|
|
| (25 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) |
| Baris 1: |
Baris 1: |
| Halaman ini merangkum semua daftar software komputasi pada ALELEON Supercomputer dan tutorial penggunaannya. | | Halaman ini merangkum semua daftar software komputasi pada ALELEON Supercomputer dan tutorial penggunaannya. |
| | | {| class="wikitable sortable mw-collapsible" |
| == '''Kredit Core Hour''' == | | ! rowspan="2" |Software Komputasi dan Tutorial |
| Sebelum melakukan komputasi, user disarankan mengecek kuota [[Core Hour|'''Kredit Core Hour''']] karena dibutuhkan untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.
| | ! colspan="2" |Cara menjalankan job komputasi |
| | | |- |
| * Buka terminal melalui '''dashboard EFIRO Clusters > ALELEON Shell Access''' [[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Shellaccess.png]]
| | !Job submission Slurm |
| | | !Sesi Interactive EFIRO |
| * Jalankan perintah <code>'''sausage'''</code>[[Berkas:Sausage.png|nir|jmpl|'''Perintah sausage memperlihatkan sisa kredit CCH dan GH user'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Sausage.png]]
| | |- |
| | | |'''[[COMCOT]]''' |
| Kuota kredit Core Hour akan berkurang sesuai dengan resources CPU / GPU yang dialokasikan user saat menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer melalui Job Composer dan Interactive Apps dibawah ini.
| | |V |
| | | | - |
| == '''Job Composer dan Interactive Apps''' ==
| | |- |
| Terdapat dua metode untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer yaitu Job Composer dan Interactive Apps.
| | |'''[[GAMESS]]''' |
| {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
| | |V |
| !Metode Job Composer
| | | - |
| |- | | |- |
| |[[Berkas:Efirojobcomposer2.png|nir|jmpl|'''Halaman Job Composer. Diakses melalui menu Jobs > Job Composer di dashboard EFIRO.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposer2.png]]
| | |'''[[GROMACS]]''' |
| *Cara utama untuk menjalankan '''semua software komputasi''' di ALELEON Supercomputer.
| | |V |
| *Job Composer menjalankan software pada '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Compute_Node Compute Node]''' - bagian server komputasi ALELEON Supercomputer terkencang untuk menjalankan berbagai level komputasi dari kecil hingga besar.
| | | - |
| *Job Composer bekerja dengan model '''''job submission'':''' software komputasi dijalankan oleh sistem berdasarkan serangkaian template, formulir, dan script yang didefinisikan user.
| | |- |
| |} | | |'''[[NAMD]]''' |
| {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
| | |V |
| !Metode Interactive Apps
| | | - |
| | |- |
| | |'''[[NWChem]]''' |
| | |V |
| | | - |
| | |- |
| | |'''[[ORCA]]''' |
| | |V |
| | | - |
| |- | | |- |
| |[[Berkas:Jupyterefiro.png|nir|jmpl|'''Contoh salah satu interactive apps: Jupyter Notebook, diakses melalui menu Interactive Apps di dashboard EFIRO.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jupyterefiro.png]]
| | |'''[[PHASE/0]]''' |
| *'''Interactive Apps''' adalah aplikasi yang dapat dijalankan secara '''interaktif''' (langsung) oleh user.
| | |V |
| *Interactive Apps berjalan pada '''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Interactive_Node Interactive Node]''' - bagian server komputasi ALELEON Supercomputer untuk menjalankan semua Interactive Apps.
| | | - |
| *Hanya software tertentu yang dapat berjalan pada Interactive Apps.
| |
| *Interactive Node mempunyai '''spesifikasi hardware terbatas''' sehingga lebih cocok digunakan untuk komputasi skala kecil atau pengujian jalannya software / script. Gunakan '''Job Composer''' untuk melakukan komputasi skala besar.
| |
| |} | |
| | |
| =='''Software Komputasi dan Tutorial'''==
| |
| {| class="wikitable sortable mw-collapsible"
| |
| !Software
| |
| Komputasi
| |
| !Dukungan
| |
| Penggunaan
| |
| |- | | |- |
| |'''COMCOT'''
| | |'''[[Quantum ESPRESSO]]''' |
| |'''[[COMCOT|Job Composer]]''' | | |V |
| | | - |
| |- | | |- |
| |'''GAMESS''' | | |'''[[R]]''' |
| |'''[[GAMESS|Job Composer]]''' | | |Untuk file '''.R''' siap jalan. |
| | '''''Tidak support file .ipynb.''''' |
| | |Jupyter Notebook / Lab |
| |- | | |- |
| |'''GROMACS''' | | |'''[[Komputasi Python|Python''<sup>1</sup>'']]''' |
| |'''[[GROMACS|Job Composer]]''' | | |Untuk file '''.py''' siap jalan. |
| | '''''Tidak support file .ipynb'''''. |
| | |Jupyter Notebook / Lab |
| |- | | |- |
| |'''NAMD'''
| | |'''[[CP2K]]''' |
| |'''[[NAMD|Job Composer]]''' | | |V |
| | | - |
| |- | | |- |
| |'''NWChem'''
| | |'''[[FLACS-CFD]]''' |
| |'''[[NWChem|Job Composer]]''' | | |V |
| | |ALELEON Desktop |
| |- | | |- |
| |'''ORCA'''
| | |'''[[LAMMPS]]''' |
| |'''[[ORCA|Job Composer]]''' | | |V |
| | | - |
| |- | | |- |
| |'''PHASE/0''' | | |[[DFTB+|'''DFTB+''']] |
| |'''[[PHASE/0|Job Composer]]''' | | |V |
| | | - |
| |- | | |- |
| |'''R''' | | |'''[[OpenMX]]''' |
| |
| | |V |
| *'''[[R menggunakan Job Composer|Job Composer]]'''
| | | - |
| *'''Interactive Apps:'''
| |
| ** '''[[R menggunakan Jupyter Notebook|Jupyter Notebook]]'''
| |
| |- | | |- |
| |'''Komputasi Python''' | | |'''[[AmberTools]]''' |
| Mencakup:
| | |V |
| | | | - |
| * TensorFlow
| | |} |
| * PyTorch
| | {| class="wikitable" |
| * Keras
| | |'''Note:''' |
| * dll
| | # ''Python mengacu interpreter dan library komputasi seperti TensorFlow, Scikit, PyTorch, Keras, Pandas, dll. User melakukan instalasi mandiri untuk package tersebut.'' |
| | | |
| *'''[[TensorFlow menggunakan Job Composer|Job Composer]]'''
| |
| *'''Interactive Apps:'''
| |
| ** '''[[TensorFlow menggunakan Jupyter Notebook|Jupyter Notebook]]'''
| |
| |} | | |} |
| == '''Interactive Apps''' ==
| |
| ''(coming soon)''
| |
