LAMMPS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(paraphrasing CPU - GPU)
(→‎Batch Job: paraphrasing)
 
(15 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 4: Baris 4:


== '''Modul LAMMPS''' ==
== '''Modul LAMMPS''' ==
ALELEON Supercomputer menyediakan LAMMPS yang dapat berjalan di CPU dan dengan akselerasi GPU. Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+LAMMPS versi CPU
|+Modul LAMMPS versi CPU dan GPU
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
Baris 20: Baris 18:
multi-node
multi-node
|-
|-
|2023.02.08
|2022.06.23 update 4
|lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12
|<code>lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1</code>
|V
|V
|V
|V
|V
| V
| V
|V
|V
|}
{| class="wikitable"
|+LAMMPS dengan akselerasi GPU
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
!CPU
!GPU
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|-
|2023.02.08
|2023.08.02 update 1
|lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12
|<code>lammps/2023.08.02u1-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1</code>
|V
|V
|V
|V
|V
|V
| V
|V
|V
|}
|}
Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.
=== '''Permintaan Instalasi Package LAMMPS''' ===
Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (''missing package''), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui email '''support@efisonlt.com.'''
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
User dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan metode:
===Batch Job===
Menjalankan komputasi siap jalan ke [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm kemudian user menunggu hingga selesai.
* Terdapat dua opsi tampilan yang dapat dipilih sesuai preferensi user: ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Menggunakan Terminal
[[Berkas:Sbatch terminal display rev2.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
!3A
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
!
|-
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template Submit Script LAMMPS versi CPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# LAMPPS (versi CPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------


== '''Permintaan Instalasi Package LAMMPS''' ==
# Alokasi jumlah core thread CPU
Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (''missing package''), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui:
#SBATCH --ntasks=////


[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
== '''Menjalankan LAMMPS di CPU''' ==
#SBATCH --mem=////GB
User dapat menjalankan LAMMPS di CPU dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt 
 
# Nama input file LAMMPS yang dijalankan
INPUT_FILE="////"
 
# Memuat modul software LAMMPS versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul LAMMPS" di atas
module load lammps////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --np ${SLURM_NTASKS} lmp -in ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
'''Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS akselerasi GPU:'''
 
* Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
* Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
** ''Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task''
 
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template Submit Script LAMMPS versi GPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# LAMPPS (versi GPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal:
#    ntasks = 2 atau 4 per GPU
#    cpus-per-task = 2 atau 4
# 4. Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
# Rekomendasi gunakan 2 atau 4 per jumlah GPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////
 
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt 
 
# Nama input file LAMMPS yang dijalankan
INPUT_FILE="////"
 
# Memuat modul software LAMMPS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul LAMMPS" di atas
module load lammps////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Definisi threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --np ${SLURM_NTASKS} lmp -sf gpu -pk gpu ${SLURM_GPUS} -in ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
|-
|
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''


===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A - Menjalankan Komputasi ke Compute Node via Job Composer|EFIRO Job Composer]]===
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template LAMMPS versi CPU yang tersedia:
|-
!3B
|-
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
'''$ slimit-lammps'''
|-
! 4
|-
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
!5
|-
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template Job Composer LAMMPS versi CPU
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
!Nama Template
|-
!STATE
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|LAMMPS 2023.02.08 (CPU)
|R (RUN)
|Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 di CPU
|Job berjalan
|-
|PD (PENDING)
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|CG (COMPLETING)
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
|CA (CANCELED)
| Job dibatalkan user
|-
|PR (PREEMPETED)
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|-
|S (SUSPENDED)
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|}
|}
===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#3 - Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM|SLURM sbatch via Terminal]]===
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS di CPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.
{| class="wikitable mw-collapsible"
!Contoh SLURM Submit Script LAMMPS versi CPU
|-
|-
|
!
#!/bin/bash
|-
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
# ------------------------------------------------------------------------
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
# | Template SLURM Submit Script
# | Software       : LAMMPS
# | Versi           : tergantung input user
# | Update script   : 07/03/2023
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
# |    ALELEON Supercomputer lihat:  
  # |    <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
# ------------------------------------------------------------------------
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job  
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
   
   
  # Definisi file untuk menampung output error log   
  ''Job ID ada pada squeue diatas.''
#SBATCH --error=error-%j.txt 
  contoh membatalkan job ID 231:
  $ scancel 231
# Nama input file LAMMPS dengan format file-nya
INPUT_FILE='////'
   
# Memuat modul software LAMMPS versi CPU
module load lammps////
# DAFTAR MODUL LAMMPS versi CPU:  
  # ---------------------------------------------------------
# | Nama modul                              | Versi LAMMPS |
# ---------------------------------------------------------
# | lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12  | 2023.02.08  |
# ---------------------------------------------------------
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -in $INPUT_FILE
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Menggunakan Portal Web EFIRO
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]]
|-
! 1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''


== '''Menjalankan LAMMPS dengan Akselerasi GPU''' ==
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
Terdapat beberapa hal khusus dan rekomendasi yang harus diperhatikan ketika menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU untuk menghasilkan performa optimal yaitu:
|-
!3
|-
|
{| class="wikitable"
! colspan="2" |'''Pilih template LAMMPS yang diinginkan:'''
|-
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|LAMMPS 2022.06.23u4 (CPU)
|Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada CPU
|-
|LAMMPS 2022.06.23u4 (GPU)
|Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada GPU
|-
|LAMMPS 2023.08.02u1 (CPU)
|Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada CPU
|-
|LAMMPS 2023.08.02u1 (GPU)
|Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada GPU
|}Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''


* '''Menggunakan 2 atau 4 core thread CPU per jumlah GPU.'''
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
* '''Menggunakan threading OpenMP (OMP; OMP_NUM_THREAD) dengan jumlah 2''' untuk kebanyakan komputasi.
|-
** Atau gunakan jumlah 4 untuk beban komputasi yang besar.
!4
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
!5A
|-
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]


Berikutnya user dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan:
'''Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS akselerasi GPU:'''


===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A - Menjalankan Komputasi ke Compute Node via Job Composer|EFIRO Job Composer]]===
* Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template LAMMPS versi akselerasi GPU yang tersedia:
* Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
** ''Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task''
|-
|
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
!5B
|-
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
'''$ slimit-lammps'''
|-
! 6
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template Job Composer LAMMPS versi GPU
! colspan="2" | Daftar Status Job
!Nama Template
|-
!Penjelasan
!Status
! Arti
|-
| Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|-
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|}
|-
!7
|-
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
|LAMMPS 2023.02.08 (GPU)
!8
|Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 dengan akselerasi GPU
|}
===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#3 - Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM|SLURM sbatch via Terminal]]===
Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.
{| class="wikitable mw-collapsible"
!Contoh SLURM Submit Script LAMMPS dengan akselerasi GPU
|-
|-
|
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:*Pilih ruang job yang akan dihapus.
#!/bin/bash
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
 
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software       : LAMMPS
# | Versi           : tergantung input user
# | Update script   : 07/03/2023
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
# |    ALELEON Supercomputer lihat:
# |    <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
# ------------------------------------------------------------------------
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Rekomendasi 2 thread OMP secara umum
#SBATCH --cpus-per-task=2
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt 
# Nama input file LAMMPS dengan format file-nya
INPUT_FILE='////'  
# Memuat modul software LAMMPS versi GPU
module load lammps////
# DAFTAR MODUL LAMMPS versi GPU:  
# ---------------------------------------------------------
# | Nama modul                              | Versi LAMMPS |
# ---------------------------------------------------------
# | lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12  | 2023.02.08  |
# ---------------------------------------------------------
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
# Export threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -sf gpu -pk gpu $SLURM_GPUS -in $INPUT_FILE
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email'''==
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user '''untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai'''. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email '''Jojo''' untuk mengirim notifikasi email.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
 
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
 
---


Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
  #SBATCH --mail-user=<''alamat-email-user''>
  '''support@efisonlt.com'''
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
*'''mail-user'''
**Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
*'''mail-type=begin'''
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
*'''mail-type=end'''
**Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
**Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.

Revisi terkini sejak 13 Januari 2025 15.14

Lammps-logo.png

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) adalah framework molekular dinamik untuk pemodelan material (material modelling). LAMMPS adalah software open-source di bawah lisensi GPL v2.

Modul LAMMPS

Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul LAMMPS versi CPU dan GPU
Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2022.06.23 update 4 lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1 V V V V
2023.08.02 update 1 lammps/2023.08.02u1-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1 V V V V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Permintaan Instalasi Package LAMMPS

Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (missing package), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui email support@efisonlt.com.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan metode:

Batch Job

Menjalankan komputasi siap jalan ke compute node melalui manajemen Slurm kemudian user menunggu hingga selesai.

  • Terdapat dua opsi tampilan yang dapat dipilih sesuai preferensi user: (klik expand atau kembangkan)
Menggunakan Terminal

Sbatch terminal display rev2.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script LAMMPS versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# LAMPPS (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt  

# Nama input file LAMMPS yang dijalankan
INPUT_FILE="////"

# Memuat modul software LAMMPS versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul LAMMPS" di atas 
module load lammps////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --np ${SLURM_NTASKS} lmp -in ${INPUT_FILE}

Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS akselerasi GPU:

  • Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
  • Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
    • Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
Template Submit Script LAMMPS versi GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# LAMPPS (versi GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal: 
#    ntasks = 2 atau 4 per GPU
#    cpus-per-task = 2 atau 4 
# 4. Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
# Rekomendasi gunakan 2 atau 4 per jumlah GPU 
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt  

# Nama input file LAMMPS yang dijalankan
INPUT_FILE="////"

# Memuat modul software LAMMPS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul LAMMPS" di atas 
module load lammps////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Definisi threading OMP 
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
 
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --np ${SLURM_NTASKS} lmp -sf gpu -pk gpu ${SLURM_GPUS} -in ${INPUT_FILE}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-lammps
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
Menggunakan Portal Web EFIRO

Efiro jobcomposer display.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template LAMMPS yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
LAMMPS 2022.06.23u4 (CPU) Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada CPU
LAMMPS 2022.06.23u4 (GPU) Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada GPU
LAMMPS 2023.08.02u1 (CPU) Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada CPU
LAMMPS 2023.08.02u1 (GPU) Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada GPU
Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS akselerasi GPU:

  • Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
  • Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
    • Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal: 

$ slimit-lammps
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:*Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=LAMMPS&oldid=1755"