CP2K: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(menambah info rekomendasi ntasks gpu pada job composer)
 
(8 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 45: Baris 45:
|V
|V
|}
|}
 
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
== '''Menjalankan CP2K''' ==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''*'''Job submission terminal'''
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
===Menggunakan terminal - SLURM sbatch===
*'''Job submission web EFIRO'''
** ''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
===Job Submission Terminal===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan CP2K di Terminal melalui SLURM sbatch
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|-
|'''0'''
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
===== Login SSH =====
|-
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
!3A
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
|-
|'''1'''
!
|
===== Menyiapkan File Komputasi =====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. 
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' 
$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ touch my_job_submission.sh
''... upload / menyiapkan data input komputasi dll ...''
|-
|-
| rowspan="2" |'''2'''
| Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
===== Template SLURM Submit Script CP2K =====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi CPU
!Template Submit Script CP2K versi CPU
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 126: Baris 123:
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
{| class="wikitable"
! colspan="4" |Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
|-
!ntasks
!gpus
!mem
!Rate komputasi
|-
|10
|1
|64GB
|10CCH + 1GH / jam
|-
| colspan="4" |''Saran ini bersifat tidak wajib.''
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk CP2K versi GPU
!Template Submit Script CP2K versi GPU  
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 135: Baris 147:
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi GPU) | rev.080124
# CP2K (versi GPU) | rev.220724
#  
#  
# NOTES:  
# NOTES:  
Baris 141: Baris 153:
# 2. Template ini bersifat referensi.
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Jumlah ntasks dan gpu berdasarkan doc CP2K
# 3. Rekomendasi performa optimal menurut doc CP2K:
#   Menggunakan rate komputasi 9 CCH/jam & 1 GH/jam
# ----------------------------------------
# | ntasks | gpus | mem  | rate         |
# | --------------------------------------
# | 10    | 1   | 64GB | 10cch+1gh/jam |
# ----------------------------------------
#    (saran diatas tidak wajib dijalankan)
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


Baris 153: Baris 170:


# Alokasi jumlah core thread CPU
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=9
#SBATCH --ntasks=////


# Alokasi jumlah GPU
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=1
#SBATCH --gpus=////


# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH --mem=////


# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Alokasi limit waktu menjalankan job
Baris 192: Baris 209:
|-
|-
|
|
===== Panduan Nilai Maksimal SBATCH =====
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
| Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau


72:00:00
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
|CP2K versi CPU''<sup>2</sup>''
!3B
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|CP2K versi CPU di high-mem node
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
 
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
* Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|128
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
|500GB
'''$ slimit-cp2k'''
|0
|-
|-
|CP2K versi GPU''<sup>3</sup>''
!4
|9
|64GB
|1
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
#* User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
   
#* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
''Contoh:''
# CP2K mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:  
$ sbatch submit.sh
#* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#* Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#* Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#Berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!5
|-
|-
| colspan="5" |
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
* '''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
** SLURM akan menahan job apabila:
{| class="wikitable"
*** ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
*** gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
** Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
 
$ '''sausage'''
 
* Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
| '''3'''
|
===== Menjalankan Job Komputasi =====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
* Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!STATE
! Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
| R
|R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
| PD
|PD (PENDING)
| PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
|CG (COMPLETING)
| COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
|CA (CANCELED)
|CANCELED
|Job dibatalkan user
| Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR  
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
| Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|-
|'''4B'''
!
|
|-
===== Menghentikan Job Komputasi =====
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
contoh membatalkan job ID 231:
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===Menggunakan Web EFIRO - EFIRO Job Composer===
===Job Submission Web EFIRO===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" | Langkah Menjalankan CP2K via EFIRO Job Composer
! Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|-
|'''0'''
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer''' di homepage EFIRO.
|
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
===== Login Web EFIRO =====


* [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
* Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
|-
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
!3
|-
|-
|'''1'''
|
|
===== Membuka Job Composer dan Memilih Template Job =====
* Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
* Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' ]][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
* PIlih template CP2K yang diinginkan.
* Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
* Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template CP2K yang tersedia
! colspan="2" |'''Pilih template CP2K yang diinginkan:'''
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan  
|-
|-
|CP2K 9.1 (CPU)
|CP2K 9.1 (CPU)
|Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
|Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
|-
|-
|CP2K 9.1 (GPU)  
|CP2K 9.1 (GPU)
|Menjalankan CP2K 9.1 dengan akselerasi GPU.  
|Menjalankan CP2K 9.1 pada GPU
|}
|}Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
 
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
|-
!4
|-
|-
|'''3'''
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
|
*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
===== Menyiapkan File Komputasi =====
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
 
Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
 
* Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
* Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
** Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
!5A
|
===== Melengkapi Submit Script =====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
 
* Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
* Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
* Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
 
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
===== Panduan Nilai Maksimal SBATCH =====
* Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
{| class="wikitable"
! colspan="4" |Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
|-
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
!ntasks
(CPU)
!gpus
!mem
!mem
(RAM)
!Rate komputasi
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
| Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|10
|128
|1
|128GB
|64GB
|2
|10CCH + 1GH / jam
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau
 
72:00:00
|-
|-
|CP2K versi CPU''<sup>2</sup>''
| colspan="4" |''Saran ini bersifat tidak wajib.''
|384
|}
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|CP2K versi CPU di high-mem node
|
 
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
* Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|128
|500GB
|0
|-
|-
|CP2K versi GPU''<sup>3</sup>''
!5B
|9
|64GB
|1
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
| SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
#* User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
#* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
# CP2K mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: 
'''$ slimit-cp2k'''
#* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#* Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#* Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#Berdasarkan rekomendasi dokumentasi CP2K.
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!6
|-
|-
| colspan="5" |
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''  
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
** SLURM akan menahan job apabila:
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
*** ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
*** gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
{| class="wikitable"
** Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
! colspan="2" |Daftar Status Job
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
* Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]   
|}
|-
|-
|'''5'''
|
===== Menjalankan Job Komputasi =====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Status
!Arti
! Arti
|-
|-
|Not Submitted
|Not Submitted
Baris 459: Baris 365:
|-
|-
|Completed
|Completed
|Job selesai berjalan.
| Job selesai berjalan.
|-
|-
|Failed
|Failed  
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|-
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|}
|}
===== Menghentikan Job Komputasi =====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|'''6A'''
!7
|
|-
===== Melihat Output Komputasi =====
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''  
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
 
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
* Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
|-
 
!8
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]]
|-
|-
|'''6B'''
| Untuk menghapus ruang job dan datanya:
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
== '''Pelaporan Kendala dan Support'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


Revisi terkini sejak 22 Juli 2024 09.47

CP2K.png

CP2K adalah package untuk quantum chemistry dan solid state physics yang dapat melakukan simulasi liquid, molekolar, periodik, material, kristal, dan sistem biologis. CP2K menggunakan pemodelan DFT dengan pendekatan Gaussian and plane waves GPW dan GAPW.

Modul CP2K

Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul CP2K versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL V - - V
Modul CP2K versi GPU (Modul ini sedang dalam tahap pengujian)
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA V V - V

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)*Job submission terminal

  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script CP2K versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
ntasks gpus mem Rate komputasi
10 1 64GB 10CCH + 1GH / jam
Saran ini bersifat tidak wajib.
Template Submit Script CP2K versi GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi GPU) | rev.220724
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal menurut doc CP2K:
# ----------------------------------------
# | ntasks | gpus | mem  | rate          |
# | --------------------------------------
# | 10     | 1    | 64GB | 10cch+1gh/jam |
# ----------------------------------------
#    (saran diatas tidak wajib dijalankan)
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-cp2k
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template CP2K yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
CP2K 9.1 (CPU) Menjalankan CP2K 9.1 pada CPU
CP2K 9.1 (GPU) Menjalankan CP2K 9.1 pada GPU
Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

Rekomendasi performa optimal untuk CP2K akselerasi GPU
ntasks gpus mem Rate komputasi
10 1 64GB 10CCH + 1GH / jam
Saran ini bersifat tidak wajib.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal: 

$ slimit-cp2k
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=CP2K&oldid=1667"