DFTB+: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Terminal - SLURM sbatch: membuat script non-collapsible)
 
(12 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 8: Baris 8:
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
Baris 21: Baris 19:
|22.2
|22.2
|dftbplus/22.2-GCC11.3-AOCL4.0
|dftbplus/22.2-GCC11.3-AOCL4.0
|V
|V
|V
| -
| -
Baris 27: Baris 24:
|V
|V
|}
|}
== '''Menyiapkan File Slaster-Koster (SK)''' ==
File input DFTB+ membutuhkan file '''Slater-Koster (SK)''' pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada tautan berikut. File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.
* [https://dftb.org/parameters/download '''Halaman utama Download File SK''']
* [https://dftb.org/parameters/download/all-sk-files '''File SK dalam satu archive''']
Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job.
'''$HOME'''''/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>''
Pastikan file input dftb_in.hsd pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.
== '''File Input dftb_in.hsd''' ==
User membuat file input DFTB+ dengan nama file '''<code>dftb_in.hsd</code>'''.


== '''Pilihan MPI atau Threading OpenMP pada DFTB+ versi CPU''' ==
* Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.
DFTB+ secara default berjalan dengan paralelisasi OpenMP (OMP). Sementara itu DFTB+ pada ALELEON Supercomputer dicompile dengan MPI sehingga dapat berjalan dengan paralelisasi hybrid MPI/OMP. ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada SLURM Submit Script ''(lihat subbab Menjalankan DFTB+ di Compute Node)'':
* SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.


== '''Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan DFTB+''' ==
DFTB+ di ALELEON Supercomputer dapat berjalan melalui paralelisasi '''MPI''', '''OpenMP''' (OMP), atau keduanya ('''hybrid MPI/OMP''') untuk menggunakan multi-core CPU dan multi-node. Admin menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi melalui parameter Submit Script berikut:
*''Penjelasan submit script lihat subbab berikutnya (Pilihan Menjalankan Komputasi).''
*'''SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.'''
  '''#SBATCH --ntasks''' ''-> mewakili jumlah task MPI''
  '''#SBATCH --ntasks''' ''-> mewakili jumlah task MPI''
  '''#SBATCH --cpus-per-task''' ''-> mewakili jumlah thread OpenMP''
  '''#SBATCH --cpus-per-task''' ''-> mewakili jumlah thread OpenMP''
 
* '''Apabila ingin MPI saja,''' isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1:
* Apabila ingin Pure MPI maka isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1.
 
  ''# Pure MPI''  
  ''# Pure MPI''  
  '''#SBATCH --ntasks='''''<isi-sesuai-keinginan>''
  '''#SBATCH --ntasks='''''[isi-sesuai-keinginan]''
  '''#SBATCH --cpus-per-task=1'''
  '''#SBATCH --cpus-per-task=1'''
 
*'''Apabila ingin Hybrid MPI/OMP,''' isi kedua parameter tersebut:
* Apabila ingin Hybrid MPI/OMP maka isi kedua parameter tersebut. Perlu diingat bahwa total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task. Contoh berikut menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:  
**Total core CPU yang digunakan adalah '''ntasks * cpus-per-task'''.
 
**Contoh menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:
  ''# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.''
  ''# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.''
  '''#SBATCH --ntasks=2'''
  '''#SBATCH --ntasks=2'''
  '''#SBATCH --cpus-per-task=4'''
  '''#SBATCH --cpus-per-task=4'''
 
*'''Apabila ingin OMP saja,''' isi jumlah ntasks dengan 1:
* Apabila ingin Pure OMP maka isi jumlah ntasks dengan 1.
 
  ''# Pure OMP''  
  ''# Pure OMP''  
  '''#SBATCH --ntasks=1'''
  '''#SBATCH --ntasks=1'''
  '''#SBATCH --cpus-per-task='''''<isi-sesuai-keinginan>''
  '''#SBATCH --cpus-per-task='''''[isi-sesuai-keinginan]''
 
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
== '''Menjalankan DFTB+ di Compute Node''' ==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
*'''Job submission terminal'''
===Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan===
** ''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal:
* '''Job submission web EFIRO'''
$ '''sausage'''
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu '''<code>Clusters</code> > <code>Aleleon Shell Access</code>'''
===Job Submission Terminal===
===Terminal - SLURM sbatch===
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
 
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K via SLURM sbatch
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
|Login dengan SSH:
!2
*User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
*User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code> 
|-
|-
|'''1'''
| Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
 
*[[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']]  
* File input dftb_in.hsd yang dibuat user.
*Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.  
 
