COMCOT: Perbedaan antara revisi

Revisi per 19 Juli 2024 05.03

COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Grid) adalah software pemodelan tsunami yang menggunakan metode Shallow Water Equations.

Modul COMCOT

Berikut adalah detail versi COMCOT yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi	Nama modul	Dukungan hardware
Versi	Nama modul	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
1.7	comcot/1.7cpu	V	-	-	-

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

Job submission terminal
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
Job submission web EFIRO
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

1

Login SSH ke ALELEON Supercomputer.

2

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

User dapat upload / download file dengan software FTP.

3A

Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.

Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh

Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.

Klik expand / kembangkan

Template Submit Script COMCOT

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# COMCOT | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software COMCOT
# Daftar modul lihat subbab "Modul COMCOT" di atas 
module load comcot////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan COMCOT
comcot

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.

Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

3B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:

$ slimit-ser

4

Jalankan job komputasi dengan perintah:

$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh

5

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE	Penjelasan
R (RUN)	Job berjalan
PD (PENDING)	Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING)	Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED)	Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED)	Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED)	Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email

Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:

$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

1

Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.

2

	Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.
Pilih menu `New Job` -> `From Template`

3

Pilih template COMCOT yang diinginkan:
Nama Template	Penjelasan
COMCOT 1.7 (CPU)	Menjalankan COMCOT 1.7 versi CPU

Isi Job Name dan klik Create New Job

4

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:

Upload / download / edit file via menu Edit Files

5A

Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:

Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Klik Save setiap kali mengubah script.

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

5B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal:

$ slimit-ser

6

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Untuk melihat alasan job yang queue: Buka pinned apps Active Jobs pada homepage EFIRO Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer

7

Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka menu Edit Files

Kolom Folder Contents.

8

Untuk menghapus ruang job dan datanya:

Pilih ruang job yang akan dihapus.
Klik menu Delete

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

@@ Baris 207: / Baris 207: @@
 * Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
-* Menjalankan perintah slimit (langkah 5B) via menu '''<code>Open Terminal</code>'''
 [[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
@@ Baris 231: / Baris 230: @@
 *Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
 *Spesifikasi sistem dan software komputasi.
-Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui '''<code>Open Terminal</code>''':
+Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
   '''$ slimit-ser'''
 |-
@@ Baris 240: / Baris 239: @@
 *Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
 *Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
-{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+{| class="wikitable"
-! colspan="2" |Daftar Status Job ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
+! colspan="2" |Daftar Status Job
 |-
 !Status
@@ Baris 261: / Baris 260: @@
 |Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
 |-
-| colspan="2" |'''Melihat alasan queue:'''
+| colspan="2" |'''Untuk melihat alasan job yang queue:'''
-#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
+# Buka pinned apps '''Active Jobs''' pada homepage EFIRO
-#[[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
+# [[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']]]]
 |}
 |-

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas