PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Revisi terkini sejak 22 Juli 2024 08.57

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Modul PHASE/0

Berikut adalah detail versi PHASE/0 yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul PHASE/0 untuk phase
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2023.01	phase0/2023.01.01-3D-OneAPI	V	-	-	V

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

Job submission terminal
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
Job submission web EFIRO
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

1

Login SSH ke ALELEON Supercomputer.

2

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

User dapat upload / download file dengan software FTP.

3A

Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.

Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh

Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.

Klik expand / kembangkan

Template Submit Script PHASE/0 versi phase

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# PHASE/0 | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software PHASE/0
# Daftar modul lihat subbab "Modul PHASE/0" di atas 
module load phase0////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan PHASE/0
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} phase

Template Submit Script PHASE/0 versi ekcal

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# PHASE/0 ekcal | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software PHASE/0
# Daftar modul lihat subbab "Modul PHASE/0" di atas 
module load phase0////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan PHASE/0
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} ekcal

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

3B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:

$ slimit-mpi

4

Jalankan job komputasi dengan perintah:

$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh

5

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE	Penjelasan
R (RUN)	Job berjalan
PD (PENDING)	Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING)	Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED)	Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED)	Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED)	Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email

Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:

$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

1

Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.

2

Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

3

Pilih template PHASE/0 yang diinginkan:
Nama Template	Penjelasan
PHASE/0 2023.01	Menjalankan PHASE/0 2023.01
PHASE/0 2023.01 ekcal	Menjalankan PHASE/0 2023.01 dengan ekcal

Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

4

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:

Upload / download / edit file via menu Edit Files
- Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan software FTP.

5A

Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.

Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
Klik Save setiap kali mengubah script.

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

5B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal:

$ slimit-mpi

6

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.
Job completed dapat dijalankan kembali dengan Submit.

Daftar status job
Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue: Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

7

Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka Edit Files

Kolom Folder Contents.

8

Untuk menghapus ruang job dan datanya:

Pilih ruang job yang akan dihapus.
Klik menu Delete

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

@@ Baris 54: / Baris 54: @@
 |-
 |Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
+* ''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
 {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
-!Template PHASE/0 versi phase
+!Template Submit Script PHASE/0 versi phase
 |-
 |<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
@@ Baris 103: / Baris 104: @@
 |}
 {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
-!Template PHASE/0 versi ekcal
+!Template Submit Script PHASE/0 versi ekcal
 |-
 |<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
@@ Baris 150: / Baris 151: @@
 </syntaxhighlight>
 |}
-|-
-!
 |-
 |
@@ Baris 180: / Baris 179: @@
 Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
-{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+{| class="wikitable"
-! colspan="2" |Daftar ST (STATE)
+! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
 |-
 ! STATE
@@ Baris 226: / Baris 225: @@
 !2
 |-
-|Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
+|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
 Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
@@ Baris 235: / Baris 234: @@
 |
 {| class="wikitable"
-! colspan="2" |Pilih template PHASE/0 yang diinginkan
+! colspan="2" |Pilih template PHASE/0 yang diinginkan:
 |-
 !Nama Template
@@ Baris 251: / Baris 250: @@
 ! 4
 |-
-|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
+|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
-[[Berkas:Jcjoboption.png|nirbing|400x400px]]
+*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
-*Upload file melalui menu '''<code>Edit Files</code>'''
 **Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
+[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
 |-
 !5A
@@ Baris 263: / Baris 262: @@
 *Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
 *Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
-|-
-!
 |-
 |
-*''Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].''
+*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
-*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].''
+*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
 |-
 !5B
@@ Baris 281: / Baris 278: @@
 |-
 |Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
-[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|400x400px]]
 *Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
 *Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
 *Job completed dapat dijalankan kembali dengan '''<code>Submit</code>'''.
-{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
+{| class="wikitable"
 ! colspan="2" |Daftar status job
 |-
@@ Baris 304: / Baris 301: @@
 |-
 | Failed
-|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
+|Job berhenti karena error atau di stop user.
 |-
-| colspan="2" | '''Untuk melihat alasan queue:'''
+| colspan="2" | '''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
-#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
-#[[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
 |}
 |-
@@ Baris 316: / Baris 311: @@
 *Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
 [[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
+|-
+!8
+|-
+|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
+*Pilih ruang job yang akan dihapus.
+*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
+[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
 |}
 =='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
 Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas