COMCOT: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Job Submission Web EFIRO: menambah langkah menghapus job)
Baris 196: Baris 196:
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
*Upload dan edit file melalui menu '''<code>Edit Files</code>'''
*Menu '''<code>Edit Files</code>''' -> upload / download / edit file
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Menjalankan slimit (langkah 5B) melalui menu '''<code>Open Terminal</code>'''
*Menu '''<code>Open Terminal</code>''' -> menjalankan perintah slimit (langkah 5B)
|-
|-
!5A
!5A
Baris 205: Baris 205:
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
|-
|-
Baris 228: Baris 228:
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
*''Job completed dapat dijalankan kembali dengan '''<code>Submit</code>'''.''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Daftar Status Job ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
! colspan="2" |Daftar Status Job ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
Baris 250: Baris 249:
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|-
|-
| colspan="2" |'''Untuk melihat alasan queue:'''
| colspan="2" |'''Melihat alasan queue:'''
#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
#[[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
#[[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
Baris 260: Baris 259:
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
!8
|-
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
* Pilih ruang job yang akan dihapus.
* Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|400x400px]]
|}
|}
== '''Pelaporan Kendala dan Support''' ==
== '''Pelaporan Kendala dan Support''' ==

Revisi per 17 Juli 2024 09.27

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

1.7 comcot/1.7cpu V - - -

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Template Submit Script COMCOT (klik expand / kembangkan) 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# COMCOT | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software COMCOT
# Daftar modul lihat subbab "Modul COMCOT" di atas 
module load comcot////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan COMCOT
comcot
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-ser
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer New Pinnedapps jc.png di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template COMCOT yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU) Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

JC job menu.png

  • Menu Edit Files -> upload / download / edit file
  • Menu Open Terminal -> menjalankan perintah slimit (langkah 5B)
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.

  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui Open Terminal: 

$ slimit-ser
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.

  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.
Daftar Status Job (klik expand atau kembangkan)
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Melihat alasan queue:
  1. Buka app Active Jobs Pinnedapps activejobs.pngdi homepage EFIRO.
  2. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=COMCOT&oldid=1579"