CP2K: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(test format)
(menambah info rekomendasi ntasks gpu pada job composer)
 
(38 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 8: Baris 8:
|+Modul CP2K versi CPU
|+Modul CP2K versi CPU
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Nama modul software
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
Baris 22: Baris 20:
|9.1
|9.1
|cp2k/9.1-GCC10-MKL
|cp2k/9.1-GCC10-MKL
|V
|V
|V
| -
| -
Baris 29: Baris 26:
|}
|}
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Modul CP2K dengan akselerasi GPU (''Modul ini sedang dalam tahap pengujian)''
|+Modul CP2K versi GPU (''Modul ini sedang dalam tahap pengujian)''
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Nama modul software
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
Baris 45: Baris 40:
|9.1
|9.1
|cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA
|cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA
|V
|V
|V
| V
| V
Baris 51: Baris 45:
|V
|V
|}
|}
 
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
== '''Menjalankan CP2K di Compute Node''' ==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''*'''Job submission terminal'''
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
===Menggunakan terminal - SLURM sbatch===
*'''Job submission web EFIRO'''
** ''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
===Job Submission Terminal===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K di Terminal melalui SLURM sbatch
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''
!1
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
|Login dengan SSH:
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
*User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
*User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code>
|-
|-
|'''1'''
!2
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
*[[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']]
|-
|-
|'''2'''
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|Buat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi:
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
*Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
*Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable"
! colspan="5" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk CP2K''<sup>1</sup>''
|-
|-
! rowspan="2" |Skenario Menjalankan CP2K
!3A
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
|-
|-
!ntasks
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
(CPU)
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
| ''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
|''128''
|''128GB''
|''2''
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau 72:00:00
|-
|-
|CP2K versi CPU''<sup>3</sup>''
!
|384
|240GB
|0
|-
|-
|CP2K versi CPU di high-mem node''<sup>4</sup>''
| Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|128
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
|500GB
|0
|-
|CP2K versi GPU''<sup>5</sup>''
|9
|64GB
|1
|}
'''''Keterangan:'''''
#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
# Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#* User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#* Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# CP2K mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' : 
#* Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
#* Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#** Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.  
#* Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB. 
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
#Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
|-
|'''2B'''
|
===== Template SLURM Script CP2K =====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi CPU
!Template Submit Script CP2K versi CPU
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
#!/bin/bash


# -------------------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# | Software        : CP2K (CPU)
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
# | Update script  r: 06/10/2023
#  
# |
# NOTES:  
# | NOTES:  
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
# | 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# |   User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K
# -------------------------------------------------------------


# --------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# --------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


# Alokasi jumlah core thread CPU
# Alokasi jumlah core thread CPU
Baris 159: Baris 99:
#SBATCH --mem=////GB
#SBATCH --mem=////GB


# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
#SBATCH --time=////


# Definisi file untuk menampung output terminal
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --output=result-%j.txt


Baris 169: Baris 109:
#SBATCH --error=error-%j.txt  
#SBATCH --error=error-%j.txt  


# Nama input file CP2K dengan format file-nya
# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE='////.inp'
INPUT_FILE="////.inp"


# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul CP2K lihat subbab "Modul CP2K" pada
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K
module load cp2k////
module load cp2k////


# -------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# Script jalannya program
# -------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------


# Perintah menjalankan CP2K
# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FILE
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
{| class="wikitable"
! colspan="4" |Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
|-
!ntasks
!gpus
!mem
!Rate komputasi
|-
|10
|1
|64GB
|10CCH + 1GH / jam
|-
| colspan="4" |''Saran ini bersifat tidak wajib.''
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi GPU
!Template Submit Script CP2K versi GPU  
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
#!/bin/bash


# -------------------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# | Software        : CP2K (GPU) - EKSPERIMENTAL
# CP2K (versi GPU) | rev.220724
# | Update script  : 06/10/2023
#  
# |
# NOTES:  
# | NOTES:  
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
# | 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# |   User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal menurut doc CP2K:
# | 3. Panduan menjalankan CP2K di ALELEON lihat:  
# ----------------------------------------
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/CP2K
# | ntasks | gpus | mem  | rate          |
# -------------------------------------------------------------
# | --------------------------------------
# | 10    | 1   | 64GB | 10cch+1gh/jam |
# ----------------------------------------
#    (saran diatas tidak wajib dijalankan)
# -----------------------------------------------------


# --------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# --------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
#SBATCH --partition=ampere


# Alokasi jumlah core thread CPU 9 menurut dokumentasi CP2K
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=9
#SBATCH --ntasks=////


# Alokasi jumlah GPU 1 menurut dokumentasi CP2K
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=1
#SBATCH --gpus=////


# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH --mem=////


# Alokasi limit waktu menjalankan job.
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
#SBATCH --time=////


# Definisi file untuk menampung output terminal
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --output=result-%j.txt


Baris 229: Baris 188:
#SBATCH --error=error-%j.txt  
#SBATCH --error=error-%j.txt  


# Nama input file CP2K dengan format file-nya
# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE='////.inp'
INPUT_FILE="////.inp"


# Memuat modul software CP2K versi GPU
# Memuat modul software CP2K versi GPU
module load cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas
module load cp2k////


# -------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# Script jalannya program
# -------------------------------------------------
# ----------------------------------------------------


# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
Baris 243: Baris 203:
unset UCX_NET_DEVICES
unset UCX_NET_DEVICES


# Perintah menjalankan CP2K
# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FILE
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
|-
|-
|'''2C'''
|
|
===== Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk CP2K =====
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
{| class="wikitable"
 
