GAMESS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(menyesuaikan format penulisan baru)
kTidak ada ringkasan suntingan
 
(14 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 2: Baris 2:


[https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/ '''GAMESS'''] (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ''ab-inito'' kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.
[https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/ '''GAMESS'''] (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ''ab-inito'' kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.
 
=='''Modul GAMESS'''==
== '''Versi yang Tersedia''' ==
Berikut adalah detail versi GAMESS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
! rowspan="2" |Versi
!Dukungan MPI
! rowspan="2" |Nama modul software
!Dukungan Hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
!CPU
!GPU
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|-
|2020.2
|2020.2
|Pure MPI
|gamess/2020.2-GCC10-MKL
|CPU, multi-node
|V
| -
| -
|V
|}
|}
=='''Menjalankan GAMESS di Job Composer'''==
Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.
User menjalankan GAMESS pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
=='''Memilih template GAMESS'''==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
{| class="wikitable"
*'''Job submission terminal'''
|+Template GAMESS yang tersedia
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
! Nama Template
*'''Job submission web EFIRO'''
!Penjelasan
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
===Job Submission Terminal===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
! 2
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
!3A
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
!
|-
| Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
 
* ''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
 
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template Submit Script GAMESS
|-
|-
|GAMESS 2020.2
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|Template standar GAMESS versi 2020.2
#!/bin/bash
|}
 
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
# -----------------------------------------------------
*Pilih template GAMESS yang dibutuhkan.
# Template SLURM Submit Script
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
# GAMESS | rev.080124
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt


---
# Nama input file GAMESS yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"


[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
# Memuat modul software GAMESS
=='''Mempersiapkan file input GAMESS'''==
# Daftar modul lihat subbab "Modul GAMESS" di atas
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
module load gamess////
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input GAMESS''' melalui menu '''Edit Files.'''
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-gamess.sh.'''
=='''Melengkapi Submit Script Template'''==
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program GAMESS dapat berjalan:
**Parameter SBATCH.
**Nama file input GAMESS.


*Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
# ----------------------------------------------------
[[Berkas:Save.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Save.png]]
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------


---
# Perintah menjakankan GAMESS
===Panduan lengkap mengisi Submit Script===
rungms ${INPUT_FILE} 00 ${SLURM_NTASKS}
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
</syntaxhighlight>
|}
|-
|
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''


'''Note:''' Submit Script pada dasarnya adalah '''SLURM Script''' karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
=='''MPI pada GAMESS'''==
|-
GAMESS menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
!3B
|-
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
'''$ slimit-mpi'''
|-
!4
|-
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
!5
|-
| User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
|-
!STATE
!Penjelasan
|-
|R (RUN)
|Job berjalan
|-
|PD (PENDING)
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|CG (COMPLETING)
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
|CA (CANCELED)
|Job dibatalkan user
|-
|PR (PREEMPETED)
| Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|-
|S (SUSPENDED)
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|}
|-
!
|-
| Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
'''$ scancel ''[job-ID]'''''
''Job ID ada pada squeue diatas.''
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
|}
===Job Submission Web EFIRO===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
! 1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
!3
|-
|-
|
|
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
{| class="wikitable"
**User dapat menjalankan GAMESS hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
! colspan="2" |'''Pilih template GAMESS yang diinginkan:'''
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|-
|}
!Nama Template
=='''Menjalankan Job'''==
!Penjelasan
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
|-
|GAMESS 2020.2
|Menjalankan GAMESS versi 2020.2
|}Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
|-
!4
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
* Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
** Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
!5A
|-
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
|-
|
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
!5B
|-
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
'''$ slimit-mpi'''
|-
!6
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
* Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Daftar Status Job
|-
!Status
!Status
!Arti
!Arti  
|-
|-
| Not Submitted
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
Baris 84: Baris 250:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
|Job berhenti karena error atau di stop user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|-
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|}
|}
* User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
|-
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
!7
=='''Melihat hasil job yang selesai'''==
|-
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|'''Kolom Folder Contents melihat isi dari ruang direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.''']][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|'''atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
=='''Submit ulang job'''==
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''  
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
!8
|-
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|}
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
 
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
 
---
 
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
'''support@efisonlt.com'''

Revisi terkini sejak 22 Juli 2024 08.51

GAMESS.png

GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ab-inito kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.

Modul GAMESS

Berikut adalah detail versi GAMESS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2020.2 gamess/2020.2-GCC10-MKL V - - V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script GAMESS 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GAMESS | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file GAMESS yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software GAMESS
# Daftar modul lihat subbab "Modul GAMESS" di atas 
module load gamess////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan GAMESS
rungms ${INPUT_FILE} 00 ${SLURM_NTASKS}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-mpi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template GAMESS yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
GAMESS 2020.2 Menjalankan GAMESS versi 2020.2
Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal: 

$ slimit-mpi
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GAMESS&oldid=1654"