DFTB+: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
kTidak ada ringkasan suntingan
 
(8 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 8: Baris 8:
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware
! colspan="4" |Dukungan hardware
|-
|-
Baris 21: Baris 19:
|22.2
|22.2
|dftbplus/22.2-GCC11.3-AOCL4.0
|dftbplus/22.2-GCC11.3-AOCL4.0
|V
|V
|V
| -
| -
Baris 27: Baris 24:
|V
|V
|}
|}
== '''Menyiapkan File Slaster-Koster (SK)''' ==
File input DFTB+ membutuhkan file '''Slater-Koster (SK)''' pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada tautan berikut. File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.
* [https://dftb.org/parameters/download '''Halaman utama Download File SK''']
* [https://dftb.org/parameters/download/all-sk-files '''File SK dalam satu archive''']
Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job.
'''$HOME'''''/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>''
Pastikan file input dftb_in.hsd pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.
== '''File Input dftb_in.hsd''' ==
User membuat file input DFTB+ dengan nama file '''<code>dftb_in.hsd</code>'''.
* Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.


== '''Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan DFTB+''' ==
== '''Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan DFTB+''' ==
DFTB+ secara default berjalan dengan paralelisasi OpenMP (OMP). Sementara itu DFTB+ pada ALELEON Supercomputer dicompile dengan MPI sehingga dapat berjalan dengan paralelisasi hybrid MPI/OMP. ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada SLURM Submit Script ''(lihat subbab Menjalankan DFTB+ di Compute Node)'':
DFTB+ di ALELEON Supercomputer dapat berjalan melalui paralelisasi '''MPI''', '''OpenMP''' (OMP), atau keduanya ('''hybrid MPI/OMP''') untuk menggunakan multi-core CPU dan multi-node. Admin menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi melalui parameter Submit Script berikut:
* SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
*''Penjelasan submit script lihat subbab berikutnya (Pilihan Menjalankan Komputasi).''
 
*'''SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.'''
  '''#SBATCH --ntasks''' ''-> mewakili jumlah task MPI''
  '''#SBATCH --ntasks''' ''-> mewakili jumlah task MPI''
  '''#SBATCH --cpus-per-task''' ''-> mewakili jumlah thread OpenMP''
  '''#SBATCH --cpus-per-task''' ''-> mewakili jumlah thread OpenMP''
 
* '''Apabila ingin MPI saja,''' isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1:
* Apabila ingin Pure MPI maka isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1.
 
  ''# Pure MPI''  
  ''# Pure MPI''  
  '''#SBATCH --ntasks='''''<isi-sesuai-keinginan>''
  '''#SBATCH --ntasks='''''[isi-sesuai-keinginan]''
  '''#SBATCH --cpus-per-task=1'''
  '''#SBATCH --cpus-per-task=1'''
 
*'''Apabila ingin Hybrid MPI/OMP,''' isi kedua parameter tersebut:
* Apabila ingin Hybrid MPI/OMP maka isi kedua parameter tersebut. Perlu diingat bahwa total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task. Contoh berikut menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:  
**Total core CPU yang digunakan adalah '''ntasks * cpus-per-task'''.
 
**Contoh menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:
  ''# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.''
  ''# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.''
  '''#SBATCH --ntasks=2'''
  '''#SBATCH --ntasks=2'''
  '''#SBATCH --cpus-per-task=4'''
  '''#SBATCH --cpus-per-task=4'''
 
*'''Apabila ingin OMP saja,''' isi jumlah ntasks dengan 1:
* Apabila ingin Pure OMP maka isi jumlah ntasks dengan 1.
 
  ''# Pure OMP''  
  ''# Pure OMP''  
  '''#SBATCH --ntasks=1'''
  '''#SBATCH --ntasks=1'''
  '''#SBATCH --cpus-per-task='''''<isi-sesuai-keinginan>''
  '''#SBATCH --cpus-per-task='''''[isi-sesuai-keinginan]''
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
*'''Job submission terminal'''
** ''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
* '''Job submission web EFIRO'''
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
===Job Submission Terminal===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
| Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.


== '''Menyiapkan File Slaster-Koster (SK)''' ==
* File input dftb_in.hsd yang dibuat user.
File input DFTB+ membutuhkan file '''Slater-Koster (SK)''' pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada tautan berikut. File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.
* [https://dftb.org/parameters/download '''Halaman utama Download File SK''']
* [https://dftb.org/parameters/download/all-sk-files '''File SK dalam satu archive''']


Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
'''$HOME'''''/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>''
|-
Pastikan file input dftb_in.hsd pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.
! 3A
== '''Menjalankan DFTB+''' ==
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan DFTB+ di Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''0'''
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|
 
=====Login SSH=====
* Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
|-
|-
|'''1'''
!
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*'''File input DFTB+ dftb_in.hsd'''
**Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format '''<code>dftb_in.hsd</code>'''
**Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ nano my_job_submission.sh
$ nano dftb_in.hsd
''... upload / menyiapkan / edit input dan data komputasi ...''
|-
|-
| rowspan="2" |'''2'''
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
=====Template SLURM Submit Script DFTB+=====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk DFTB+
!Template Submit Script DFTB+
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 108: Baris 105:
# 2. Template ini bersifat referensi.
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan rate CCH = ntasks * cpus-per-task.
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------


Baris 150: Baris 148:
|-
|-
|
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk DFTB+ =====
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
! Skenario Komputasi
!(CPU)''<sup>1</sup>''
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''2''</sup>
| 128
| 128GB
|2
| rowspan="3" |3-00:00:00
atau


72:00:00
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
|DFTB+''<sup>3</sup>''
!3B
|384
|240GB''<sup>3</sup>''
|0
|-
|-
|DFTB+ di high-mem node
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|128
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|500GB
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
|0
'''$ slimit-hympi'''
|-
|-
| colspan="5" | '''''Keterangan:'''''
!4
# Jumlah CPU = ntasks * cpus-per-task
# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
|-
| colspan="5" |
!5
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] 
|}
|-
|-
|'''3'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
|
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
===== Menjalankan Job Komputasi=====
{| class="wikitable"
Jalankan job dengan perintah sbatch.
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''4A'''
! STATE
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
! Penjelasan  
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
|-
|-
|R
| R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|PD (PENDING)
|PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
| CG (COMPLETING)
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up  
| Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
|CA (CANCELED)
|CANCELED
|Job dibatalkan user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}  
|-
!
|-
|-
|'''4B'''
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
|
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
==== Menghentikan Job Komputasi ====
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
contoh membatalkan job ID 231:
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
===Job Submission Web EFIRO===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan DFTB+ di Web EFIRO
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
|-
|'''0'''  
!1
|
|-
=====Login Web EFIRO=====
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.
! 2
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer''' di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
! 3
|-
|-
|'''1'''
|
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template DFTB+ yang diinginkan.
* Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template DFTB+ yang tersedia
! colspan="2" |'''Pilih template DFTB+ yang diinginkan:'''
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan  
!Penjelasan
|-
|-
|DFTB+ 22.2  
| DFTB+ 22.2
|Menjalankan DFTB+ 22.2  
| Menjalankan DFTB+ versi 22.2
|}
|}Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
|-
|'''3'''
|
=====Menyiapkan File Komputasi =====
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]


Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
*Buat / upload file input DFTB+ dengan nama dan format '''<code>dftb_in.hsd</code>.'''
**Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
!4
|
===== Melengkapi Submit Script=====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
* Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
* Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
* File input dftb_in.hsd yang dibuat user.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
* Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
!Skenario Komputasi
!5A
!(CPU)''<sup>1</sup>''
! mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''2''</sup>
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
|128
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|128GB
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|2
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
| rowspan="3" |3-00:00:00
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
atau
 
72:00:00
|-
|-
| DFTB+''<sup>3</sup>''
|
|384
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
|240GB''<sup>3</sup>''  
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|0
|-
|-
|DFTB+ di high-mem node
!5B
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
# Adalah nilai '''ntasks * cpus-per-task'''
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
'''$ slimit-hympi'''
#DFTB+ mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!6
|-
|-
| colspan="5" |
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
**SLURM akan menahan job apabila:
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
{| class="wikitable"
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
! colspan="2" |Daftar Status Job
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
|'''5'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Status
! Arti
!Arti
|-
|-
|Not Submitted
|Not Submitted
Baris 390: Baris 285:
|Queue
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
| Completed
* Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|Job selesai berjalan.
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.  
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|}
|-
=====Menghentikan Job Komputasi=====
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
|}
 
|-
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]  
!7
|-
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
|'''6A'''
!8
|
===== Melihat Output Komputasi=====
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]]
|-
|-
|'''6B'''
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.  
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
== '''Pelaporan Kendala dan Support'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
* TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


Revisi terkini sejak 30 September 2024 03.52

DFTB logo.png

DFTB+ adalah software package yang versatil untuk simulasi mechanical quantum. DFTB+ merupakan software tidak berbayar dengan lisensi GNU Lesser General Public License.

Modul DFTB+

Berikut adalah detail versi DFTB+ yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

22.2 dftbplus/22.2-GCC11.3-AOCL4.0 V - V V

Menyiapkan File Slaster-Koster (SK)

File input DFTB+ membutuhkan file Slater-Koster (SK) pada bagian Hamiltonian yang bisa didapatkan pada tautan berikut. File dalam format .tar sehingga perlu di ekstrak.

Admin menyarankan menaruh / upload folder SK pada direktori HOME supaya dapat diakses oleh banyak job. 

$HOME/<folder-file-SK-yang-dibutuhkan>

Pastikan file input dftb_in.hsd pada bagian Hamiltonian menunjuk direktori file SK spesifik pada HOME tersebut.

File Input dftb_in.hsd

User membuat file input DFTB+ dengan nama file dftb_in.hsd.

  • Pastikan bagian Hamiltonian di file input menunjuk direktori file SK yang tepat.

Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan DFTB+

DFTB+ di ALELEON Supercomputer dapat berjalan melalui paralelisasi MPI, OpenMP (OMP), atau keduanya (hybrid MPI/OMP) untuk menggunakan multi-core CPU dan multi-node. Admin menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi melalui parameter Submit Script berikut:

  • Penjelasan submit script lihat subbab berikutnya (Pilihan Menjalankan Komputasi).
  • SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP
  • Apabila ingin MPI saja, isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1:
# Pure MPI 
#SBATCH --ntasks=[isi-sesuai-keinginan]
#SBATCH --cpus-per-task=1
  • Apabila ingin Hybrid MPI/OMP, isi kedua parameter tersebut:
    • Total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task.
    • Contoh menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:
# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --cpus-per-task=4
  • Apabila ingin OMP saja, isi jumlah ntasks dengan 1:
# Pure OMP 
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=[isi-sesuai-keinginan]

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
  • File input dftb_in.hsd yang dibuat user.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script DFTB+ 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# DFTB+ | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan rate CCH = ntasks * cpus-per-task.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU. mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS 
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software DFTB+
# Daftar modul lihat subbab "Modul DFTB+" di atas 
module load dftbplus////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Definisi threading OMP 
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjakankan DFTB+
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} dftb+
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-hympi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template DFTB+ yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
DFTB+ 22.2 Menjalankan DFTB+ versi 22.2
Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • File input dftb_in.hsd yang dibuat user.
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal: 

$ slimit-hympi
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=DFTB%2B&oldid=1730"