GROMACS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(paraphrasing info menjalankan GPU)
(major formatting dan info GROMACS versi 2022.4)
Baris 63: Baris 63:
** [https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html '''Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation''']  
** [https://manual.gromacs.org/current/user-guide/mdrun-performance.html '''Getting good performance from mdrun — GROMACS 2021.1 documentation''']  
** '''[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog].'''
** '''[https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020 Creating Faster Molecular Dynamics Simulations with GROMACS 2020 | NVIDIA Developer Blog].'''
=='''Menjalankan GROMACS'''==
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
*'''Job submission terminal'''
** ''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
*'''Job submission web EFIRO'''
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
===Job Submission Terminal===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GROMACS di Terminal
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
|-
|'''0'''
!1
|
|-
=====Login SSH=====
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].  
|-
!2
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
!3
|-
|-
|'''1'''
|Buat parameter GROMACS untuk menjalankan komputasi:
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
==== Menyiapkan Input Parameter GROMACS ====
User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:
 
* Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan sebelum submit job.
* Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:  
 
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menyiapkan Input Parameter
|1
|Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai..
'''$ module load ''[nama-modul-GROMACS]'''''
''Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.''
|-
|-
|'''1'''
|2
|Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan.
|Gunakan perintah '''<code>gmx_mpi</code>''' untuk membuat parameter GROMACS.
  $ module load '''''<nama-modul-software-GROMACS>'''''
Contoh menggunakan pdb2gmx:
Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.
  $ '''gmx_mpi''' pdb2gmx ''[parameter-input-output]''
|}
|-
!4A
|-
|-
|'''2'''
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|Buat parameter GROMACS dengan perintah '''<code>gmx_mpi</code>'''. Contoh menggunakan pdb2gmx:
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
$ gmx_mpi pdb2gmx ''<parameter_input_dan_output>''
|-
|}
!
|-
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
|-
|-
|'''2'''
!
|Berikutnya buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
$ nano my_job_submission.sh
|-
|-
| rowspan="2" |'''3'''
|
|
=====Template SLURM Submit Script GROMACS=====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS versi CPU  
!Template Submit Script GROMACS versi CPU
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 161: Baris 163:
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 1 GPU
!Template Submit Script GROMACS versi GPU
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
#!/bin/bash


# -----------------------------------------------------
# --------------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 1 GPU) | rev.080124
# GROMACS (dengan akselerasi 1 GPU) | rev.180724
#  
#  
# NOTES:  
# NOTES:  
Baris 174: Baris 176:
# 2. Template ini bersifat referensi.
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
# 3. Rekomendasi performa optimal:
#   ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
# --------------------------------------------------------
#
# | gpus | ntasks | cpus-per-task | mem | rate          |
#    Template ini menggunakan rate komputasi
# | ------------------------------------------------------
#    64 CCH/jam dan 1 GH/jam.
# | 1   | 8      | 8            | 16GB | 64cch+1gh/jam |
# -----------------------------------------------------
# | 2   | 8      | 4            | 16GB | 32cch+2gh/jam |
# --------------------------------------------------------
#    (saran diatas tidak wajib dijalankan)
# --------------------------------------------------------


# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
Baris 189: Baris 194:


# Alokasi jumlah core thread CPU
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --ntasks=////


# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --cpus-per-task=////


# Alokasi jumlah GPU
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=1
#SBATCH --gpus=////


# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB
#SBATCH --mem=////


# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Alokasi limit waktu menjalankan job
Baris 224: Baris 229:
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}


# Perintah menjalankan GROMACS
# Perintah menjalankan GROMACS 1 GPU dan multiple GPU
gmx_mdi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
if [ $SLURM_GPUS -eq 1 ]
</syntaxhighlight>
then
|}
echo "Terdeteksi running GROMACS dengan 1 GPU"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
gmx_mdi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
!Template SLURM Submit Script untuk GROMACS dengan 2 GPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 2 GPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Disarankan untuk tidak mengubah jumlah parameter
#    ntasks, gpus, mem, dan OMP untuk hasil optimal.
#
#    Template ini menggunakan rate komputasi
#    32 CCH/jam dan 2 GH/jam.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=8
 
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=4
 
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=2
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=16GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"
 
# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas
module load gromacs////


# ----------------------------------------------------
elif [ $SLURM_GPUS -gt 1 ]
# Script jalannya program
then
# ----------------------------------------------------
echo "Terdeteksi running GROMACS dengan $SLURM_GPUS GPU"


