R: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(mengubah judul)
 
(55 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 3: Baris 3:
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang ''data science''. Software R didukung oleh [https://www.r-project.org/ '''The R Foundation for Statistical Computing'''].  
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang ''data science''. Software R didukung oleh [https://www.r-project.org/ '''The R Foundation for Statistical Computing'''].  


== '''Versi yang Tersedia''' ==
== '''Modul R''' ==
Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
! rowspan="2" |Versi
!Dukungan MPI
! rowspan="2" |Nama modul R
!Dukungan Hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
|4.1.0 "Camp Pontanezen"
!CPU
| rowspan="2" |ya, melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI''']
!GPU
| rowspan="2" |default: CPU, single-node
!OMP
<nowiki>*</nowiki>multi-node dengan RMPI
threading
!MPI
multi-node
|-
|-
|4.1.2 "Bird Hippie"
|4.3.0 "Already Tomorrow"
|R/4.3.0-GCC11.3-MKL
|V
| -
| -
|V melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI''']''<sup>1</sup>''
|}
|}
=='''R di Job Composer VS Interactive Apps'''==
'''''Keterangan:'''''
ALELEON Supercomputer dapat menjalankan komputasi R via [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer#3B._Job_Composer_dan_Interactive_Apps '''Job Composer atau Interactive Apps'''] Jupyter Notebook.
 
# RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.
 
== '''Langkah Menjalankan Komputasi''' ==
Terdapat 2 langkah utama:
 
# Memlilih modul R yang akan digunakan dan instalasi library package R apabila dibutuhkan.
# Memilih metode menjalankan komputasi -> job submission atau sesi interaktif Jupyter.
 
== '''Instalasi Library Package R''' ==
Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan dua alternatif cara:
 
# Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email '''support@efisonlt.com;''' atau
# Melakukan instalasi mandiri di Login Node dengan langkah berikut:
 
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Menjalankan R di Job Composer VS Interactive Apps Jupyter Notebook
!Langkah instalasi mandiri Library Package R di Login Node
|-
|-
|'''Melalui Job Composer:'''
!1
* Untuk file R siap jalan.
* Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Compute_Node '''Compute Node'''] dengan alokasi hardware besar.
|-
|-
|'''Melalui interaktif Jupyter Notebook:'''
|Masuk ke terminal melalui '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' atau
* Untuk R secara interaktif via Jupyter Notebook.
* Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Interactive_Node '''Interactive Node'''].
|-
|'''Saran admin:'''  
* Jalankan R di Job Composer untuk beban komputasi yang besar.
* Jalankan R di Interactive Apps untuk beban komputasi yang sesuai dengan spesifikasi Interactive Node.
|}
Halaman ini untuk menjalankan R via Job Composer. Apabila ingin menjalankan R via interaktif Jupyter Notebook, klik:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
| [[Berkas:Pinnedapps terminal.png|nirbing|129x129px]]
|
|
=== [[R menggunakan Jupyter Notebook]] ===
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO '''Login ke web EFIRO'''];
* Buka pinned apps '''<code>Aleleon Shell Access</code>'''
|}Kegiatan ini tidak mengurangi Core Hour user.
|-
!2
|-
|Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan:
<code>'''$ module load ''[nama-modul-R]'''''</code>
 
* ''Lihat subbab Modul R di atas.''
|-
!3
|-
|Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
$ R
> install.packages(''''''nama-package-yang-akan-diinstal'''''<nowiki/>')
Package akan terinstal di direktori '''HOME user'''.
|-
!'''''Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:'''''
|-
|Akan ada prompt untuk mengarahkan instalasi ke personal library, jawab '''yes'''.
Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) '''yes'''
Kemudian R akan meminta izin untuk membuat personal library di HOME user. Jawab '''yes'''.
Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) '''yes'''
|}
|}


=='''Menjalankan R di Job Composer'''==
== '''Metode Menjalankan Komputasi''' ==
{| class="wikitable"
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: 
|'''1'''
*'''Job submission terminal'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
** ''Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Compute_Node compute node] melalui manajemen Slurm.''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
**''Hanya untuk file R, file ipynb harus diubah ke R.''
* '''Job submission web EFIRO'''
**''Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Compute_Node compute node] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
**''Hanya untuk file R, file ipynb harus diubah ke R.''
*'''Interactive job Jupyter'''
**''Sesi IDE Jupyter Lab atau Notebook.''
**''Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Interactive_Node interactive node].''
 
