GAMESS: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(paraphrasing standar baru)
kTidak ada ringkasan suntingan
 
(7 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 23: Baris 23:
|V
|V
|}
|}
Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
Baris 51: Baris 53:
|-
|-
| Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
| Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
* ''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template Submit Script GAMESS ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
!Template Submit Script GAMESS
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 102: Baris 107:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
|-
!
|-
|-
|
|
Baris 169: Baris 172:
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
|-
!1
! 1
|-
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
Baris 175: Baris 178:
!2
!2
|-
|-
|Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''


Baris 182: Baris 185:
!3
!3
|-
|-
| Pilih template GAMESS yang diinginkan:
|
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |'''Pilih template GAMESS yang diinginkan:'''
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|GAMESS 2020.2
|GAMESS 2020.2  
|Menjalankan GAMESS versi 2020.2
|Menjalankan GAMESS versi 2020.2
|}Kemudian Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
|}Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''


[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
Baris 196: Baris 200:
!4
!4
|-
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
* Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
*Menu '''<code>Edit Files</code>''' -> upload / download / edit file
** Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
*Menu '''<code>Open Terminal</code>''' -> menjalankan perintah slimit (langkah 5B)
|-
|-
!5A
!5A  
|-
|-
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
|-
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
!
|-
|-
|
|
Baris 218: Baris 219:
!5B
!5B
|-
|-
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui '''<code>Open Terminal</code>''':
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
  '''$ slimit-mpi'''
  '''$ slimit-mpi'''
|-
|-
Baris 226: Baris 228:
|-
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
* Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
! colspan="2" |Daftar Status Job ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Daftar Status Job
|-
|-
!Status
!Status
!Arti
!Arti  
|-
|-
|Not Submitted
|Not Submitted
Baris 245: Baris 247:
|-
|-
|Completed
|Completed
|Job selesai berjalan.  
| Job selesai berjalan.
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|-
|-
| colspan="2" |'''Melihat alasan queue:'''
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
# [[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
|}
|}
|-
|-
Baris 258: Baris 258:
|-
|-
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''  
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
Baris 266: Baris 266:
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|400x400px]]  
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|}
|}
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==

Revisi terkini sejak 22 Juli 2024 08.51

GAMESS.png

GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) adalah package ab-inito kimia kuantum untuk komputasi SCF Wavefunctions.

Modul GAMESS

Berikut adalah detail versi GAMESS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2020.2 gamess/2020.2-GCC10-MKL V - - V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script GAMESS 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# GAMESS | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file GAMESS yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software GAMESS
# Daftar modul lihat subbab "Modul GAMESS" di atas 
module load gamess////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan GAMESS
rungms ${INPUT_FILE} 00 ${SLURM_NTASKS}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-mpi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template GAMESS yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
GAMESS 2020.2 Menjalankan GAMESS versi 2020.2
Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal: 

$ slimit-mpi
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=GAMESS&oldid=1654"