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
|-
|'''2'''
! 3A
|
==== File Input dftb_in.hsd ====
Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format '''dftb_in.hsd.'''
* File input ini harus ditaruh pada satu direktori dengan SLURM Submit Script ''(langkah 4).''
|-
|-
|'''3A'''
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|
==== File Slaster-Koster (SK) ====
File input DFTB+ membutuhkan file '''Slater-Koster (SK)''' pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada:
* [https://dftb.org/parameters/download '''Halaman utama Download File SK''']
* [https://dftb.org/parameters/download/all-sk-files '''File SK dalam satu archive''']


File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.
* Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
|-
|'''3B'''
!
|Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job.
'''$HOME'''''/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>''
Pastikan file input pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.
|-
|-
|'''4'''
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
==== Menjalankan DFTB+ ====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job dengan panduan berikut:
!Template Submit Script DFTB+
* Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
*Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
*Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable"
! colspan="4" |Panduan nilai maks SBATCH untuk DFTB+''<sup>1</sup>''
|-
|-
!Parameter SBATCH
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
!Fair policy usage''<sup>2</sup>''
#!/bin/bash
!Multi-node MPI<sup>''3''</sup>
 
!High-mem node
# -----------------------------------------------------
epyc001'''<sup>''4''</sup>'''
# Template SLURM Submit Script
# DFTB+ | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan rate CCH = ntasks * cpus-per-task.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU. mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Memuat modul software DFTB+
# Daftar modul lihat subbab "Modul DFTB+" di atas
module load dftbplus////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Definisi threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
 
# Perintah menjakankan DFTB+
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} dftb+
</syntaxhighlight>
|}
|-
|-
|ntasks (CPU) * cpus-per-task (OMP)
|
|128
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
|384
 
|128
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
| mem (RAM)
!3B
|128GB
|240GB
|500GB
|-
|-
|time (time limit)
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
| colspan="3" |3-00:00:00 atau 72:00:00
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
'''$ slimit-hympi'''
|-
|-
| gpus (GPU)
!4
|2
|0
|0
|}'''Note:'''
#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
#Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' lebih dari 128 core thread.
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#User dapat menggunakan memori RAM hingga '''500GB''' pada node epyc001 saja.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
{| class="wikitable"
!Template SLURM Submit Script DFTB+
|-
|-
|
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
#!/bin/bash
  $ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : DFTB+
# | Update script  r: 06/10/2023
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:
# |    wiki.efisonlt.com/wiki/DFTB%2B
# -------------------------------------------------------------
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Alokasi jumlah core thread CPU. mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
  #SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
   
   
  # Memuat modul software DFTB+
  ''Contoh:''
  # Daftar modul DFTB+ lihat subbab "Modul DFTB+" pada
  $ sbatch submit.sh
# wiki.efisonlt.com/wiki/DFTB%2B
module load dftbplus////
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
# Definisi threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
# Perintah menjakankan DFTB+
mpirun -np $SLURM_NTASKS dftb+
|}
|-
|-
|'''5'''
!5
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''6A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
!STATE
|-
!Kepanjangan
! STATE
!Penjelasan
! Penjelasan  
|-
|-
|R
| R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|PD (PENDING)
|PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
| CG (COMPLETING)
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up  
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
|CA (CANCELED)
|CANCELED
|Job dibatalkan user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|-
|'''6B'''
!
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
|-
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
contoh membatalkan job ID 231:
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===GUI Web - EFIRO Job Composer===
===Job Submission Web EFIRO===
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
 
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K via EFIRO Job Composer
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''
!1
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
|Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
|'''1'''
! 2
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
|-
|-
|'''2'''
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer''' di homepage EFIRO.
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''3'''
! 3
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template DFTB+ yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|400x400px]]
|-
|
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template DFTB+ yang tersedia
! colspan="2" |'''Pilih template DFTB+ yang diinginkan:'''
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|DFTB+ 22.2 (CPU)
| DFTB+ 22.2
|Menjalankan DFTB+ 22.2 versi CPU
| Menjalankan DFTB+ versi 22.2
|}
|}Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
|-
|'''4'''
|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]


==== File Input dftb_in.hsd ====
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload / membuat file yang dibutuhkan termasuk file input'''.'''
*Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format '''dftb_in.hsd.'''
*Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
*''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.''
**''Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|-
|'''5A'''
!4
|
==== File Slaster-Koster (SK) ====
File input DFTB+ membutuhkan file '''Slater-Koster (SK)''' pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada:
* [https://dftb.org/parameters/download '''Halaman utama Download File SK''']
* [https://dftb.org/parameters/download/all-sk-files '''File SK dalam satu archive''']
 
