LAMMPS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(fix formatting)
(→‎Batch Job: paraphrasing)
 
(10 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 6: Baris 6:
Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Modul LAMMPS versi CPU
|+Modul LAMMPS versi CPU dan GPU
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
Baris 21: Baris 19:
|-
|-
|2022.06.23 update 4
|2022.06.23 update 4
|lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1
|<code>lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1</code>
|V
|V
|V
|V
|V
| V
| V
|V
|V
|}
{| class="wikitable"
|+Modul LAMMPS versi GPU
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
!CPU
!GPU
!OMP
Threading
!MPI
multi-node
|-
|-
|2022.06.23 update 4
|2023.08.02 update 1
|lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1
|<code>lammps/2023.08.02u1-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1</code>
|V
|V
|V
|V
|V
|V
| V
|V
|V
|}
|}
Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.
=== '''Permintaan Instalasi Package LAMMPS''' ===
Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (''missing package''), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui email '''support@efisonlt.com.'''
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
User dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan metode:


== '''Permintaan Instalasi Package LAMMPS''' ==
===Batch Job===
Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (''missing package''), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui:
Menjalankan komputasi siap jalan ke [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm kemudian user menunggu hingga selesai.


[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
* Terdapat dua opsi tampilan yang dapat dipilih sesuai preferensi user: ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
=='''Menjalankan LAMMPS'''==
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
=== Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan LAMMPS di Terminal
!Menggunakan Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Sbatch terminal display rev2.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|-
|'''0'''
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
=====Login SSH=====
|-
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
!3A
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
|-
|'''1'''
!
|
===== Menyiapkan File Komputasi=====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ nano my_job_submission.sh
''... upload / menyiapkan / edit input dan data komputasi ...''
|-
|-
| rowspan="2" |'''2'''
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
=====Template SLURM Submit Script LAMMPS=====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk LAMMPS versi CPU
!Template Submit Script LAMMPS versi CPU
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 137: Baris 116:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
Info khusus pada LAMMPS versi GPU untuk menghasilkan performa optimal:  
'''Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS akselerasi GPU:'''


* Jumlah ntasks (CPU) gunakan 2 atau 4 per jumlah GPU.
* Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
* Rekomendasi gunakan 2 thread OMP (cpus-per-task) untuk kebanyakan komputasi.
* Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
** Atau 4 untuk beban komputasi yang dinilai sangat tinggi.
** ''Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task''


{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk LAMMPS versi GPU
!Template Submit Script LAMMPS versi GPU
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 157: Baris 136:
# 2. Template ini bersifat referensi.
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan rate CCH = ntasks * cpus-per-task.
# 3. Rekomendasi performa optimal:
#    ntasks = 2 atau 4 per GPU
#    cpus-per-task = 2 atau 4
# 4. Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


Baris 171: Baris 153:
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --ntasks=////


# Rekomendasi 2 thread OMP
# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --cpus-per-task=////


# Alokasi jumlah GPU
# Alokasi jumlah GPU
Baris 209: Baris 191:
|}
|}
|-
|-
|==== Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk LAMMPS ====
|
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau


72:00:00
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
|LAMMPS versi CPU''<sup>2</sup>''
!3B
| 384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|LAMMPS versi CPU di high-mem node
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|128
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|500GB
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
|0
'''$ slimit-lammps'''
|-
|-
|LAMMPS versi GPU''<sup>3</sup>''
! 4
|32''<sup>3</sup>''
|120GB
|2
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
#* User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
''Contoh:''
#LAMMPS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
$ sbatch submit.sh
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#Jumlah CPU pada LAMMPS versi GPU = ntasks*cpus-per-task
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!5
|-
|-
| colspan="5" |
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
**SLURM akan menahan job apabila:
{| class="wikitable"
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
| '''3'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R
|R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|PD (PENDING)
|PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]  
| Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
|CG (COMPLETING)
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA  
|CA (CANCELED)
|CANCELED
| Job dibatalkan user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|-
|'''4B'''
!
|
|-
==== Menghentikan Job Komputasi ====
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
 
* Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
 
contoh membatalkan job ID 231:
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer) ===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" | Langkah Menjalankan LAMMPS di Web EFIRO
!Menggunakan Portal Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]]
|-
! 1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''0'''
!3
|
=====Login Web EFIRO=====
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
| '''1'''
|
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template LAMMPS yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template LAMMPS yang tersedia
! colspan="2" |'''Pilih template LAMMPS yang diinginkan:'''
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|LAMMPS 2022.06.23 update 4 (CPU)
|LAMMPS 2022.06.23u4 (CPU)
|Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada CPU
|Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada CPU
|-
|-
|LAMMPS 2022.06.23 update 4 (GPU)
|LAMMPS 2022.06.23u4 (GPU)
|Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada GPU
|Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada GPU
|}
|-
|-
|'''3'''
|LAMMPS 2023.08.02u1 (CPU)
|
|Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada CPU
=====Menyiapkan File Komputasi=====
|-
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
|LAMMPS 2023.08.02u1 (GPU)
|Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada GPU
|}Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''


Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]  
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
!4
|
=====Melengkapi Submit Script=====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
 
'''Info khusus pada LAMMPS versi GPU untuk menghasilkan performa optimal:'''
 
* Jumlah ntasks (CPU) gunakan 2 atau 4 per jumlah GPU.
* Rekomendasi gunakan 2 thread OMP (cpus-per-task) untuk kebanyakan komputasi.
** Atau 4 untuk beban komputasi yang dinilai sangat tinggi.
|-
|-
|
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
!Skenario Komputasi
!5A
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
|128
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|128GB
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|2
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
| rowspan="4" |3-00:00:00
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
atau


72:00:00
'''Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS  akselerasi GPU:'''
 
* Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
* Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
** ''Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task''
|-
|-
|LAMMPS versi CPU''<sup>2</sup>''
|
|384
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
|240GB''<sup>2</sup>''
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|0
|-
|-
|LAMMPS versi CPU di high-mem node
!5B
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|-
|LAMMPS versi GPU''<sup>3</sup>''
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
|32''<sup>3</sup>''
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|120GB
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|2
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
'''$ slimit-lammps'''
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
! 6
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer
#* User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#LAMMPS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#Jumlah CPU pada LAMMPS versi GPU = ntasks*cpus-per-task
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
{| class="wikitable"
! colspan="2" | Daftar Status Job
|-
|-
| colspan="5" |
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|'''5'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Status
!Arti
! Arti
|-
|-
|Not Submitted
| Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
|Running
|Running  
|Job berjalan.
|Job berjalan.
|-
|-
|Queue
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|-
|Completed
|Completed
Baris 482: Baris 347:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|}
|-
=====Menghentikan Job Komputasi=====
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
|}
 
|-
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
!7
|-
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
|'''6A'''
!8
|
=====Melihat Output Komputasi=====
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]]
|-
|-
|'''6B'''
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:*Pilih ruang job yang akan dihapus.
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Revisi terkini sejak 13 Januari 2025 15.14

Lammps-logo.png

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) adalah framework molekular dinamik untuk pemodelan material (material modelling). LAMMPS adalah software open-source di bawah lisensi GPL v2.

Modul LAMMPS

Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul LAMMPS versi CPU dan GPU
Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2022.06.23 update 4 lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1 V V V V
2023.08.02 update 1 lammps/2023.08.02u1-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1 V V V V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Permintaan Instalasi Package LAMMPS

Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (missing package), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui email support@efisonlt.com.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan metode:

Batch Job

Menjalankan komputasi siap jalan ke compute node melalui manajemen Slurm kemudian user menunggu hingga selesai.

  • Terdapat dua opsi tampilan yang dapat dipilih sesuai preferensi user: (klik expand atau kembangkan)
Menggunakan Terminal

Sbatch terminal display rev2.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script LAMMPS versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# LAMPPS (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt  

# Nama input file LAMMPS yang dijalankan
INPUT_FILE="////"

# Memuat modul software LAMMPS versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul LAMMPS" di atas 
module load lammps////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --np ${SLURM_NTASKS} lmp -in ${INPUT_FILE}

Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS akselerasi GPU:

  • Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
  • Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
    • Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
Template Submit Script LAMMPS versi GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# LAMPPS (versi GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal: 
#    ntasks = 2 atau 4 per GPU
#    cpus-per-task = 2 atau 4 
# 4. Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
# Rekomendasi gunakan 2 atau 4 per jumlah GPU 
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt  

# Nama input file LAMMPS yang dijalankan
INPUT_FILE="////"

# Memuat modul software LAMMPS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul LAMMPS" di atas 
module load lammps////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Definisi threading OMP 
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
 
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --np ${SLURM_NTASKS} lmp -sf gpu -pk gpu ${SLURM_GPUS} -in ${INPUT_FILE}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-lammps
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
Menggunakan Portal Web EFIRO

Efiro jobcomposer display.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template LAMMPS yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
LAMMPS 2022.06.23u4 (CPU) Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada CPU
LAMMPS 2022.06.23u4 (GPU) Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada GPU
LAMMPS 2023.08.02u1 (CPU) Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada CPU
LAMMPS 2023.08.02u1 (GPU) Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada GPU
Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS akselerasi GPU:

  • Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
  • Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
    • Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal: 

$ slimit-lammps
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:*Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=LAMMPS&oldid=1755"