OpenMX

OpenMX adalah software package untuk simulasi material skala nano berdasarkan DFT (Density Functional Theories), norm-conserving pseudopotensials, dan pseudo-atomic localized basis functinons. OpenMX merupakan software tidak berbayar dengan lisensi GNU GPLv3.

Modul OpenMX

Berikut adalah detail versi OpenMX yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul OpenMX

Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	Dukungan hardware
			CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
3.9.9	openmx/3.9.9-GCC11.3-AOCL4.0	V	V	-	V	V

DATA.PATH pada File Input

User wajib mendefinisikan DATA.PATH berikut pada file input supaya OpenMX dapat berjalan. Daftar DATA.PATH per versi OpenMX lihat tabel di bawah.

DATA.PATH        <data-path-OpenMX>

Daftar DATA.PATH OpenMX

Versi	DATA.PATH
3.9.9	/comp/openmx/3.9.9-GCC11.3-AOCL4.0/DFT_DATA19

Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan OpenMX

OpenMX dapat berjalan melalui metode paralelisasi MPI, threading OpenMP (OMP), atau Hybrid MPI/OMP. ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada SLURM Submit Script (lihat subbab Menjalankan OpenMX):

• SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.

#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP

• Apabila ingin Pure MPI maka isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1.

# Pure MPI 
#SBATCH --ntasks=<isi-sesuai-keinginan>
#SBATCH --cpus-per-task=1

• Apabila ingin Hybrid MPI/OMP maka isi kedua parameter tersebut. Perlu diingat bahwa total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task. Contoh berikut menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:

# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --cpus-per-task=4

• Apabila ingin Pure OMP maka isi jumlah ntasks dengan 1.

# Pure OMP 
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=<isi-sesuai-keinginan>

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

• Job submission terminal
  • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
• Job submission web EFIRO
  • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal
1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan. Perhatikan DATA.PATH pada file input. User dapat upload / download file dengan software FTP.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya. Template OpenMX #!/bin/bash # ----------------------------------------------------- # Template SLURM Submit Script # OpenMX | rev.080124 # # NOTES: # 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # 2. Template ini bersifat referensi. # User dapat mengubah bagian yang perlu diubah. # 3. Perhatikan rate CCH = ntasks * cpus-per-task. # ----------------------------------------------------- # ----------------------------------------------------- # Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module # ----------------------------------------------------- # Alokasi jumlah core thread CPU, mewakili jumlah task MPI #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah thread OMP per task MPI #SBATCH --cpus-per-task=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal program #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file OpenMX yang dijalankan INPUT_FILE='////.dat' # Memuat modul software OpenMX # Daftar modul lihat subbab "Modul OpenMX" di atas module load openmx//// # ---------------------------------------------------- # Script jalannya program # ---------------------------------------------------- # Definisi threading OMP export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK} # Perintah menjakankan OpenMX mpirun -np ${SLURM_NTASKS} openmx ${INPUT_FILE}
*Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan: Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit. Spesifikasi sistem dan software komputasi. Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: $ slimit-hybmpi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: $ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: $ squeue -ul $USER Daftar ST (STATE) menunjukkan status jalannya job: STATE Penjelasan R (RUN) Job berjalan PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON) CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up CA (CANCELED) Job dibatalkan user PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: $ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO
1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO. Pilih menu New Job -> From Template
3
Pilih template OpenMX yang diinginkan Nama Template Penjelasan OpenMX 3.9.9 Menjalankan OpenMX 3.9.9 Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job
4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan. Upload file melalui menu Edit Files Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan software FTP. Perhatikan DATA.PATH pada file input.
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor. Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. Ikuti petunjuk NOTES didalamnya Klik Save setiap kali mengubah script.
Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan: Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit. Spesifikasi sistem dan software komputasi. Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal: $ slimit-hybmpi
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit. Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job. Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop. Job completed dapat dijalankan kembali dengan Submit. Daftar status job: Status Arti Not Submitted Job belum pernah dijalankan. Running Job berjalan. Queue Job mengantri dan belum berjalan. Completed Job selesai berjalan. Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user Untuk melihat alasan queue:#Buka app Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents Atau dengan membuka Edit Files Kolom Folder Contents.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com