Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Selamat Datang di Login Node: menggantu urutan kegiatan)
 
(47 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Tutorial ini menjabarkan cara klasik menggunakan ALELEON Supercomputer via tampilan terminal. Tutorial ini mengasumsikan '''user menguasai terminal OS Linux.'''
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|600x600px]]
 
Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.  
 
== '''Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix''' ==
 
# Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.
# Simbol '''$''' menandakan perintah terminal, bracket '''[ ]''' menandakan parameter input.
 
$ '''command''' '''''[input-user]'''''
== '''Login SSH''' ==
{| class="wikitable"
!Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
|-
!1
|-
| [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''Aktifkan koneksi jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
!2
|-
|Gunakan software shell preferensi user.
 
* Lakukan login ke Login Node dengan kredensial berikut:


== '''Persetujuan Prefix''' ==
Simbol '''$''' menandakan perintah terminal, sedangkan tanda bracket '''<>''' menandakan parameter input yang ditulis oleh user:
$ command ''<myscript>''
== '''1 - Login SSH''' ==
User melakukan login SSH setelah terhubung dengan koneksi VPN EFISON melalui port standar 22:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Login SSH standar
! colspan="2" |Kredensial Login Node Utama
!Kondisi user
!Perintah SSH
|-
|-
|SSH dari OS Windows / MacOS
|'''Username dan password'''
|<code>$ ssh ''<username>''@efisonlt.hpc</code>
|''Diberikan oleh admin EFISON''
|-
|-
|SSH dari OS Linux
|'''Host untuk user Windows / MacOS'''
|<code>$ ssh ''<username>''@10.192.50.1</code>
|<code>aleleon.hpc</code>
|-
|'''Host untuk user Linux'''
|<code>10.192.50.10</code>
|-
|'''Nomor port'''
|<code>22</code> ''(default)''
|-
| colspan="2" |Contoh login via terminal:
* User Windows & MacOS -> <code>'''$ ssh ''[username]''@aleleon.hpc'''</code>
* User Linux -> <code>'''$ ssh ''[username]''@10.192.50.10'''</code>
|}
|}
Berikut adalah panduan untuk melakukan SSH X11:
|-
!
|-
|Login Node ALELEON Supercomputer mendukung '''SSH X11:'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Login SSH X11
!User OS
!Dari OS
!Metode
!Metode
|-
|Windows
|Admin merekomendasi software [https://mobaxterm.mobatek.net/download.html '''MobaXTerm Home Edition''']
|-
|MacOS
|<code>$ ssh '''-Y''' ''[username]''@aleleon.hpc</code>
|-
|-
|Linux
|Linux
|<code>$ ssh -X ''<username>''@10.192.50.1</code>
|<code>$ ssh '''-X''' ''[username]''@10.192.50.10</code>
|}
|-
|-
|Windows
!
|EFISON merekomendasikan software [https://mobaxterm.mobatek.net/download.html '''MobaXTerm Home Edition''']
|-
|Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama ''down'':
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Kredensial Login Node Backup 1
|-
|'''Username dan password'''
|''Diberikan oleh admin ALELEON''
|-
|'''Host untuk user Windows / MacOS'''
|<code>aleleon3.hpc</code>
|-
|'''Host untuk user Linux'''
|<code>10.192.50.13</code>
|-
|'''Nomor port'''
|<code>22</code> ''(default)''
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Kredensial Login Node Backup 2
|-
| colspan="2" |''Tanpa GPU sehingga tidak dapat compiling / install package GPU''
|-
|'''Username dan password'''
|''Diberikan oleh admin ALELEON''
|-
|'''Host untuk user Windows / MacOS'''
|<code>aleleon2.hpc</code>
|-
|'''Host untuk user Linux'''
|<code>10.192.50.12</code>
|-
|-
|MacOS
|'''Nomor port'''
|<code>$ ssh -Y ''<username>''@efisonlt.hpc</code>
|<code>22</code> ''(default)''
|}
|}
|}


== '''2 - Selamat Datang di Login Node ALELEON Supercomputer''' ==
== '''Selamat Datang di Login Node''' ==
[[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|700x700px]]


ALELEON Supercomputer mempunyai dua jenis node utama yaitu '''Login Node dan Compute Node'''. Setelah login SSH, user masuk ke '''Login Node''' yang menjadi '''front-end''' bagi user untuk berinteraksi dengan ALELEON Supercomputer.  Pada Login Node, user dapat melakukan kegiatan seperti manajemen data, download / upload, compiling, menyiapkan job komputasi, dan menjalankan job komputasi (job submission) ke Compute Node. '''Compute Node''' berperan sebagai '''back-end''' untuk menjalankan job komputasi semua user. 
Login SSH membawa user masuk ke '''Login Node''' selaku front-end sistem'''.''' User dapat melakukan serangkaian kegiatan berikut pada Login Node.  


