LAMMPS: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (overhaul wiki lammps 120124) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (italic deskripsi gambar) |
||
(3 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) | |||
Baris 76: | Baris 76: | ||
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | *Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | ||
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | **Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | ||
|- | |- | ||
| rowspan="2" |'''2''' | | rowspan="2" |'''2''' | ||
Baris 209: | Baris 204: | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
| | | | ||
==== Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk LAMMPS ==== | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time | ! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time | ||
Baris 248: | Baris 244: | ||
|2 | |2 | ||
|- | |- | ||
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer | | colspan="5" |'''''Keterangan:''''' | ||
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer | |||
#* User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. | |||
#* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | #* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | ||
#LAMMPS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:#* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. | #LAMMPS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: | ||
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. | |||
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. | #*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. | ||
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]. | #*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]. | ||
Baris 265: | Baris 264: | ||
$ '''sausage''' | $ '''sausage''' | ||
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | *Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
| '''3''' | | '''3''' | ||
Baris 312: | Baris 311: | ||
|- | |- | ||
|'''4B''' | |'''4B''' | ||
| | | | ||
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID. | ==== Menghentikan Job Komputasi ==== | ||
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID. | |||
* Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID. | |||
* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri. | * User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri. | ||
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>''' | $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>''' | ||
Baris 336: | Baris 339: | ||
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO. | *Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO. | ||
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>''' | *Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']] | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']] | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
Baris 421: | Baris 424: | ||
|2 | |2 | ||
|- | |- | ||
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer | | colspan="5" |'''''Keterangan:''''' | ||
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer | |||
#* User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. | |||
#* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | #* Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']] | ||
#LAMMPS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:#* SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. | #LAMMPS mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: | ||
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. | |||
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. | #*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. | ||
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]. | #*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]. | ||
Baris 484: | Baris 490: | ||
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' | User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' | ||
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | *Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | ||
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]] | [[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']] | ||
|- | |- | ||
|'''6B''' | |'''6B''' |
Revisi terkini sejak 15 Januari 2024 10.29
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) adalah framework molekular dinamik untuk pemodelan material (material modelling). LAMMPS adalah software open-source di bawah lisensi GPL v2.
Modul LAMMPS
Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
2022.06.23 update 4 | lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1 | V | V | V | V | V |
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
2022.06.23 update 4 | lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1 | V | V | V | V | V |
Permintaan Instalasi Package LAMMPS
Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (missing package), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui:
Menjalankan LAMMPS
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).
Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)
Langkah Menjalankan LAMMPS di Terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login SSHTatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Menyiapkan File KomputasiSiapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
Template SLURM Submit Script LAMMPSIkuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
Info khusus pada LAMMPS versi GPU untuk menghasilkan performa optimal:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk LAMMPS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan perintah sbatch. $ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch my_job_submission.sh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4B |
Menghentikan Job KomputasiApabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)
Langkah Menjalankan LAMMPS di Web EFIRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login Web EFIRO
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menyiapkan File KomputasiGunakan menu
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
Melengkapi Submit ScriptSubmit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
Info khusus pada LAMMPS versi GPU untuk menghasilkan performa optimal:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panduan Nilai Maksimal SBATCH
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan klik tombol
Menghentikan Job KomputasiUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6A |
Melihat Output KomputasiUser dapat melihat output file komputasi pada kolom
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6B | User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit .
|
Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
- BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
- END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
- FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
- TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
- TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com