NAMD: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(italic deskripsi gambar)
(formatting versi baru)
Baris 44: Baris 44:
|V
|V
|}
|}
=='''Menjalankan NAMD'''==
Hubungi tim admin melalui email '''support@efisonlt.com''' untuk permintaan instalasi versi lain.
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
 
===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
*'''Job submission terminal'''
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
* '''Job submission web EFIRO'''
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
===Job Submission Terminal===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan NAMD di Terminal
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
|-
|'''0'''
!2
|
|-
==== Login SSH ====
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
|-
!3A
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
|-
|'''1'''
!
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
|-
|-
| rowspan="2" |'''2'''
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
=====Template SLURM Submit Script NAMD=====
{| class="wikitable"
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
|+
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template Submit Script NAMD versi CPU
! Template SLURM Submit Script untuk NAMD versi CPU
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 120: Baris 125:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable"
!Template SLURM Submit Script untuk NAMD versi GPU
|+
!Template Submit Script NAMD versi GPU
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 177: Baris 183:
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|}
|-
!
|-
|-
|
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk NAMD=====
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
!Skenario Komputasi
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|128
|128GB
|2
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau


72:00:00
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
|-
|NAMD versi CPU''<sup>2</sup>''
!3B
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|NAMD versi CPU di high-mem node
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
|128
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|500GB
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
|0
'''$ slimit-namd'''
|-
|-
|NAMD versi GPU
!4
|32
|120GB
|1
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
''Contoh:''
#NAMD mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
$ sbatch submit.sh
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!5
|-
|-
| colspan="5" |
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
**SLURM akan menahan job apabila:
{| class="wikitable"
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
|'''3'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R
|R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|PD (PENDING)
|PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]  
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|CG (COMPLETING)
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
|-
|CG
|CA (CANCELED)
|COMPLETING
|Job dibatalkan user
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
|PR (PREEMPETED)
|CANCELED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|S (SUSPENDED)
|PREEMPETED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|}
|-
|-
|S
!
|SUSPENDED
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|-
|-
|'''4B'''
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
|
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
contoh membatalkan job ID 231:
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
===Job Submission Web EFIRO===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan NAMD di Web EFIRO
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
! 2
|-
|-
|'''0'''
| Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
|
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
=====Login Web EFIRO=====
 
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
|'''1'''
!3
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']]
|-
|-
|'''2'''
|Pilih template NAMD yang diinginkan:
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template NAMD yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template NAMD yang tersedia
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template
Baris 324: Baris 270:
|-
|-
|NAMD 2.14 (CPU)
|NAMD 2.14 (CPU)
|Menjalankan NAMD 2.14 pada CPU
|Menjalankan NAMD 2.14 pada CPU  
|-
|-
|NAMD 2.14 (GPU)
|NAMD 2.14 (GPU)
|Menjalankan NAMD 2.14 dengan akselerasi GPU.
|Menjalankan NAMD 2.14 dengan akselerasi GPU.
|}
|}Kemudian Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
|-
|'''3'''
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]


Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
! 4
|
=====Melengkapi Submit Script=====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
*Menu '''<code>Edit Files</code>''' -> upload / download / edit file
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Menu '''<code>Open Terminal</code>''' -> menjalankan perintah slimit (langkah 5B)
|-
|-
!Skenario Komputasi
!5A
!ntasks
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
|128
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
|128GB
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|2
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
| rowspan="4" |3-00:00:00
* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
atau
 
72:00:00
|-
|-
|NAMD versi CPU''<sup>2</sup>''
!
|384
|240GB''<sup>2</sup>''
|0
|-
|-
|NAMD versi CPU di high-mem node
|
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
|128
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|500GB
|0
|-
|-
|NAMD versi GPU
!5B
|32
|120GB
|1
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
* Spesifikasi sistem dan software komputasi.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui '''<code>Open Terminal</code>''':
#NAMD mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
'''$ slimit-namd'''
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!6
|-
|-
| colspan="5" |
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|400x400px]]
**SLURM akan menahan job apabila:
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
* Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
! colspan="2" |Daftar Status Job ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
|'''5'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Status
!Arti
!Arti
Baris 426: Baris 324:
|-
|-
|Running
|Running
|Job berjalan.
| Job berjalan.
|-
|-
|Queue
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|-
|Completed
|Completed
Baris 442: Baris 333:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|-
| colspan="2" |'''Melihat alasan queue:'''
#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
# [[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
|}
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|'''6A'''
!7
|
|-
=====Melihat Output Komputasi=====
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|-
|'''6B'''
!8
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|-
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|400x400px]]
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Revisi per 17 Juli 2024 10.10

NAMDsof.png

NAMD adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.

Modul NAMD

Berikut adalah detail versi NAMD yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul NAMD versi CPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX V - - V
Modul NAMD versi GPU
Versi Nama modul software Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2.14 namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11 V V - V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.*User dapat upload / download file dengan software FTP.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.*Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script NAMD versi CPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# NAMD (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file NAMD yang dijalankan
INPUT_FILE="////.conf"

# Memuat modul software NAMD versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas 
module load namd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan NAMD
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}
Template Submit Script NAMD versi GPU 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# NAMD (versi GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file NAMD yang dijalankan
INPUT_FILE="////.conf"

# Memuat modul software NAMD versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas 
module load namd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan NAMD
charmrun ++local +p${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-namd
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer New Pinnedapps jc.png di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template NAMD yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
NAMD 2.14 (CPU) Menjalankan NAMD 2.14 pada CPU
NAMD 2.14 (GPU) Menjalankan NAMD 2.14 dengan akselerasi GPU.
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

JC job menu.png

  • Menu Edit Files -> upload / download / edit file
  • Menu Open Terminal -> menjalankan perintah slimit (langkah 5B)
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.

  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui Open Terminal: 

$ slimit-namd
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.

  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.
Daftar Status Job (klik expand atau kembangkan)
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Melihat alasan queue:
  1. Buka app Active Jobs Pinnedapps activejobs.pngdi homepage EFIRO.
  2. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka menu Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=NAMD&oldid=1587"