CP2K: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat CP2K)
(menambah info rekomendasi ntasks gpu pada job composer)
 
(49 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 4: Baris 4:


== '''Modul CP2K''' ==
== '''Modul CP2K''' ==
ALELEON Supercomputer menyediakan CP2K yang dapat berjalan di CPU dan dengan akselerasi GPU. Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Modul CP2K versi CPU
|+Modul CP2K versi CPU
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Nama modul software
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
Baris 22: Baris 20:
|9.1
|9.1
|cp2k/9.1-GCC10-MKL
|cp2k/9.1-GCC10-MKL
|V
|V
|V
| -
| -
Baris 29: Baris 26:
|}
|}
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Modul CP2K dengan akselerasi GPU (''Modul ini sedang dalam tahap pengujian)''
|+Modul CP2K versi GPU (''Modul ini sedang dalam tahap pengujian)''
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Nama modul software
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
Baris 45: Baris 40:
|9.1
|9.1
|cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA
|cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA
|V
|V
|V
| V
| V
Baris 51: Baris 45:
|V
|V
|}
|}
 
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
== '''Menjalankan CP2K''' ==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''*'''Job submission terminal'''
User dapat menjalankan CP2K dengan pilihan cara menjalankan komputasi via terminal atau EFIRO:
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
 
*'''Job submission web EFIRO'''
===Terminal - SLURM sbatch===
** ''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
===Job Submission Terminal===
 
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Tutorial ini mengasumsikan user dapat menggunakan terminal Linux.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K via SLURM sbatch
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
|-
|'''0'''
!1
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. Apabila sudah terhubung, login dengan SSH:
*User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
*User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code>
|-
|-
|'''1'''
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
*[[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']] seperti FileZilla, WinSCP, dan lainnya.
*Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.
|-
|-
|'''2'''
!2
|Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu semacam formulir untuk menjalankan job dengan panduan berikut:*Nama script dibebaskan, contoh <code>slurmcp2k.sh</code>
*Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES didalamnya.
{| class="wikitable"
! colspan="3" |Panduan singkat mengisi SBATCH''<sup>1</sup>''
|-
|-
!Parameter
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
!Nilai maks Fair policy usage''<sup>2</sup>''
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
!Nilai maks untuk CP2K
|-
|-
| ntasks
!3A
|128
|384<sup>3</sup>
|-
|-
|mem
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|128GB
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|500GB''<sup>4</sup>''
|-
|-
|time
!
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00
|-
|-
|gpus
| Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|2
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
|1 (eksperimental)
|}'''Note:'''
#Info semua SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# CP2K mendukung komputasi paralel multi-node MPI. Untuk menjalankan CP2K lebih dari 128 core thread (1 node), lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script CP2K versi CPU
!Template Submit Script CP2K versi CPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"
 
# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas
module load cp2k////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
{| class="wikitable"
! colspan="4" |Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
|-
!ntasks
!gpus
!mem
!Rate komputasi
|-
|10
|1
|64GB
|10CCH + 1GH / jam
|-
|-
|
| colspan="4" |''Saran ini bersifat tidak wajib.''
#!/bin/bash
# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : CP2K (CPU)
# | Update script  r: 06/10/2023
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:
# |    [[COMCOT|https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K]]
# -------------------------------------------------------------
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Nama input file CP2K dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'
# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul CP2K lihat subbab "Modul CP2K" pada wiki ini
module load cp2k////
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
# Perintah menjalankan CP2K
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FILE
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
|+
!Template Submit Script CP2K versi GPU
!Template SLURM Submit Script CP2K versi GPU
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi GPU) | rev.220724
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal menurut doc CP2K:
# ----------------------------------------
# | ntasks | gpus | mem  | rate          |
# | --------------------------------------
# | 10    | 1    | 64GB | 10cch+1gh/jam |
# ----------------------------------------
#    (saran diatas tidak wajib dijalankan)
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"
 
# Memuat modul software CP2K versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas
module load cp2k////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES
 
# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
|-
|-
|
|
#!/bin/bash
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
 
# -------------------------------------------------------------
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
# | Template SLURM Submit Script
|-
# | Software        : CP2K (GPU) - EKSPERIMENTAL
!3B
# | Update script  r: 06/10/2023
|-
# |
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
# | NOTES:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
# | 2. Template ini adalah referensi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
  '''$ slimit-cp2k'''
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:
|-
# |    [[COMCOT|https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K]]
!4
# -------------------------------------------------------------
|-
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
# --------------------------------------------------
  $ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
#SBATCH --partition=ampere
# Alokasi jumlah core thread CPU 9 menurut dokumentasi CP2K
#SBATCH --ntasks=9
# Alokasi jumlah GPU 1 menurut dokumentasi CP2K
#SBATCH --gpus=1
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
  # Nama input file CP2K dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'
# Memuat modul software CP2K versi GPU
module load cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
  # -------------------------------------------------
   
   
  # Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
  ''Contoh:''
  unset UCX_TLS
  $ sbatch submit.sh
unset UCX_NET_DEVICES
# Perintah menjalankan CP2K
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FIL
|}
|-
|-
| '''3'''
!5
|Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>slurmcp2k.sh</code>.
$ sbatch slurmcp2k.sh
|-
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue dengan flag -ul $USER.
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
* Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE atau ST dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
|-
!STATE
!STATE
! Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
| R
|R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
| PD
|PD (PENDING)
| PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
|-
|-
|CG
|CG (COMPLETING)
| COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
|CA (CANCELED)
|CANCELED
|Job dibatalkan user
| Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR  
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
| Job dibatalkan oleh sys-admin Aleleon, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh sys-admin Aleleon
|}
|}
|-
|-
|'''4B'''
!
|Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
|-
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
contoh membatalkan job ID 231:
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===GUI Web - EFIRO Job Composer===
===Job Submission Web EFIRO===
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
 
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" | Langkah Menjalankan CP2K via EFIRO Job Composer
! Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
|-
|'''0'''
!2
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']]. Apabila sudah terhubung:
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
|'''1'''
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer''' di homepage EFIRO.
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''2'''
!3
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''3'''
|
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template COMCOT yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|400x400px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template COMCOT yang tersedia
! colspan="2" |'''Pilih template CP2K yang diinginkan:'''
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan  
|-
|-
|CP2K 9.1 (CPU)
|CP2K 9.1 (CPU)
|Menjalankan CP2K versi 9.1 di CPU
|Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
|-
|CP2K 9.1 (GPU)
|Menjalankan CP2K 9.1 pada GPU
|}Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
 
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
|-
!4
|-
|-
|CP2K 9.1 (GPU) Eksperimental
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
|Menjalankan CP2K versi 9.1 di GPU. Dalam fase pengujian
*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
|}
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''4'''
!5A
|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
**''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|-
|'''5'''
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
|[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
* Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
 
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
*''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.''
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="3" |Panduan singkat mengisi SBATCH''<sup>1</sup>''
! colspan="4" |Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
|-
!ntasks
!gpus
!mem
!Rate komputasi
|-
|10
|1
|64GB
|10CCH + 1GH / jam
|-
|-
!Parameter
| colspan="4" |''Saran ini bersifat tidak wajib.''
!Nilai maks Fair policy usage''<sup>2</sup>''
|}
!Nilai maks untuk CP2K
|-
|-
| ntasks
|
|128
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
|384<sup>3</sup>
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
|mem
!5B
|128GB
|500GB''<sup>4</sup>''
|-
|-
|time
| SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
| colspan="2" |3-00:00:00 atau 72:00:00
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
'''$ slimit-cp2k'''
|-
|-
|gpus
!6
|2
|1 (eksperimental)
|}
'''Note:'''
#Info semua SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
# Info limitasi fair policy usage lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# CP2K mendukung komputasi paralel multi-node MPI. Untuk menjalankan CP2K lebih dari 128 core thread (1 node), lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#User dapat menggunakan memori RAM hingga 500GB pada node epyc001. Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|-
|'''6A'''
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
 
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Daftar Status Job
|-
!Status
!Status
!Arti
! Arti
|-
|-
|Not Submitted
|Not Submitted
Baris 361: Baris 365:
|-
|-
|Completed
|Completed
|Job selesai berjalan.
| Job selesai berjalan.
|-
|-
|Failed
|Failed  
|Job berhenti di tengah jalan,
|Job berhenti karena error atau di stop user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|-
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|}
|}
|-
|-
|'''6B'''
!7
|Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
|-
 
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
|'''7A'''
!8
|Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
|-
|-
|'''7B'''
| Untuk menghapus ruang job dan datanya:
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email'''==
== '''Pelaporan Kendala dan Support'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user '''untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai'''. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email '''Jojo''' untuk mengirim notifikasi email.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
 
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
 
---


Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
  #SBATCH --mail-user=<''alamat-email-user''>
  '''support@efisonlt.com'''
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
*'''mail-user'''
**Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
*'''mail-type=begin'''
**Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
*'''mail-type=end'''
**Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
**Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.

Revisi terkini sejak 22 Juli 2024 09.47

CP2K.png

CP2K adalah package untuk quantum chemistry dan solid state physics yang dapat melakukan simulasi liquid, molekolar, periodik, material, kristal, dan sistem biologis. CP2K menggunakan pemodelan DFT dengan pendekatan Gaussian and plane waves GPW dan GAPW.

Modul CP2K

Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul CP2K versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL V - - V
Modul CP2K versi GPU (Modul ini sedang dalam tahap pengujian)
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA V V - V

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)*Job submission terminal

  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script CP2K versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
ntasks gpus mem Rate komputasi
10 1 64GB 10CCH + 1GH / jam
Saran ini bersifat tidak wajib.
Template Submit Script CP2K versi GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi GPU) | rev.220724
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal menurut doc CP2K:
# ----------------------------------------
# | ntasks | gpus | mem  | rate          |
# | --------------------------------------
# | 10     | 1    | 64GB | 10cch+1gh/jam |
# ----------------------------------------
#    (saran diatas tidak wajib dijalankan)
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-cp2k
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template CP2K yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
CP2K 9.1 (CPU) Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
CP2K 9.1 (GPU) Menjalankan CP2K 9.1 pada GPU
Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
ntasks gpus mem Rate komputasi
10 1 64GB 10CCH + 1GH / jam
Saran ini bersifat tidak wajib.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal: 

$ slimit-cp2k
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=CP2K&oldid=1667"