NAMD: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(fix formatting error)
kTidak ada ringkasan suntingan
 
(4 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 63: Baris 63:
!2
!2
|-
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
 
* User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
|-
!3A
!3A
Baris 75: Baris 77:
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
|+
!Template Submit Script NAMD versi CPU
!Template Submit Script NAMD versi CPU
|-
|-
Baris 127: Baris 128:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
{| class="wikitable"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
|+
!Template Submit Script NAMD versi GPU
!Template Submit Script NAMD versi GPU
|-
|-
Baris 185: Baris 185:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
|-
!
|-
|-
|
|
Baris 258: Baris 256:
! 2
! 2
|-
|-
| Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
| [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''


Baris 265: Baris 263:
!3
!3
|-
|-
|Pilih template NAMD yang diinginkan:
|
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Pilih template NAMD yang diinginkan:
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
Baris 282: Baris 281:
! 4
! 4
|-
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
 
*Menu '''<code>Edit Files</code>''' -> upload / download / edit file
* Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
** Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Menu '''<code>Open Terminal</code>''' -> menjalankan perintah slimit (langkah 5B)
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
!5A
!5A
|-
|-
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
|-
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
!
|-
|-
|
|
Baris 313: Baris 310:
|-
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
* Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
! colspan="2" |Daftar Status Job ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Daftar Status Job
|-
|-
!Status
!Status
Baris 326: Baris 323:
|-
|-
|Running
|Running
| Job berjalan.
|Job berjalan.
|-
|-
|Queue
|Queue
Baris 335: Baris 332:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|-
|-
| colspan="2" |'''Melihat alasan queue:'''
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
# [[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
|}
|}
|-
|-

Revisi terkini sejak 22 Juli 2024 08.51

NAMDsof.png

NAMD adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.

Modul NAMD

Berikut adalah detail versi NAMD yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul NAMD versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX V - - V
Modul NAMD versi GPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 V V - V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script NAMD versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# NAMD (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file NAMD yang dijalankan
INPUT_FILE="////.conf"

# Memuat modul software NAMD versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas 
module load namd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan NAMD
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}
Template Submit Script NAMD versi GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# NAMD (versi GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file NAMD yang dijalankan
INPUT_FILE="////.conf"

# Memuat modul software NAMD versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas 
module load namd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan NAMD
charmrun ++local +p${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-namd
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template NAMD yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
NAMD 2.14 (CPU) Menjalankan NAMD 2.14 pada CPU
NAMD 2.14 (GPU) Menjalankan NAMD 2.14 dengan akselerasi GPU.
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui Open Terminal: 

$ slimit-namd
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=NAMD&oldid=1653"