'''Prefix direktori HOME untuk user ALELEON Supercomputer adalah:'''
{| class="wikitable"
'''/work/''<username>'''''
|'''''Keterangan:'''''  
'''Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi berat di Login Node karena mempunyai spesifikasi performa yang terbatas dan akan mengganggu user lainnya'''. Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan job komputasi user yang memakan semua resources Login Node (contoh menjalankan framework komputasi di Login Node yang seharusnya dijalankan di Compute Node).
* Semua kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour user.
== '''3 - Mengakses Software dengan Module Environment''' ==
* Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.
Pada ALELEON Supercomputer, [[Module Environment|'''user dapat menggunakan software yang tersedia dengan Module Environment''']]. User dapat melihat info lengkap ketersediaan software ALELEON Supercomputer pada [[Katalog Software ALELEON Supercomputer|'''Katalog Software ALELEON Supercomputer''']].
 
== '''4 - Menjalankan Komputasi di ALELEON Supercomputer''' ==
[[Berkas:Slurmm.png|al=|nir|jmpl|'''SLURM job submission''']]
User menjalankan pekerjaan komputasi melalui '''SLURM''', yaitu program manajemen untuk mengatur alokasi dan antrian resources job submission user di Compute Node.
---
=== Menggunakan SLURM ===
Berikut adalah perintah dasar esensial bagi user dalam  menggunakan SLURM untuk job submission:
$ '''sbatch''' ''<SLURM-script>''
 
* Menjalankan job komputasi user
** SLURM Script adalah bash script yang berisikan alokasi resources (CPU, GPU, RAM, walltime, output, dll) dan alur jalannya program komputasi user. '''Contoh SLURM Script disediakan di halaman tutorial masing-masing software komputasi'''.
$ '''squeue'''
 
* Melihat status dan antrian semua komputasi yang dijalankan via SLURM.
* Tambahan opsi flag:
** '''-l''': menampilkan squeue dengan info yang lebih lengkap.
** '''-u $USER''': menampilkan squeue untuk job user saja.
$ '''scancel''' ''<job-ID>''
 
* Membatalkan job SLURM yang sedang berjalan berdasarkan nomor ID job.
* User hanya bisa membatalkan job yang dijalankan user sendiri.
---
 
=== Contoh Menggunakan SLURM ===
'''User akan menjalankan program bernama 'skripsi'.''' User membuat '''SLURM script''' yang berisikan alokasi resources dan perintah untuk menjalankan program 'skripsi'.
 
* Ada baiknya SLURM script ditaruh pada satu direktori dengan program yang akan dijalankan.
* Penamaan SLURM script bisa bebas dimana pada contoh ini bernama 'slurm-skripsi'.
 
$ ls
skripsi  '''slurm-skripsi'''
Jalankan SLURM submission script tersebut dengan perintah '''sbatch'''. Perhatikan bahwa user akan mendapatkan nomor ID dari job tersebut.
$ '''sbatch slurm-skripsi'''
Submitted batch job 231
User dapat melihat status jalannya job masing-masing dengan perintah '''squeue -u $USER'''. Keterangan dari kolom ST (STATUS) adalah R (RUNNING), menandakan program kerjaan-skripsi user sedang berjalan di Compute Node.
$ '''squeue -u $USER'''
Mon Mar 22 10:43:22 2021
              JOBID PARTITION    NAME    USER  ST      TIME  NODES NODELIST(REASON)
                231 gpu_amper slurm-sc  olala01  R      2:00      1 epyc01
Job selesai bila sudah tidak terlihat di daftar squeue. Lihat apakah job menghasilkan output yang diinginkan atau tidak.
$ '''ls'''
skripsi  slurm-skripsi  result-231.txt  revisiii.txt
Apabila user ingin membatalkan program yang tengah berjalan via SLURM, gunakan perintah '''scancel''' job ID:
$ '''scancel 231'''
 
== '''5 - Memonitor Jalannya Job dengan squeue''' ==
User dapat memantau status jalannya job atau melihat antrian job dengan perintah squeue. Info esensial untuk user adalah bagian STATE dan NODELIST(REASON).
 
* STATE (ST) memberikan kondisi jalannya program user.
* NODELIST(REASON) memberikan detail verbose status jalannya program user.


* Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.
|}
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE yang biasa muncul
!No
!STATE
!Kegiatan
!Kepanjangan
!Penjelasan
|-
|-
|R
|'''1'''
|RUN
|
|Job berjalan
===Menjalankan Job Komputasi===
*Menjalankan job software komputasi melalui manjemen Slurm.
*Tutorial per software komputasi lihat laman:
**[[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']]
|-
|-
|PD
! colspan="2" |
|PENDING
|Job tertahan, lihat keterangan NODELIST
|-
|-
|CG
|'''2'''
|COMPLETING
|
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
=== Manajemen File ===
User dapat melakukan kegiatan manajemen data pada direktori HOME.
 
* Untuk upload / download file gunakan '''[[Upload File dengan Aplikasi FTP|software FTP]]'''
|-
|-
|CA
! colspan="2" |
|CANCELED
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|'''3'''
|PREEMPETED
|
|Job dibatalkan oleh sys-admin Aleleon, alasan akan dikabarkan melalui email
=== Melihat Sisa / Penggunaan Core Hour ===
Untuk akun perseorangan jalankan perintah:
$ '''sausage'''
Untuk akun institusi ikuti petunjuk khusus dari admin.
|-
|-
|S
! colspan="2" |
|SUSPENDED
|Job ditahan oleh sys-admin Aleleon
|}
Pada saat job berjalan (RUNNING) maka NODELIST akan menampilkan info nama node tempat job berjalan. Sementara itu NODELIST akan memberikan alasan verbose pada saat job tidak berjalan (STATE selain RUNNING). Berikut adalah daftar NODELIST yang bisa terjadi di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
|+Daftar info NODELIST pada job tidak berjalan yang telah dikonfirmasi terjadi
!NODELIST
!Penjelasan
|-
|-
|Resources
|'''4'''
|Job menunggu alokasi resources (CPU, RAM, GPU) yang dipesan oleh SLURM submission script user
|
|-
=== Mengakses Software dan Compiling ===
|AssocMaxWallDurationPerJobLimit
 
|Job tidak dapat berjalan karena melewati batas walltime maksimum partisi
* Untuk mengakses software gunakan [[Module Environment|'''Module Environment''']].
|-
* Info untuk compiling lihat laman [[Compiler ALELEON Supercomputer|'''Compiler ALELEON Supercomputer''']].
|QOSMaxCpuPerUserLimit
|Job melewati batas alokasi CPU user (lihat laman QOS User untuk penjelasan lebih lanjut).
|}
|}
'''User dapat lapor ke admin EFISON apabila menjumpai NODELIST yang tidak terdapat pada daftar diatas ketika job user tidak berjalan.'''
 
== '''Support dan Laporan Kendala Penggunaan''' ==
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
 
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
 
Apabila butuh support lainnya, hubungi admin melalui email:
'''support@efisonlt.com'''

Revisi terkini sejak 28 Juli 2024 03.30

Sbatch Terminal.png

Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.

Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix

  1. Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.
  2. Simbol $ menandakan perintah terminal, bracket [ ] menandakan parameter input.
$ command [input-user]

Login SSH

Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
1
Aktifkan koneksi jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
2
Gunakan software shell preferensi user.
  • Lakukan login ke Login Node dengan kredensial berikut:
Kredensial Login Node Utama
Username dan password Diberikan oleh admin EFISON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.10
Nomor port 22 (default)
Contoh login via terminal:
  • User Windows & MacOS -> $ ssh [username]@aleleon.hpc
  • User Linux -> $ ssh [username]@10.192.50.10
Login Node ALELEON Supercomputer mendukung SSH X11:
User OS Metode
Windows Admin merekomendasi software MobaXTerm Home Edition
MacOS $ ssh -Y [username]@aleleon.hpc
Linux $ ssh -X [username]@10.192.50.10
Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama down:
Kredensial Login Node Backup 1
Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon3.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.13
Nomor port 22 (default)
Kredensial Login Node Backup 2
Tanpa GPU sehingga tidak dapat compiling / install package GPU
Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon2.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.12
Nomor port 22 (default)

Selamat Datang di Login Node

Login SSH membawa user masuk ke Login Node selaku front-end sistem. User dapat melakukan serangkaian kegiatan berikut pada Login Node.

Keterangan:
  • Semua kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour user.
  • Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.
  • Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.
No Kegiatan
1

Menjalankan Job Komputasi

2

Manajemen File

User dapat melakukan kegiatan manajemen data pada direktori HOME.

3

Melihat Sisa / Penggunaan Core Hour

Untuk akun perseorangan jalankan perintah: 

$ sausage

Untuk akun institusi ikuti petunjuk khusus dari admin.

4

Mengakses Software dan Compiling

Support dan Laporan Kendala Penggunaan

Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Apabila butuh support lainnya, hubungi admin melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal&oldid=1702"