=== '''Job Submission Terminal''' ===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|400x400px]]
|-
!1
|-
|'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|Siapkan file komputasi dan instalasi package R yang dibutuhkan.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
!3A
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
* Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
!
|-
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template R
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# R | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE="////.R"
 
# Memuat modul software R
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas
module load R////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan R
Rscript ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template R versi MPI (RMPI)
|-
|-
|'''2'''
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
#!/bin/bash
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# R versi MPI (RMPI) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE="////.R"
 
# Memuat modul software R
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas
module load R////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Memuat modul OpenMPI default
module load OpenMPI
 
# Perintah menjakankan R
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} Rscript ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
|-
|-
|'''3'''
|
|
==='''Memilih Template R'''===
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template R yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
!3B
|-
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
'''$ slimit-r'''
|-
!4
|-
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
!5
|-
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template R
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
!Nama Template
|-
! STATE
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R 4.1.0 "Camp Pontanezen"
|R (RUN)
|Menjalankan R versi 4.1.0
|Job berjalan
|-
|-
|R 4.1.2 "Bird Hippie"
|PD (PENDING)
|Menjalankan R versi 4.1.2
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|RMPI 4.1.0
| CG (COMPLETING)
|Menjalankan R 4.1.0 versi MPI
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
|-
|RMPI 4.1.2
|CA (CANCELED)
|Menjalankan R 4.1.2 versi MPI
|Job dibatalkan user
|-
|PR (PREEMPETED)
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|-
|S (SUSPENDED)
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|}
|}
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
!
|-
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
'''$ scancel ''[job-ID]'''''
''Job ID ada pada squeue diatas.''
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
|-
!Tips
|-
|Apabila program R gagal selesai karena package R yang belum terinstal:
* File output SBATCH error merekap package R yang belum terinstal.
* Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.
|}
===Job Submission Web EFIRO===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|400x400px]]
|-
!1
|-
| [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer''' di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
!3
|-
|
|
===Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job===
{| class="wikitable"
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
! colspan="2" |Pilih template R yang diinginkan:
* Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
|-
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|R 4.3.0 "Already Tomorrow"
|Menjalankan R versi 4.3.0
|-
|RMPI 4.3.0 "Already Tomorrow"
|Menjalankan R versi 4.3.0 dengan MPI
|}Kemudian Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
 
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
|-
!4
|-
|-
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|Siapkan file komputasi dan instalasi package R yang dibutuhkan.
*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Instalasi package R di terminal melalui menu <code>'''Open Terminal'''</code>.
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''5'''
!5A
|
=== Apabila Membutuhkan Instalasi Library R ===
Lihat bagian [https://wiki.efisonlt.com/wiki/R_menggunakan_Job_Composer#Instalasi_Library_Package_R '''Instalasi Library Package R''']
|-
|-
|'''6A'''
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
|
* Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.


Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
|-
|-
| rowspan="2" |'''6B'''
|
|
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
|
! 5B
==='''Fitur MPI pada RMPI'''===
|-
RMPI menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| '''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
* Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
**User dapat menjalankan RMPI hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal:
'''$ slimit-r'''
|-
|-
| rowspan="3" |'''7'''
!6
|
==='''Menjalankan Job'''===
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
|-
|-
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
* Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" | Daftar status job:
|-
!Status
!Status
! Arti
!Arti  
|-
|-
|Not Submitted
|Not Submitted
| Job belum pernah dijalankan.
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
|Running
|Running  
|Job berjalan.
|Job berjalan.
|-
|-
Baris 130: Baris 372:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
|Job berhenti karena error atau di stop user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|-
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|}
|}
|-
|-
|
!7
===Stop atau Cancel Job===
|-
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
| Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
!8
|-
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
!Tips
|-
|Apabila program R gagal selesai karena package R yang belum terinstal:
* File output SBATCH error merekap package R yang belum terinstal.
* Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.
|}


