Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat dengan menambah penjelasan job composer dan interactive apps)
(mengganti nama header tabel)
 
(30 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini merangkum semua daftar software komputasi pada ALELEON Supercomputer dan tutorial penggunaannya.  
Halaman ini merangkum semua daftar software komputasi pada ALELEON Supercomputer dan tutorial penggunaannya.  
 
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
== '''Kredit Core Hour''' ==
! rowspan="2" |Software Komputasi dan Tutorial
Sebelum melakukan komputasi, user disarankan mengecek kuota [[Core Hour|'''Kredit Core Hour''']] karena dibutuhkan untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.
! colspan="2" |Cara menjalankan job komputasi
 
|-
# Buka terminal melalui '''dashboard EFIRO Clusters > ALELEON Shell Access'''.  [[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Shellaccess.png|al=|200x200px]]
!Job submission Slurm
# Jalankan perintah <code>sausage</code>[[Berkas:Sausage.png|nir|jmpl|'''Perintah sausage memperlihatkan sisa kredit CCH dan GH user'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Sausage.png]]
!Sesi Interactive EFIRO
 
|-
Kuota pada kredit Core Hour akan berkurang sesuai dengan resources CPU / GPU yang dialokasikan user saat menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.
|'''[[COMCOT]]'''
 
|V
== '''Job Composer dan Interactive Apps''' ==
| -
Terdapat dua metode untuk menjalankan  komputasi di ALELEON Supercomputer yaitu Job Composer dan Interactive Apps.
|-
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
|'''[[GAMESS]]'''
!Menjalankan Komputasi via Job Composer
|V
| -
|-
|-
|[[Berkas:Efirojobcomposer2.png|nir|jmpl|'''Halaman Job Composer. Diakses melalui menu Jobs > Job Composer di dashboard EFIRO.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposer2.png]]
|'''[[GROMACS]]'''
*Cara utama untuk menjalankan '''semua software komputasi''' di ALELEON Supercomputer.
|V
*Job Composer menjalankan software pada '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Compute_Node Compute Node]''' - bagian server komputasi ALELEON Supercomputer terkencang untuk menjalankan berbagai level komputasi dari kecil hingga besar.
| -
*Job Composer bekerja dengan model '''''job submission'':''' software komputasi dijalankan oleh sistem berdasarkan serangkaian template, formulir, dan script yang didefinisikan user.
|-
|}
|'''[[NAMD]]'''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
|V
!Menjalankan Komputasi via Interactive Apps
| -
|-
|'''[[NWChem]]'''
|V
| -
|-
|'''[[ORCA]]'''
|V
| -
|-
|-
|[[Berkas:Jupyterefiro.png|nir|jmpl|'''Contoh salah satu interactive apps: Jupyter Notebook, diakses melalui menu Interactive Apps di dashboard EFIRO.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jupyterefiro.png]]
|'''[[PHASE/0]]'''
*'''Interactive Apps''' adalah aplikasi yang dapat dijalankan secara '''interaktif''' (langsung) oleh user.
|V
*Interactive Apps berjalan pada '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Interactive_Node Interactive Node]''' - bagian server komputasi ALELEON Supercomputer untuk menjalankan semua Interactive Apps.
| -
*Interactive Node mempunyai '''spesifikasi hardware terbatas''' sehingga lebih cocok digunakan untuk komputasi skala kecil atau pengujian jalannya software / script. Gunakan '''Job Composer''' untuk melakukan komputasi skala besar.
|}
 
=='''Software Komputasi dan Tutorial'''==
{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
!Software
Komputasi
!Dukungan
Penggunaan
|-
|-
|'''COMCOT'''
|'''[[Quantum ESPRESSO]]'''
|'''[[COMCOT|Job Composer]]'''
|V
| -
|-
|-
|'''GAMESS'''
|'''[[R]]'''
|'''[[GAMESS|Job Composer]]'''
|Untuk file '''.R''' siap jalan.
'''''Tidak support file .ipynb.'''''
|Jupyter Notebook / Lab
|-
|-
|'''GROMACS'''
|'''[[Komputasi Python|Python''<sup>1</sup>'']]'''
|'''[[GROMACS|Job Composer]]'''
|Untuk file '''.py''' siap jalan.
'''''Tidak support file .ipynb'''''.
|Jupyter Notebook / Lab
|-
|-
|'''NAMD'''
|'''[[CP2K]]'''
|'''[[NAMD|Job Composer]]'''
|V
| -
|-
|-
|'''NWChem'''
|'''[[FLACS-CFD]]'''
|'''[[NWChem|Job Composer]]'''
|V
|ALELEON Desktop
|-
|-
|'''ORCA'''
|'''[[LAMMPS]]'''
|'''[[ORCA|Job Composer]]'''
|V
| -
|-
|-
|'''PHASE/0'''
|[[DFTB+|'''DFTB+''']]
|'''[[PHASE/0|Job Composer]]'''
|V
| -
|-
|-
|'''R'''
|'''[[OpenMX]]'''
|
|V
*'''[[R menggunakan Job Composer|Job Composer]]'''
| -
*'''Interactive Apps:'''
** '''[[R menggunakan Jupyter Notebook|Jupyter Notebook]]'''
|-
|-
|'''Komputasi Python'''
|'''[[AmberTools]]'''
Mencakup:
|V
 
| -
* TensorFlow
|}
* PyTorch
{| class="wikitable"
* Keras
|'''Note:'''
* dll
# ''Python mengacu interpreter dan library komputasi seperti TensorFlow, Scikit, PyTorch, Keras, Pandas, dll. User melakukan instalasi mandiri untuk package tersebut.''
|
*'''[[TensorFlow menggunakan Job Composer|Job Composer]]'''
*'''Interactive Apps:'''
** '''[[TensorFlow menggunakan Jupyter Notebook|Jupyter Notebook]]'''
|}
|}
__TANPADAFTARISI__
== '''Interactive Apps''' ==
''(coming soon)''

Revisi terkini sejak 28 Juli 2024 03.38

Halaman ini merangkum semua daftar software komputasi pada ALELEON Supercomputer dan tutorial penggunaannya.

Software Komputasi dan Tutorial Cara menjalankan job komputasi
Job submission Slurm Sesi Interactive EFIRO
COMCOT V -
GAMESS V -
GROMACS V -
NAMD V -
NWChem V -
ORCA V -
PHASE/0 V -
Quantum ESPRESSO V -
R Untuk file .R siap jalan.

Tidak support file .ipynb.

Jupyter Notebook / Lab
Python1 Untuk file .py siap jalan.

Tidak support file .ipynb.

Jupyter Notebook / Lab
CP2K V -
FLACS-CFD V ALELEON Desktop
LAMMPS V -
DFTB+ V -
OpenMX V -
AmberTools V -
Note:
  1. Python mengacu interpreter dan library komputasi seperti TensorFlow, Scikit, PyTorch, Keras, Pandas, dll. User melakukan instalasi mandiri untuk package tersebut.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Daftar_Software_Komputasi_dan_Tutorial_Penggunaan&oldid=1703"