! colspan="5" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk CP2K''<sup>1</sup>''
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
! rowspan="2" |Skenario Menjalankan CP2K
!3B
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
|-
|-
!ntasks
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
(CPU)
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
!mem
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
(RAM)
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
!gpus
'''$ slimit-cp2k'''
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
| ''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
!4
|''128''
|''128GB''
|''2''
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau 72:00:00
|-
|-
|CP2K versi CPU''<sup>3</sup>''
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
|384
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
|240GB
|0
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
|-
|CP2K versi CPU di high-mem node''<sup>4</sup>''
!5
|128
|500GB
|0
|-
|-
|CP2K versi GPU''<sup>5</sup>''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
|9
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
|64GB
{| class="wikitable"
|1
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
|}
|-
|-
|'''2D'''
|
===== Daftar Modul Software CP2K =====
|-
| '''3'''
|
===== Menjalankan Job Komputasi =====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
* Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!STATE
! Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
| R
|R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
| PD
|PD (PENDING)
| PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
|CG (COMPLETING)
| COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
|CA (CANCELED)
|CANCELED
|Job dibatalkan user
| Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR  
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
| Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|-
|'''4B'''
!
|
|-
===== Membatalkan Job Komputasi =====
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
contoh membatalkan job ID 231:
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===Menggunakan GUI Web - EFIRO Job Composer===
===Job Submission Web EFIRO===
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
 
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" | Langkah Menjalankan CP2K via EFIRO Job Composer
! Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
!1
|-
|-
| rowspan="2" |'''0'''
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
|Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' kemudian masukkan username dan password user.
!2
*Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
|'''1'''
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer''' di homepage EFIRO.
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''2'''
!3
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''3'''
|
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template CP2K yang diinginkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|400x400px]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template CP2K yang tersedia
! colspan="2" |'''Pilih template CP2K yang diinginkan:'''
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan  
|-
|-
|CP2K 9.1 (CPU)
|CP2K 9.1 (CPU)
|Menjalankan CP2K versi 9.1 di CPU
|Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
|-
|CP2K 9.1 (GPU)
|Menjalankan CP2K 9.1 pada GPU
|}Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
 
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
|-
!4
|-
|-
|CP2K 9.1 (GPU) Eksperimental
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
|Menjalankan CP2K versi 9.1 di GPU. Dalam fase pengujian
*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
|}
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''4'''
!5A
|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
*Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
*''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''.''
**''Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|-
|'''5'''
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
|[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
* Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
 
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
*''Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.''
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
*Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk CP2K''<sup>1</sup>''
! colspan="4" |Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
|-
! rowspan="2" |Skenario Menjalankan CP2K
! rowspan="2" |Berjalan di
Compute Node
! colspan="4" |Nilai maksimal SBATCH
|-
|-
!ntasks
!ntasks
(CPU)
!gpus
!mem
!mem
(RAM)
!Rate komputasi
!gpus
|-
(GPU)
|10
!time
|1
(time limit)
|64GB
|10CCH + 1GH / jam
|-
| colspan="4" |''Saran ini bersifat tidak wajib.''
|}
|-
|-
| colspan="2" | ''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
|
|''128''
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
|''128GB''
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|''2''
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau 72:00:00
|-
|-
|CP2K versi CPU''<sup>3</sup>''
!5B
|epyc (CPU)
|384
|240GB
|0
|-
|-
|CP2K versi CPU di high-mem node''<sup>4</sup>''
| SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
|epyc (CPU)
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|128
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|500GB
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
|0
'''$ slimit-cp2k'''
|-
|-
|CP2K versi GPU''<sup>5</sup>''
!6
|ampere (GPU)
|9
|64GB
|1
|}'''''Keterangan:'''''
#Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
# Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#* User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#* Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
# CP2K mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' : 
#* Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
#* Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#** Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#* Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB. 
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
#Nilai maks versi GPU berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
|-
|-
|'''6A'''
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
 
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Daftar Status Job
|-
!Status
!Status
!Arti
! Arti
|-
|-
|Not Submitted
|Not Submitted
Baris 471: Baris 365:
|-
|-
|Completed
|Completed
|Job selesai berjalan.
| Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|-
|-
|Failed
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|}
|-
|-
|'''6B'''
!7
|Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
|-
 
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
|'''7A'''
!8
|Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Files</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
|-
|-
|'''7B'''
| Untuk menghapus ruang job dan datanya:
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
== '''Pelaporan Kendala dan Support'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi CP2K, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]

Revisi terkini sejak 22 Juli 2024 09.47

CP2K.png

CP2K adalah package untuk quantum chemistry dan solid state physics yang dapat melakukan simulasi liquid, molekolar, periodik, material, kristal, dan sistem biologis. CP2K menggunakan pemodelan DFT dengan pendekatan Gaussian and plane waves GPW dan GAPW.

Modul CP2K

Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul CP2K versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL V - - V
Modul CP2K versi GPU (Modul ini sedang dalam tahap pengujian)
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA V V - V

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)*Job submission terminal

  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script CP2K versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
ntasks gpus mem Rate komputasi
10 1 64GB 10CCH + 1GH / jam
Saran ini bersifat tidak wajib.
Template Submit Script CP2K versi GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi GPU) | rev.220724
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal menurut doc CP2K:
# ----------------------------------------
# | ntasks | gpus | mem  | rate          |
# | --------------------------------------
# | 10     | 1    | 64GB | 10cch+1gh/jam |
# ----------------------------------------
#    (saran diatas tidak wajib dijalankan)
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-cp2k
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template CP2K yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
CP2K 9.1 (CPU) Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
CP2K 9.1 (GPU) Menjalankan CP2K 9.1 pada GPU
Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
ntasks gpus mem Rate komputasi
10 1 64GB 10CCH + 1GH / jam
Saran ini bersifat tidak wajib.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal: 

$ slimit-cp2k
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=CP2K&oldid=1667"