[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]]
=== '''Interactive Job Jupyter''' ===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Interactive Job Sesi Jupyter
[[Berkas:Efirojupyterlab.png|400x400px]]
|-
|-
|'''8A'''
!0
|-
|'''Install package IRKernel apabila pertama kali menggunakan Jupyter untuk R'''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah instalasi package IRkernel R
|-
!1
|-
|Masuk ke terminal melalui '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' atau
{| class="wikitable"
| [[Berkas:Pinnedapps terminal.png|nirbing|129x129px]]
|
|
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO '''Login ke web EFIRO'''];
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
* Buka pinned apps '''<code>Aleleon Shell Access</code>'''
|}Kegiatan ini tidak mengurangi Core Hour user.
|-
!2
|-
|-
|'''8B'''
|Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan:
|
<code>'''$ module load ''[nama-modul-R]'''''</code>
==='''Submit Ulang Job'''===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
|}


== '''Instalasi Library Package R''' ==
* ''Lihat subbab Modul R di atas.''  
User dapat melakukan instalasi mandiri package library R secara mandiri.  
{| class="wikitable"
|'''1'''
|Buka terminal melalui dashboard EFIRO menu Clusters > Aleleon Shell Access.
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Shellaccess.png]]
|-
|-
|'''2'''
!3
|Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
{| class="wikitable"
!Versi
!Perintah Terminal
|-
|-
|4.1.0
|Aktifkan modul Anaconda terbaru:
|<code>$ module load R/4.1.0-GCC10-MKL</code>
<code>'''$ module load Anaconda3'''</code>
|-
|-
|4.1.2
!4
|<code>$ module load R</code>
|}
|-
|-
|'''3'''
|Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
|Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
  $ R  
  $ R  
  > install.packages(''''''nama-package-yang-akan-diinstal'''''<nowiki/>')
  > install.packages('IRkernel')
Package akan terinstal di direktori HOME user. '''Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya'''.
> IRkernel::installspec()
> q()
|-
!5
|-
|Buat file R profile di direktori HOME user:
$ cd
$ touch ~/.Rprofile
$ echo "options(bitmapType='cairo')" >> ~/.Rprofile
|}
|-
!1
|-
|'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|
{| class="wikitable"
|[[Berkas:New Pinnedapps jupyter.png|nirbing|116x116px]]
|Buka pinned apps '''Jupyter''' di homepage EFIRO.
|}
|}
 
|-
=== '''Melakukan Instalasi Package R pertama kali''' ===
!3
|-
|Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut:
* '''Choose Jupyter version'''
**''pilih sesuai preferensi user, Jupyter Lab atau Notebook''
*'''Partition''' -> Torti
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|'''3B'''
!Alokasi komputasi
|Akan terdapat peringatan bahwa user tidak dapat melakukan instalasi package R di direktori global /work (di mana benar karena hanya user root yang dapat melakukannya), jawab '''yes'''.
!torti
Warning in install.packages("benchmarkme") :
|-
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
|Number of CPU core(s)
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) '''yes'''
|1 - 32
|-
| Amount of memory/RAM
| 1 - 64
|-
|Number of GPUs
| -
|-
|Number of hours
|1 - 72
|-
|-
|'''3C'''
| colspan="2" |'''Pada akun perseorangan, sesi Jupyter tidak akan berjalan apabila:'''
|R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user dan membuat folder bernama R. Jawab '''yes'''.
*Alokasi CPU * hours > sisa CPU Core Hour
Would you like to create a personal library
* Alokasi GPU * hours > sisa GPU HourCek sisa Core Hour dengan:
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
# Buka menu '''<code>Clusters</code>''' '''->''' '''<code>ALELEON Shell Access</code>'''
  to install packages into? (yes/No/cancel) '''yes'''
#Jalankan perintah
  $ '''sausage'''
|}
|}
*'''Choose how to launch Jupyter''' -> Anaconda
*'''Choose Anaconda version''' -> ''Pilih versi terbaru''
*'''Conda environment directory''' -> ''Kosongkan''
*'''Software modules''' -> ''Masukkan nama modul R yang digunakan''


=== '''Bantuan admin EFISON untuk instalasi Package R''' ===
* '''Environment setup''' -> ''Kosongkan''
 
*'''Additional Jupyter arguments''' -> ''Kosongkan''
* Perlu diketahui bahwa terdapat Package R yang cukup sulit diinstal dari membutuhkan ''depedencies'' package R lain hingga library global.
* '''Email address'''
* Apabila terdapat kesulitan instalasi package R, hubungi admin EFISON via permohonan email ke '''support@efisonlt.com'''.
**''Notifikasi email untuk status mulai dan selesainya sesi Jupyter.''
**''Isi apabila berkenan.''
|-
!4
|-
|Klik tombol '''<code>Launch</code>''' untuk memulai sesi Jupyter.
*User akan diarahkan ke halaman '''<code>My Interactive Sessions</code>'''.
*Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.
[[Berkas:Jupyternotebookqueue.png|nir|jmpl|''Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware'']]
|-
!5
|-
|Apabila status '''Running''', klik tombol '''<code>Connect to Jupyter</code>'''.
*Sistem mulai menghitung Core Hour!
[[Berkas:Newjupyter120124.png|nir|jmpl|''Sesi Jupyter siap diakses.'']]Untuk menghentikan sesi, klik tombol '''<code>Cancel</code>'''.
|-
!6
|-
|Pilih Notebook R untuk memulai sesi notebook R.[[Berkas:JNkernel.png|nir|jmpl|''Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Notebook''|al=|281x281px]][[Berkas:Rjupyterlab.png|nir|jmpl|225x225px|''Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Lab'']]
|-
!7
|-
|User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan pada:
*Menu '''<code>My Interactive Sessions</code>''' pada homepage EFIRO.
*Kolom '''<code>Active interactive sessions</code>''' pada homepage EFIRO.
|}
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi R, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


== '''Job yang tidak berjalan karena ''missing Package''''' ==
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
Terkadang job akan gagal berjalan karena ada package yang belum terinstal.


* Pesan error missing package terekap di '''file output yang didefinisikan pada SBATCH error''' di Submit Script user.
---
* Dari pesan tersebut, user dapat melakukan instalasi package dan submit ulang job.


Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
'''support@efisonlt.com'''
== '''Kontributor''' ==
== '''Kontributor''' ==
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:  
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:  


* Tim [https://sadasa.id/ '''Sadasa Academy'''].
* Tim [https://sadasa.id/ '''Sadasa Academy'''].

Revisi terkini sejak 22 Juli 2024 09.21

R.png

R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.

Modul R

Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul R Dukungan hardware
CPU GPU OMP

threading

MPI

multi-node

4.3.0 "Already Tomorrow" R/4.3.0-GCC11.3-MKL V - - V melalui RMPI1

Keterangan:

  1. RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.

Langkah Menjalankan Komputasi

Terdapat 2 langkah utama:

  1. Memlilih modul R yang akan digunakan dan instalasi library package R apabila dibutuhkan.
  2. Memilih metode menjalankan komputasi -> job submission atau sesi interaktif Jupyter.

Instalasi Library Package R

Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan dua alternatif cara:

  1. Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email support@efisonlt.com; atau
  2. Melakukan instalasi mandiri di Login Node dengan langkah berikut:
Langkah instalasi mandiri Library Package R di Login Node
1
Masuk ke terminal melalui Login SSH atau
Pinnedapps terminal.png
Kegiatan ini tidak mengurangi Core Hour user.
2
Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan:

$ module load [nama-modul-R]

  • Lihat subbab Modul R di atas.
3
Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: 
$ R 
> install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal')

Package akan terinstal di direktori HOME user.

Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:
Akan ada prompt untuk mengarahkan instalasi ke personal library, jawab yes. 
Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes

Kemudian R akan meminta izin untuk membuat personal library di HOME user. Jawab yes. 

Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

  • Job submission terminal
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
    • Hanya untuk file R, file ipynb harus diubah ke R.
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.
    • Hanya untuk file R, file ipynb harus diubah ke R.
  • Interactive job Jupyter

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi dan instalasi package R yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template R 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# R | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE="////.R"

# Memuat modul software R
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas 
module load R////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan R
Rscript ${INPUT_FILE}
Template R versi MPI (RMPI) 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# R versi MPI (RMPI) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R yang dijalankan
INPUT_FILE="////.R"

# Memuat modul software R
# Daftar modul lihat subbab "Modul R" di atas 
module load R////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Memuat modul OpenMPI default
module load OpenMPI

# Perintah menjakankan R
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} Rscript ${INPUT_FILE}
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-r
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
Tips
Apabila program R gagal selesai karena package R yang belum terinstal:
  • File output SBATCH error merekap package R yang belum terinstal.
  • Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template R yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
R 4.3.0 "Already Tomorrow" Menjalankan R versi 4.3.0
RMPI 4.3.0 "Already Tomorrow" Menjalankan R versi 4.3.0 dengan MPI
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi dan instalasi package R yang dibutuhkan.
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files
  • Instalasi package R di terminal melalui menu Open Terminal.

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal: 

$ slimit-r
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar status job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Tips
Apabila program R gagal selesai karena package R yang belum terinstal:
  • File output SBATCH error merekap package R yang belum terinstal.
  • Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.

Interactive Job Jupyter

Langkah Interactive Job Sesi Jupyter

Efirojupyterlab.png

0
Install package IRKernel apabila pertama kali menggunakan Jupyter untuk R
Langkah instalasi package IRkernel R
1
Masuk ke terminal melalui Login SSH atau
Pinnedapps terminal.png
Kegiatan ini tidak mengurangi Core Hour user.
2
Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan:

$ module load [nama-modul-R]

  • Lihat subbab Modul R di atas.
3
Aktifkan modul Anaconda terbaru:

$ module load Anaconda3

4
Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: 
$ R 
> install.packages('IRkernel')
> IRkernel::installspec()
> q()
5
Buat file R profile di direktori HOME user: 
$ cd
$ touch ~/.Rprofile
$ echo "options(bitmapType='cairo')" >> ~/.Rprofile
1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jupyter.png Buka pinned apps Jupyter di homepage EFIRO.
3
Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut:
  • Choose Jupyter version
    • pilih sesuai preferensi user, Jupyter Lab atau Notebook
  • Partition -> Torti
Alokasi komputasi torti
Number of CPU core(s) 1 - 32
Amount of memory/RAM 1 - 64
Number of GPUs -
Number of hours 1 - 72
Pada akun perseorangan, sesi Jupyter tidak akan berjalan apabila:
  • Alokasi CPU * hours > sisa CPU Core Hour
  • Alokasi GPU * hours > sisa GPU HourCek sisa Core Hour dengan:
  1. Buka menu Clusters -> ALELEON Shell Access
  2. Jalankan perintah
$ sausage
  • Choose how to launch Jupyter -> Anaconda
  • Choose Anaconda version -> Pilih versi terbaru
  • Conda environment directory -> Kosongkan
  • Software modules -> Masukkan nama modul R yang digunakan
  • Environment setup -> Kosongkan
  • Additional Jupyter arguments -> Kosongkan
  • Email address
    • Notifikasi email untuk status mulai dan selesainya sesi Jupyter.
    • Isi apabila berkenan.
4
Klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter.
  • User akan diarahkan ke halaman My Interactive Sessions.
  • Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.
Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware
5
Apabila status Running, klik tombol Connect to Jupyter.
  • Sistem mulai menghitung Core Hour!
Sesi Jupyter siap diakses.
Untuk menghentikan sesi, klik tombol Cancel.
6
Pilih Notebook R untuk memulai sesi notebook R.
Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Notebook
Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Lab
7
User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan pada:
  • Menu My Interactive Sessions pada homepage EFIRO.
  • Kolom Active interactive sessions pada homepage EFIRO.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi R, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com

Kontributor

EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=R&oldid=1664"