ORCA: Perbedaan antara revisi

Revisi per 17 April 2023 10.42

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Modul ORCA

Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul ORCA
Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	Dukungan hardware
Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
4.2.1	orca/4.2.1-OMPI3.1.4	-	V	-	-	V
5.0.3	orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1	V	V	-	-	V

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Menjalankan ORCA

User dapat menjalankan ORCA dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template ORCA yang tersedia:

Template Job Composer ORCA
Nama Template	Penjelasan
ORCA 4.2.1	Menjalankan ORCA versi 4.2.1
ORCA 5.0.3	Menjalankan ORCA versi 5.0.3

SLURM sbatch via Terminal

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan ORCA. Perhatikan nama modul mengacu versi ORCA yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script ORCA

#!/bin/bash

# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : ORCA
# | Versi           : tergantung input user
# | Update script  r: 07/03/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi 
# |    ALELEON Supercomputer lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
# | 
# | 4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU
# |    yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan
# |    parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core. 
# ------------------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job, format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file ORCA dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'

# Memuat modul software ORCA
module load orca////

# DAFTAR MODUL ORCA: 
# ----------------------------------------
# | Nama modul               | Versi ORCA |
# ---------------------------------------- 
# | orca/4.2.1-OMPI3.1.4     | 4.2.1      |
# | orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1  | 5.0.3      |
# ----------------------------------------

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Menyimpan full PATH orca dengan which
RUN_ORCA=$(which orca)

# Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH)
${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE}

Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.

Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end

mail-user
- Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
mail-type=begin
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
mail-type=end
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
- Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.

@@ Baris 3: / Baris 3: @@
 [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal '''ORCA'''] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode ''electronic structure'' seperti ''density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories'', dll.
-== '''Versi yang Tersedia''' ==
+== '''Modul ORCA''' ==
+Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
 {| class="wikitable"
-!Versi
+|+Modul ORCA
-!Dukungan MPI
+! rowspan="2" |Versi
-!Dukungan Hardware
+! rowspan="2" | Nama modul
+! rowspan="2" |Modul
+DEFAULT
+! colspan="4" |Dukungan hardware
+|-
+!CPU
+!GPU
+!OMP
+Threading
+! MPI
+multi-node
 |-
 |4.2.1
-|Pure MPI
+|orca/4.2.1-OMPI3.1.4
-|CPU, multi-node
+| -
+| V
+| -
+| -
+|V
+|-
+|5.0.3
+|orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1
+|V
+|V
+| -
+| -
+|V
 |}
 == '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' ==
 Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':
----
+=== '''!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal''' ===
-=== '''Maksimal 8 Core: !PAL''' ===
 Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:
   ! B3LYP 6-31G(D) OPT '''PAL4'''
 Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
----
+=== '''%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU''' ===
-=== '''Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS''' ===
 Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:
   ! B3LYP 6-31(D) OPT
@@ Baris 33: / Baris 51: @@
 == '''Menjalankan ORCA''' ==
-User menjalankan ORCA pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
+User dapat menjalankan ORCA dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
+=== [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20Job%20Composer|EFIRO Job Composer]]===
-[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
+Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template ORCA yang tersedia:
-=== 1. Memilih template ORCA ===
-* Klik '''New Jobs > From Template.'''
-* Pilih template ORCA yang dibutuhkan.
-* isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
-[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
----
-[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
 {| class="wikitable"
-|+Template ORCA yang tersedia
+|+Template Job Composer ORCA
 !Nama Template
 !Penjelasan
 |-
 |ORCA 4.2.1
-|Template standar ORCA versi 4.2.1
+|Menjalankan ORCA versi 4.2.1
+|-
+|ORCA 5.0.3
+|Menjalankan ORCA versi 5.0.3
 |}
----
+===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#3%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20SLURM|SLURM sbatch via Terminal]]===
+Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan ORCA. Perhatikan nama modul mengacu versi ORCA yang akan digunakan.
-=== 2. Mempersiapkan file input ORCA ===
-[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
-* User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input ORCA''' melalui menu '''Edit Files.'''
-* Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-orca.sh.'''
----
-=== 3A. Melengkapi Submit Script Template ===
-[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
-* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan:
-**Parameter SBATCH.
-**Nama file input ORCA.
-*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
-[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
-[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
----
-=== 3B. Menjalankan ORCA Multi-Node (>128 core thread CPU) ===
-ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
 {| class="wikitable"
-![[MPI ALELEON Supercomputer]]
+!Contoh SLURM Submit Script ORCA
 |-
 |
-* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
+ #!/bin/bash
-|}
----
+ # ------------------------------------------------------------------------
-===4. Menjalankan Job===
+ # | Template SLURM Submit Script
-Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
+ # | Software        : ORCA
+ # | Versi           : tergantung input user
-[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
+ # | Update script  r: 07/03/2023
-*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
+ # |
-{| class="wikitable"
+ # | NOTES:
-!Status
+ # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
-!Arti
+ # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
-|-
+ # |    sekiranya perlu diubah.
-|Not Submitted
+ # | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
-|Job belum pernah dijalankan.
+ # |    ALELEON Supercomputer lihat:
-|-
+ # |    <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
-|Running
+ # |
-|Job berjalan.
+ # | 4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU
-|-
+ # |    yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan
-|Queue
+ # |    parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core.
-|Job mengantri dan belum berjalan.
+ # ------------------------------------------------------------------------
-|-
-|Completed
+ # --------------------------------------------------
-|Job selesai berjalan.
+ # Alokasi komputasi, modul software, dan file input
-|-
+ # --------------------------------------------------
-|Failed
-|Job berhenti di tengah jalan,
+ # Alokasi jumlah compute node
-Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
+ #SBATCH --nodes=////
+ # Alokasi jumlah core thread CPU
+ #SBATCH --ntasks=////
+ # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
+ #SBATCH --mem=////GB
+ # Alokasi limit waktu menjalankan job, format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
+ #SBATCH --time=////
+ # Definisi file untuk menampung output terminal
+ #SBATCH --output=result-%j.txt
+ # Definisi file untuk menampung output error log
+ #SBATCH --error=error-%j.txt
+ # Nama input file ORCA dengan format file-nya
+ INPUT_FILE='////.inp'
+ # Memuat modul software ORCA
+ module load orca////
+ # DAFTAR MODUL ORCA:
+ # ----------------------------------------
+ # | Nama modul               | Versi ORCA |
+ # ----------------------------------------
+ # | orca/4.2.1-OMPI3.1.4     | 4.2.1      |
+ # | orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1  | 5.0.3      |
+ # ----------------------------------------
+ # -------------------------------------------------
+ # RUN SCRIPT
+ # -------------------------------------------------
+ # Menyimpan full PATH orca dengan which
+ RUN_ORCA=$(which orca)
+ # Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH)
+ ${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE}
 |}
-*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
-*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
----
-===5. Melihat hasil job yang selesai===
-Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
-[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]
+== '''Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email''' ==
+SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user '''untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai'''. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email '''Jojo''' untuk mengirim notifikasi email.
----
+Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
+ #SBATCH --mail-user=<''alamat-email-user''>
+ #SBATCH --mail-type=begin
+ #SBATCH --mail-type=end
-===6. Submit ulang job===
+* '''mail-user'''
-User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
+** Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
+* '''mail-type=begin'''
+** Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
+* '''mail-type=end'''
+** Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
+** Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas