AmberTools: Perbedaan antara revisi

Revisi terkini sejak 26 Juli 2024 01.34

AmberTools adalah suite untuk molecular dynamic (MD) yang merupakan bagian dari software Amber. AmberTools merupakan software tidak berbayar dengan lisensi GNU General Public License.

WOLOLO!
Software ini sedang dalam fase pengujian / trial. Riskan dengan kegagalan teknis seperti program tidak stabil, gagal berjalan atau menghasilkan output yang salah.

Modul AmberTools

Berikut adalah detail versi DFTB+ yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi	Nama modul	Dukungan hardware
Versi	Nama modul	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
AmberTools24	ambertools/24-GCC11.3-CUDA12.3	V	V	V	V

Pilihan MPI dan OpenMP untuk Menjalankan AmberTools

ALELEON Supercomputer menyediakan AmberTools yang dapat dijalankan dengan paralelisasi MPI dan threading OpenMP (Hybrid MPI/OMP). Tim admin menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada Submit Script (lihat subbab Pilihan Menjalankan Komputasi):

SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.

#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP

Apabila ingin Pure MPI maka isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1.

# Pure MPI 
#SBATCH --ntasks=<isi-sesuai-keinginan>
#SBATCH --cpus-per-task=1

Apabila ingin Hybrid MPI/OMP maka isi kedua parameter tersebut.
- Perlu diingat bahwa total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task.
- Contoh berikut menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:

# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --cpus-per-task=4

Apabila ingin Pure OMP maka isi jumlah ntasks dengan 1.

# Pure OMP 
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=<isi-sesuai-keinginan>

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

Job submission terminal
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
Job submission web EFIRO
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

1

Login SSH ke ALELEON Supercomputer.

2

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

User dapat upload / download file dengan software FTP.

3

Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.

Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh

Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.

Klik expand / kembangkan

Template Submit Script AmberTools versi CPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# AmberTools (versi CPU) | rev.240724
# 
# !! TRIAL PHASE - use at your own risk!
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software AmberTools 
# Daftar modul lihat subbab "Modul AmberTools" di atas 
module load ambertools////

# Definisi threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Masukkan script jalannya program dibawah ini

Template Submit Script AmberTools versi GPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# AmberTools (versi GPU) | rev.240724
# 
# !! TRIAL PHASE - use at your own risk!
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software AmberTools
# Daftar modul lihat subbab "Modul AmberTools" di atas 
module load ambertools////

# Definisi threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Masukkan script jalannya program dibawah ini

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.

Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

4

Jalankan job komputasi dengan perintah:

$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh

5

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE	Penjelasan
R (RUN)	Job berjalan
PD (PENDING)	Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING)	Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED)	Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED)	Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED)	Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email

Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:

$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

1

Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.

2

Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

3

Pilih template AmberTools yang diinginkan:
Nama Template	Penjelasan
AmberTools24 (CPU)	Menjalankan AmberTools24 pada CPU
AmberTools24 (GPU)	Menjalankan AmberTools24 pada GPU

Isi Job Name dan klik Create New Job

4

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:

Upload / download / edit file via menu Edit Files
- Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan software FTP.

5

Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:

Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Klik Save setiap kali mengubah script.

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

6

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue: Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

7

Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka menu Edit Files

Kolom Folder Contents.

8

Untuk menghapus ruang job dan datanya:

Pilih ruang job yang akan dihapus.
Klik menu Delete

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

@@ Baris 1: / Baris 1: @@
 [https://ambermd.org/index.php '''AmberTools'''] adalah suite untuk molecular dynamic (MD) yang merupakan bagian dari software Amber. AmberTools merupakan software tidak berbayar dengan lisensi ''GNU'' ''General Public License''.
 {| class="wikitable"
-!
+|+WOLOLO!
-== '''''Wololo!''''' ==
 |-
 !Software ini sedang dalam fase pengujian / trial. Riskan dengan kegagalan teknis seperti program tidak stabil, gagal berjalan atau menghasilkan output yang salah.
 |}
 == '''Modul AmberTools''' ==
 Berikut adalah detail versi DFTB+ yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
 {| class="wikitable"
-|+Modul AmberTools versi CPU
-! rowspan="2" |Versi
-! rowspan="2" |Nama modul
-! colspan="4" |Dukungan hardware
-|-
-!CPU
-!GPU
-!OMP
-Threading
-!MPI
-multi-node
-|-
-|AmberTools24
-|ambertools/24-cpu
-|V
-| -
-|V
-|V
-|}
-{| class="wikitable"
-|+Modul AmberTools versi GPU
 ! rowspan="2" |Versi
 ! rowspan="2" |Nama modul
@@ Baris 43: / Baris 20: @@
 |-
 |AmberTools24
-|ambertools/24-gpu
+|ambertools/24-GCC11.3-CUDA12.3
-|V
 |V
+| V
 |V
 |V
 |}
-=='''Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan AmberTools'''==
+=='''Pilihan MPI dan OpenMP untuk Menjalankan AmberTools'''==
-ALELEON Supercomputer menyediakan AmberTools yang dapat dijalankan dengan MPI dan OpenMP (Hybrid MPI/OMP). ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada Submit Script ''(lihat subbab Pilihan Menjalankan Komputasi'':
+ALELEON Supercomputer menyediakan AmberTools yang dapat dijalankan dengan paralelisasi MPI dan threading OpenMP (Hybrid MPI/OMP). Tim admin menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada Submit Script ''(lihat subbab Pilihan Menjalankan Komputasi)'':
 *'''SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.'''
   '''#SBATCH --ntasks''' ''-> mewakili jumlah task MPI''
@@ Baris 121: / Baris 98: @@
 # Alokasi jumlah core thread CPU
 #SBATCH --ntasks=////
+# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
+#SBATCH --cpus-per-task=////
 # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
@@ Baris 135: / Baris 115: @@
 #SBATCH --error=error-%j.txt
-# Memuat modul software AmberTools versi CPU
+# Memuat modul software AmberTools
 # Daftar modul lihat subbab "Modul AmberTools" di atas
 module load ambertools////
+# Definisi threading OMP
+export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
 # ----------------------------------------------------
@@ Baris 173: / Baris 156: @@
 # Alokasi jumlah core thread CPU
 #SBATCH --ntasks=////
+# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
+#SBATCH --cpus-per-task=////
 # Alokasi jumlah GPU
@@ Baris 190: / Baris 176: @@
 #SBATCH --error=error-%j.txt
-# Memuat modul software AmberTools versi GPU
+# Memuat modul software AmberTools
 # Daftar modul lihat subbab "Modul AmberTools" di atas
 module load ambertools////
+# Definisi threading OMP
+export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
 # ----------------------------------------------------

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas