COMCOT: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(paraphrasing)
Baris 126: Baris 126:
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''


Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
! colspan="2" |--- Daftar ST (STATE) Job ---
|-
|-
!STATE
!STATE
Baris 195: Baris 194:
|-
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
[[Berkas:Jcjoboption.png|nirbing|400x400px]]
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
*Upload file melalui menu '''<code>Edit Files</code>'''
*Upload file melalui menu '''<code>Edit Files</code>'''
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
Baris 218: Baris 217:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal:
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui '''<code>Open Terminal</code>''':
  '''$ slimit-ser'''
  '''$ slimit-ser'''
|-
|-
Baris 224: Baris 223:
|-
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|400x400px]]
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
*''Job completed dapat dijalankan kembali dengan '''<code>Submit</code>'''.''
*''Job completed dapat dijalankan kembali dengan '''<code>Submit</code>'''.''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |--- Daftar Status Job ---
! colspan="2" |Daftar Status Job ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
|-
|-
!Status
!Status
Baris 257: Baris 256:
|-
|-
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|}
|}

Revisi per 17 Juli 2024 08.58

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

1.7 comcot/1.7cpu V - - -

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand atau kembangkan)

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Template Submit Script COMCOT 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# COMCOT | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software COMCOT
# Daftar modul lihat subbab "Modul COMCOT" di atas 
module load comcot////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan COMCOT
comcot
*Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-ser
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer New Pinnedapps jc.png di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template COMCOT yang diinginkan
Nama Template Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

JC job menu.png

  • Upload file melalui menu Edit Files
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.

  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
  • Klik Save setiap kali mengubah script.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui Open Terminal: 

$ slimit-ser
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.

  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.
  • Job completed dapat dijalankan kembali dengan Submit.
Daftar Status Job (klik expand atau kembangkan)
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Untuk melihat alasan queue:
  1. Buka app Active Jobs Pinnedapps activejobs.pngdi homepage EFIRO.
  2. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=COMCOT&oldid=1576"