Core Hour untuk menggunakan Job Composer dan Interactive Apps. User dapat mengecek kuota pada kredit Core Hour dengan menjalankan perintah sausage:

  • Buka ALELEON Shell Access melalui dashboard EFIRO Clusters > ALELEON Shell Access.

Shellaccess.png

  • Jalankan perintah "sausage".
Perintah sausage memperlihatkan penggunaan kredit CCH dan GH user

Kuota pada kredit Core Hour akan berkurang sesuai dengan resources CPU / GPU yang dialokasikan user saat menjalankan komputasi di Job Composer atau menggunakan interactive apps.

3B. Job Composer dan Interactive Apps

Halaman Job Composer. Diakses melalui menu Jobs > Job Composer di dashboard EFIRO.
  • Job Composer menjalankan software pada Compute Node - bagian server komputasi ALELEON Supercomputer terkencang untuk menjalankan berbagai level komputasi dari kecil hingga besar.
  • Job Composer bekerja dengan model job submission: software komputasi dijalankan oleh sistem berdasarkan serangkaian template, formulir, dan script yang didefinisikan user.

---


Contoh salah satu interactive apps: Jupyter Notebook, diakses melalui menu Interactive Apps di dashboard EFIRO.
  • Semetara itu, Interactive Apps adalah aplikasi yang dapat dijalankan secara interaktif (langsung) oleh user.
  • Semua software Interactive Apps berjalan pada Interactive Node - bagian server komputasi ALELEON Supercomputer untuk menjalankan semua Interactive Apps
  • Interactive Node mempunyai spesifikasi hardware terbatas sehingga lebih cocok digunakan untuk komputasi skala kecil atau pengujian jalannya software / script. Gunakan Job Composer untuk melakukan komputasi skala besar.

Daftar lengkap khusus untuk software komputasi dan tutorial penggunaannya pada ALELEON Supercomputer melalui Job Composer atau Interactive Apps:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

4. Katalog Software dan Instalasi Software Mandiri

Semua user dapat menggunakan software yang terinstal secara global di ALELEON Supercomputer, baik software komputasi (di atas) maupun software lainnya macam compiler dan library. Daftar lengkap katalog software ALELEON Supercomputer beserta panduan penggunaannya:

Katalog Software ALELEON Supercomputer

User juga dapat melakukan instalasi software secara mandiri di direktori HOME masing-masing dengan dua metode:

EasyBuild

  • Adalah framework untuk instalasi software (build, config, install) HPC secara mudah, otomatis, dan efisien.
  • Mudah yang dimaksud adalah benar-benar cara "malas" dapat melakukan instalasi hanya dengan satu perintah saja.

Instalasi Manual

  • Melakukan instalasi secara 100% manual oleh user
  • Instalasi dilakukan melalui terminal ALELEON Shell Access (dapat dipastikan melalui terminal).

Shellaccess.png

  • Beberapa kondisi yang perlu diperhatikan:
    • User akan melakukan instalasi pada direktori HOME masing-masing. PREFIX HOME adalah /work/nama-akun-user
    • Program yang diinstal pada HOME dapat dgunakan atau dijalankan melalui Job Composer atau Interactive Apps.