NWChem: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (overhaul wiki nwchem 120124) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (italic deskripsi gambar) |
||
(1 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) | |||
Baris 38: | Baris 38: | ||
| | | | ||
=====Menyiapkan File Komputasi===== | =====Menyiapkan File Komputasi===== | ||
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:*File input dan data komputasi. | Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job: | ||
*File input dan data komputasi. | |||
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. | **User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. | ||
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | *Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | ||
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | **Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | ||
|- | |- | ||
| rowspan="2" | '''2''' | | rowspan="2" | '''2''' | ||
Baris 231: | Baris 227: | ||
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO. | *Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO. | ||
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>''' | *Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']] | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']] | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
Baris 367: | Baris 363: | ||
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' | User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' | ||
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | *Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>''' | ||
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]] | [[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']] | ||
|- | |- | ||
|'''6B''' | |'''6B''' |
Revisi terkini sejak 15 Januari 2024 10.30
NWChem adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.
Modul NWChem
Berikut adalah detail versi NWChem yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul software | Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | ||
7.0.2 | nwchem/7.0.2-GCC10-OMP-MKL | V | - | - | V |
Menjalankan NWChem
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).
Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)
Langkah Menjalankan NWChem di Terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login SSHTatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Menyiapkan File KomputasiSiapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
Template SLURM Submit Script NWChemIkuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk NWChem
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan perintah sbatch. $ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch my_job_submission.sh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4B |
Menghentikan Job KomputasiApabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)
Langkah Menjalankan NWChem di Web EFIRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 |
Login Web EFIRO
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 |
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Menyiapkan File KomputasiGunakan menu
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
Melengkapi Submit ScriptSubmit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panduan Nilai Maksimal SBATCH
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan klik tombol
Menghentikan Job KomputasiUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6A |
Melihat Output KomputasiUser dapat melihat output file komputasi pada kolom
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6B | User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit .
|
Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
- BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
- END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
- FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
- TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
- TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com