# Threading OMP
# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
unset UCX_TLS
 
unset UCX_NET_DEVICES
# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES


# Perintah menjalankan GROMACS
mpirun -np $SLURM_GPUS gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
|-
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk GROMACS=====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau


72:00:00
* ''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
|GROMACS versi CPU''<sup>2</sup>''
!4B
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|GROMACS versi CPU di high-mem node
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|128
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|500GB
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
|0
'''$ slimit-gromacs'''
|-
|-
| GROMACS versi GPU
!5
| colspan="3" |''Ikuti template''
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
| Jalankan job komputasi dengan perintah:
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
''Contoh:''
#GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
$ sbatch submit.sh
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!6
|-
|-
| colspan="5" |
| User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
**SLURM akan menahan job apabila:
{| class="wikitable"
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|'''4'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''5A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R
|R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|PD (PENDING)
|PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]  
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
|CG (COMPLETING)
|COMPLETING
| Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
| CA (CANCELED)
|CANCELED
| Job dibatalkan user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|-
|'''5B'''
!7
|
|-
=====Menghentikan Job Komputasi=====
| Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
contoh membatalkan job ID 231:
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
===Job Submission Web EFIRO===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan GROMACS di Web EFIRO
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]  
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
|-
|'''0'''
! 2
|
|-
=====Login Web EFIRO=====
| Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.
 
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''1'''
!3
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']]
|-
|-
|'''2'''
|Pilih template GROMACS yang diinginkan:
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template GROMACS yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template GROMACS yang tersedia
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
Baris 445: Baris 328:
|-
|-
|GROMACS 2021.1 (CPU)
|GROMACS 2021.1 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2021.1 CPU
|Menjalankan GROMACS 2021.1 pada CPU
|-
|GROMACS 2022.4 (CPU)
|Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
|-
|-
|GROMACS 2022.4 dengan 1 GPU
|GROMACS 2022.4 (GPU)
|GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 1 GPU
|Menjalankan GROMACS 2022.4 dengan akselerasi GPU
|}Kemudian Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
 
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
|-
|-
|GROMACS 2022.4 dengan 2 GPU
!4
|GROMACS 2022.4 dengan akselerasi 2 GPU
|}
|-
|-
|'''3'''
|Siapkan file komputasi  dan parameter GROMACS yang dibutuhkan.
|
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
=====Menyiapkan File Komputasi=====
*Menu '''<code>Edit Files</code>''' -> upload / download / edit file
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
 
Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
 
==== Menyiapkan Input Parameter GROMACS ====
User harus membuat input parameter GROMACS supaya komputasi dapat berjalan:
 
* Beberapa perintah bersifat interaktif sehingga harus dilakukan di terminal.
* Berikut adalah langkah membuat input parameter GROMACS:
 
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menyiapkan Input Parameter
! colspan="2" |Langkah membuat parameter GROMACS
|-
|-
|'''1'''
|1
|Buka terminal melalui menu '''<code>Open Terminal</code>'''.
|Buka menu <code>'''Open Terminal'''</code>
|-
|-
|'''2'''
|2
|Aktifkan GROMACS dengan memuat modul versi GROMACS yang akan digunakan.
|Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai..
  $ module load ''<nama-modul-software-GROMACS>''
  '''$ module load ''[nama-modul-GROMACS]'''''
Nama modul lihat subbab Modul GROMACS di atas.
''Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.''
|-
|-
|'''3'''
|3
|Buat parameter GROMACS dengan perintah '''<code>gmx_mpi</code>'''. Contoh menggunakan pdb2gmx:
|Gunakan perintah '''<code>gmx_mpi</code>''' untuk membuat parameter GROMACS.
  $ gmx_mpi pdb2gmx ''<parameter_input_dan_output>''
Contoh menggunakan pdb2gmx:
  $ '''gmx_mpi''' pdb2gmx ''[parameter-input-output]''
|}
|}
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
!5A
|
=====Melengkapi Submit Script=====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|
| Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
|-
|-
!Skenario Komputasi
!
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|
|128
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
|128GB
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau
 
72:00:00
|-
|-
|GROMACS versi CPU''<sup>2</sup>''
!5B
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|GROMACS versi CPU di high-mem node
| SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|128
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|500GB
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui '''<code>Open Terminal</code>''':
|0
'''$ slimit-gromacs'''
|-
|-
|GROMACS versi GPU
!6
| colspan="3" |''Ikuti template''
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
#GROMACS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
! colspan="2" |Daftar Status Job ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|-
| colspan="5" |
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
|'''5'''
! Status
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Arti
!Arti
|-
|-
Baris 569: Baris 399:
|Job belum pernah dijalankan.
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
|Running
| Running
|Job berjalan.
|Job berjalan.
|-
|-
|Queue
| Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|-
|Completed
|Completed
Baris 586: Baris 409:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|-
| colspan="2" |'''Melihat alasan queue:'''
#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
# [[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
|}
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|'''6A'''
!7
|
|-
=====Melihat Output Komputasi=====
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
|'''6B'''
!8
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|-
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
* Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|400x400px]]
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
=='''Pelaporan Kendala dan Support''' ==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


