Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(format baru di langkah login)
(→‎Selamat Datang di Login Node: menggantu urutan kegiatan)
 
(4 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
AktifkHalaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.  
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|600x600px]]
 
Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.  


== '''Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix''' ==
== '''Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix''' ==


# Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.  
# Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.  
# Simbol '''$''' untuk menandakan perintah terminal
# Simbol '''$''' menandakan perintah terminal, bracket '''[ ]''' menandakan parameter input.
# Bracket '''[ ]''' menandakan parameter input:


  $ '''command''' '''''[input-user]'''''
  $ '''command''' '''''[input-user]'''''
== '''1 | Login SSH''' ==
== '''Login SSH''' ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
!Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
Baris 14: Baris 15:
!1
!1
|-
|-
| [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''Aktifkan VPN ALELEON Supercomputer''']].
| [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''Aktifkan koneksi jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
!2
!2
Baris 44: Baris 45:
!
!
|-
|-
|Semua Login Node mendukung '''SSH X11:'''  
|Login Node ALELEON Supercomputer mendukung '''SSH X11:'''  
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!User OS
!User OS
Baris 96: Baris 97:
|}
|}


== '''2 | Selamat Datang di Login Node''' ==
== '''Selamat Datang di Login Node''' ==
[[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|700x700px]]
[[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|700x700px]]


Login SSH membawa user masuk ke '''Login Node.''' Pada Login Node, user dapat melakukan: 
Login SSH membawa user masuk ke '''Login Node''' selaku front-end sistem'''.''' User dapat melakukan serangkaian kegiatan berikut pada Login Node.  
 
=== Manajemen Data dan Folder ===
User dapat melakukan kegiatan manajemen data:
 
* Upload dan download data via software FTP. Info lebih lanjut lihat laman '''[[Upload File dengan Aplikasi FTP]]'''
* Mengatur file dan folder via software FTP atau terminal (cd, mkdir, cp, mv, vim, nano, dan lain-lainnya).
* ''Kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour.''
 
=== Mengakses, Compiling, dan Instalasi Software ===
User dapat melakukan kegiatan mengakses, compiling, dan instalasi software secara lokal di direktori HOME masing-masing.
 
* Info lebih detail lihat laman '''''<coming soon>'''''
 
=== Menjalankan Komputasi ===
User dapat menjalankan komputasi ke '''Compute Node''' melalui manajemen SLURM.
* Lihat subbab [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#3_|_Menjalankan_Komputasi_ke_Compute_Node_via_SLURM '''Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM''']
 
* Mengakses software yang terinstal di ALELEON Supercomputer melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']].


{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|'''''Keterangan:'''''  
|'''''Keterangan:'''''  
* Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di semua jenis Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.
* Semua kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour user.
* Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.


* Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.
* Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.
|}
|}
== '''3 | Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM''' ==
[[Berkas:Slurmm.png|al=|600x600px]]
User menjalankan job komputasi ke Compute Node melalui program manajemen atau scheduler '''SLURM.'''
=== Tutorial Spesifik per Software Komputasi ===
User dapat melihat tutorial menjalankan komputasi masing-masing software komputasi di laman [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']]:
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
=== Tutorial Umum ===
Berikut menjabarkan tutorial umum menjalankan komputasi melalui SLURM.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan Komputasi melalui SLURM di Terminal
!No
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
!Kegiatan
|-
|-
|'''1'''
|'''1'''
|
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
===Menjalankan Job Komputasi===
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*Menjalankan job software komputasi melalui manjemen Slurm.
*File input dan data komputasi.
*Tutorial per software komputasi lihat laman:
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
**[[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']]
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
**Info membuat SLURM Submit Script lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Contoh SLURM Submit Script dengan software CP2K
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
! colspan="2" |
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"
 
# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas
module load cp2k////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
|-
|-
|'''2'''
|'''2'''
|
|
===== Menjalankan Job Komputasi =====
=== Manajemen File ===
Jalankan job dengan perintah sbatch.
User dapat melakukan kegiatan manajemen data pada direktori HOME.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
 
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
* Untuk upload / download file gunakan '''[[Upload File dengan Aplikasi FTP|software FTP]]'''
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''3A'''
! colspan="2" |
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
|-
|-
| R
|'''3'''
|RUN
|
| Job berjalan
=== Melihat Sisa / Penggunaan Core Hour ===
Untuk akun perseorangan jalankan perintah:
$ '''sausage'''
Untuk akun institusi ikuti petunjuk khusus dari admin.
|-
|-
|PD
! colspan="2" |
|PENDING
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
| CG
|'''4'''
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|CA
| CANCELED
|Job dibatalkan oleh user
|-
|PR
|PREEMPETED
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
| S
|SUSPENDED
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|-
|'''3B'''
|
|
=====Menghentikan Job Komputasi=====
=== Mengakses Software dan Compiling ===
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
 
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
* Untuk mengakses software gunakan [[Module Environment|'''Module Environment''']].
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
* Info untuk compiling lihat laman [[Compiler ALELEON Supercomputer|'''Compiler ALELEON Supercomputer''']].
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
$ scancel 231
|}
|}
== '''Support dan Laporan Kendala Penggunaan''' ==
== '''Support dan Laporan Kendala Penggunaan''' ==
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
Apabila butuh support lainnya, hubungi admin melalui email:
'''support@efisonlt.com'''

Revisi terkini sejak 28 Juli 2024 03.30

Sbatch Terminal.png

Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.

Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix

  1. Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.
  2. Simbol $ menandakan perintah terminal, bracket [ ] menandakan parameter input.
$ command [input-user]

Login SSH

Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
1
Aktifkan koneksi jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
2
Gunakan software shell preferensi user.
  • Lakukan login ke Login Node dengan kredensial berikut:
Kredensial Login Node Utama
Username dan password Diberikan oleh admin EFISON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.10
Nomor port 22 (default)
Contoh login via terminal:
  • User Windows & MacOS -> $ ssh [username]@aleleon.hpc
  • User Linux -> $ ssh [username]@10.192.50.10
Login Node ALELEON Supercomputer mendukung SSH X11:
User OS Metode
Windows Admin merekomendasi software MobaXTerm Home Edition
MacOS $ ssh -Y [username]@aleleon.hpc
Linux $ ssh -X [username]@10.192.50.10
Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama down:
Kredensial Login Node Backup 1
Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon3.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.13
Nomor port 22 (default)
Kredensial Login Node Backup 2
Tanpa GPU sehingga tidak dapat compiling / install package GPU
Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon2.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.12
Nomor port 22 (default)

Selamat Datang di Login Node

Login SSH membawa user masuk ke Login Node selaku front-end sistem. User dapat melakukan serangkaian kegiatan berikut pada Login Node.

Keterangan:
  • Semua kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour user.
  • Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.
  • Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.
No Kegiatan
1

Menjalankan Job Komputasi

2

Manajemen File

User dapat melakukan kegiatan manajemen data pada direktori HOME.

3

Melihat Sisa / Penggunaan Core Hour

Untuk akun perseorangan jalankan perintah: 

$ sausage

Untuk akun institusi ikuti petunjuk khusus dari admin.

4

Mengakses Software dan Compiling

Support dan Laporan Kendala Penggunaan

Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Apabila butuh support lainnya, hubungi admin melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal&oldid=1702"