File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.
|-
|-
|'''5B'''
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
|Admin menyarankan untuk upload file SK pada direktori HOME melalui menu '''<code>Files > Home Directory</code>'''  
* File input dftb_in.hsd yang dibuat user.
[[Berkas:Homedirefiro.png|nirbing|200x200px]]
* Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
 
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
Pastikan file input pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut:
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
'''$HOME'''''/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>''
|-
|-
|'''6'''
!5A
|[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
 
==== Menjalankan DFTB+ ====
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
*''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.''
*Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
{| class="wikitable"
! colspan="4" |Panduan nilai maks SBATCH untuk DFTB+''<sup>1</sup>''
|-
|-
!Parameter SBATCH
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
!Fair policy usage''<sup>2</sup>''
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
!Multi-node MPI<sup>''3''</sup>
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
!High-mem node
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
epyc001'''<sup>''4''</sup>'''
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
|-
|-
|ntasks (CPU) * cpus-per-task (OMP)
|
|128
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
|384
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|128
|-
|-
| mem (RAM)
!5B
|128GB
|240GB
|500GB
|-
|-
|time (time limit)
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
| colspan="3" |3-00:00:00 atau 72:00:00
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
'''$ slimit-hympi'''
|-
|-
| gpus (GPU)
!6
|2
|0
|0
|}'''Note:'''
#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
#Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' lebih dari 128 core thread.
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#User dapat menggunakan memori RAM hingga '''500GB''' pada node epyc001 saja.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|-
|'''7A'''
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
 
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Daftar Status Job
|-
!Status
!Status
!Arti
!Arti
Baris 368: Baris 286:
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|-
|Completed
| Completed
|Job selesai berjalan.
|Job selesai berjalan.
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|}
|-
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|}  
|-
!7
|-
|-
|'''7B'''
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
|Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
|'''8A'''
!8
|Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
|-
|-
|'''8B'''
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
== '''Pelaporan Kendala dan Support'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
#SBATCH --mail-user='''<''alamat-email-user''>'''
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
Keterangan:
*'''mail-user'''
**Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
*'''mail-type=begin'''**Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
*'''mail-type=end'''
**Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
**Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi DFTB+, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]

Revisi terkini sejak 30 September 2024 03.52

DFTB logo.png

DFTB+ adalah software package yang versatil untuk simulasi mechanical quantum. DFTB+ merupakan software tidak berbayar dengan lisensi GNU Lesser General Public License.

Modul DFTB+

Berikut adalah detail versi DFTB+ yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

22.2 dftbplus/22.2-GCC11.3-AOCL4.0 V - V V

Menyiapkan File Slaster-Koster (SK)

File input DFTB+ membutuhkan file Slater-Koster (SK) pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada tautan berikut. File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.

Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job. 

$HOME/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>

Pastikan file input dftb_in.hsd pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.

File Input dftb_in.hsd

User membuat file input DFTB+ dengan nama file dftb_in.hsd.

  • Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.

Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan DFTB+

DFTB+ di ALELEON Supercomputer dapat berjalan melalui paralelisasi MPI, OpenMP (OMP), atau keduanya (hybrid MPI/OMP) untuk menggunakan multi-core CPU dan multi-node. Admin menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi melalui parameter Submit Script berikut:

  • Penjelasan submit script lihat subbab berikutnya (Pilihan Menjalankan Komputasi).
  • SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP
  • Apabila ingin MPI saja, isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1:
# Pure MPI 
#SBATCH --ntasks=[isi-sesuai-keinginan]
#SBATCH --cpus-per-task=1
  • Apabila ingin Hybrid MPI/OMP, isi kedua parameter tersebut:
    • Total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task.
    • Contoh menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:
# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --cpus-per-task=4
  • Apabila ingin OMP saja, isi jumlah ntasks dengan 1:
# Pure OMP 
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=[isi-sesuai-keinginan]

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
  • File input dftb_in.hsd yang dibuat user.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script DFTB+ 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# DFTB+ | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan rate CCH = ntasks * cpus-per-task.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU. mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS 
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software DFTB+
# Daftar modul lihat subbab "Modul DFTB+" di atas 
module load dftbplus////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Definisi threading OMP 
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjakankan DFTB+
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} dftb+
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-hympi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template DFTB+ yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
DFTB+ 22.2 Menjalankan DFTB+ versi 22.2
Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • File input dftb_in.hsd yang dibuat user.
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal: 

$ slimit-hympi
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=DFTB%2B&oldid=1730"