Revisi per 18 Juli 2024 09.23


GROMACS.png

GROMACS adalah package berkecepatan tinggi untuk komputasi dinamika molekular baik untuk biokimia (seperti protein, lipids) maupun non-biokimia (seperti polimer).

NOTE: Halaman ini dalam tahap maintenance!

Tim admin sedang melakukan proses maintenance perubahan info pada laman ini. Proses maintenance selesai apabila pesan ini hilang.

Modul GROMACS

Berikut adalah detail versi GROMACS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul GROMACS versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2021.1 gromacs/2021.1-GCC10-MKL V - - V
Modul GROMACS versi CPU dan GPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2022.4 gromacs/2022.4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA11.8 V V V V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Info Menjalankan GROMACS dengan Akselerasi GPU

ALELEON Supercomputer menyediakan GROMACS yang dapat berjalan dengan akselerasi GPU. Beberapa hal perlu menjadi pertimbangan user:

  • Akselerasi GPU bukan jaminan peningkatan performa pada semua jenis input dan parameter.
    • User harap menguji dengan nsteps kecil untuk mengetahui peningkatan performa pada akselerasi GPU.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3
Buat parameter GROMACS untuk menjalankan komputasi:
1 Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai.. 
$ module load [nama-modul-GROMACS]
Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.
2 Gunakan perintah gmx_mpi untuk membuat parameter GROMACS. 
Contoh menggunakan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx [parameter-input-output]
4A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script GROMACS versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"

# Memuat modul software GROMACS versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas 
module load gromacs////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan GROMACS
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
Template Submit Script GROMACS versi GPU 
#!/bin/bash

# --------------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GROMACS (dengan akselerasi 1 GPU) | rev.180724
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal:
# --------------------------------------------------------
# | gpus | ntasks | cpus-per-task | mem  | rate          |
# | ------------------------------------------------------
# | 1    | 8      | 8             | 16GB | 64cch+1gh/jam |
# | 2    | 8      | 4             | 16GB | 32cch+2gh/jam |
# --------------------------------------------------------
#    (saran diatas tidak wajib dijalankan)
# --------------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Parameter input dan output untuk GROMACS
GROMACS_PARAMETER="////"

# Memuat modul software GROMACS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul GROMACS" di atas 
module load gromacs////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjalankan GROMACS 1 GPU dan multiple GPU
if [ $SLURM_GPUS -eq 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running GROMACS dengan 1 GPU"
	gmx_mdi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}

elif [ $SLURM_GPUS -gt 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running GROMACS dengan $SLURM_GPUS GPU"

	# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
	unset UCX_TLS
	unset UCX_NET_DEVICES

	mpirun -np $SLURM_GPUS gmx_mpi mdrun ${GROMACS_PARAMETER}
*Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
4B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-gromacs
5
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
6
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
7
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer New Pinnedapps jc.png di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template GROMACS yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
GROMACS 2021.1 (CPU) Menjalankan GROMACS 2021.1 pada CPU
GROMACS 2022.4 (CPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 pada CPU
GROMACS 2022.4 (GPU) Menjalankan GROMACS 2022.4 dengan akselerasi GPU
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi dan parameter GROMACS yang dibutuhkan.

JC job menu.png

  • Menu Edit Files -> upload / download / edit file
Langkah membuat parameter GROMACS
1 Buka menu Open Terminal
2 Aktifkan modul GROMACS yang akan dipakai.. 
$ module load [nama-modul-GROMACS]
Nama modul lihat subbab 'Modul GROMACS' diatas.
3 Gunakan perintah gmx_mpi untuk membuat parameter GROMACS. 
Contoh menggunakan pdb2gmx:
$ gmx_mpi pdb2gmx [parameter-input-output]
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.

  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui Open Terminal: 

$ slimit-gromacs
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.

  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.
Daftar Status Job (klik expand atau kembangkan)
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Melihat alasan queue:
  1. Buka app Active Jobs Pinnedapps activejobs.pngdi homepage EFIRO.
  2. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GROMACS&oldid=1595"