FLACS-CFD: Perbedaan antara revisi

Revisi terkini sejak 22 Juli 2024 09.53

FLACS-CFD adalah software industri CFD buatan Gexcon (in-house software) untuk pemodelan ledakan dan keamanan desain konstruksi pabrik khususnya dari sisi simulasi persebaran api, asap, dan gas beracun ketika terjadi kecelakaan.

LICENSED SOFTWARE!
Software ini berjalan di ALELEON Supercomputer dengan izin lisensi yang dikelola oleh PT. Gexcon Indonesia.

Modul FLACS-CFD

Berikut adalah detail versi FLACS-CFD yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul FLACS-CFD
Versi	Nama Modul	Dukungan Hardware
Versi	Nama Modul	CPU	GPU	OMP Threading	MPI Multi-Node
21.3	flacs-cfd/21.3	V	X	V	X
22.1	flacs-cfd/22.1	V	X	V	X
24.1	flacs-cfd/24.1	V	X	V	X

Pilihan Skema Menjalankan FLACS-CFD

Terdapat dua cara menjalankan FLACS-CFD:

Menjalankan satu simulasi per job submission.
Menjalankan banyak simulasi sekaligus dalam satu job submission dengan metode SLURM Array.

Menjalankan FLACS-CFD dengan SLURM Array

Metode ini memungkinkan user untuk menjalankan banyak simulasi sekaligus dalam satu job submission. Terdapat beberapa hal yang perlu diperhatikan:

Menggunakan parameter SBATCH SLURM dengan rumus:

#SBATCH --array=1-<jumlah-job-simulasi>

Contoh user menjalankan 8 job simulasi, maka parameter array menjadi: 
#SBATCH --array=1-8

Nama file input menggunakan metode wildcard.
Ketika menjalankan array, alokasi SBATCH ntasks (core thread CPU) dan mem (memori RAM) digunakan oleh setiap array job.

Contoh user mengalokasikan ntasks 2 dan mem 4GB untuk 8 job array
#SBATCH --array=1-8
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --mem=4GB 

Maka total alokasi adalah CPU 8*2 = 16 core dan memori RAM 8*4GB = 32GB

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

Job submission terminal
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
Job submission web EFIRO
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

1

Login SSH ke ALELEON Supercomputer.

2

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

User dapat upload / download file dengan software FTP.

3

Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.

Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh

Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.

Klik expand / kembangkan

Template Submit Script FLACS-CFD

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# FLACS-CFD | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software FLACS-CFD
# Daftar modul lihat subbab "Modul FLACS-CFD" di atas 
module load flacs-cfd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

fgc - ////
run_flacscfd_omp ////

Template Submit Script FLACS-CFD dengan skema Array

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# FLACS-CFD Array | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Jumlah job array, contoh: 1-128
#SBATCH --array=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# FLACS CS INPUT FILES WITH WILDCARD. Example: cs??????.dat3
INPUT_FILE="cs////.dat3"

# Memuat modul software FLACS-CFD
# Daftar modul lihat subbab "Modul FLACS-CFD" di atas 
module load flacs-cfd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Abbreviate some SLURM variables for brevity/readability
TASK_MIN=${SLURM_ARRAY_TASK_MIN}
TASK_MAX=${SLURM_ARRAY_TASK_MAX}
TASK_ID=${SLURM_ARRAY_TASK_ID}
TASK_COUNT=${SLURM_ARRAY_TASK_COUNT}

# Form a list of relevant files, and check the number of array elements
# matches the number of cases with 6-digit identifiers.
CS_FILES=(`ls -1 ${INPUT_FILE}`)

if test "${#CS_FILES[@]}" -ne "${TASK_COUNT}";
then
  printf "Number of files is:       %s\n" "${#CS_FILES[@]}"
  printf "Number of array tasks is: %s\n" "${TASK_COUNT}"
  printf "Do not match!\n"
fi

# All tasks loop through the entire list to find their specific case.

for (( jid = $((${TASK_MIN})); jid <= $((${TASK_MAX})); jid++ ));
do
  if test "${TASK_ID}" -eq "${jid}";
  then
      # File list index with offset zero
      file_id=$((${jid} - ${TASK_MIN}))
      # Form the substring file_id (recall syntax is :offset:length)
      my_file=${CS_FILES[${file_id}]}
      my_file_id=${my_file:2:6}
  fi
done

printf "Task %d has file %s id %s\n" "${TASK_ID}" "${my_file}" "${my_file_id}"

# Running fgc and FLACS CFD
fgc - ${my_file_id}
run_flacscfd_omp ${my_file_id}

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.

Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

4

Jalankan job komputasi dengan perintah:

$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh

5

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE	Penjelasan
R (RUN)	Job berjalan
PD (PENDING)	Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING)	Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED)	Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED)	Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED)	Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email

Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:

$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

1

Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.

2

Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

3

Pilih template FLACS-CFD yang diinginkan:
Nama Template	Penjelasan
FLACS-CFD 21.3	Menjalankan FLACS-CFD 21.3 satu simulasi
FLACS-CFD 21.3 Array	Menjalankan FLACS-CFD 21.3 skema array
FLACS-CFD 22.1	Menjalankan FLACS-CFD 22.1 satu simulasi
FLACS-CFD 22.1 Array	Menjalankan FLACS-CFD 22.1 skema array
FLACS-CFD 24.1	Menjalankan FLACS-CFD 24.1 satu simulasi
FLACS-CFD 24.1 Array	Menjalankan FLACS-CFD 24.1 skema array

Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

4

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:

Upload / download / edit file via menu Edit Files
- Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan software FTP.

5

Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:

Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Klik Save setiap kali mengubah script.

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.

Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

6

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue: Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

7

Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka Edit Files

Kolom Folder Contents.

8

Untuk menghapus ruang job dan datanya:

Pilih ruang job yang akan dihapus.
Klik menu Delete

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas