Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal

Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.

Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix

1. Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.
2. Simbol $ menandakan perintah terminal, bracket [ ] menandakan parameter input.

$ command [input-user]

Login SSH

Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
1
Aktifkan koneksi jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
2
Gunakan software shell preferensi user. Lakukan login ke Login Node dengan kredensial berikut: Kredensial Login Node Utama Username dan password Diberikan oleh admin EFISON Host untuk user Windows / MacOS aleleon.hpc Host untuk user Linux 10.192.50.10 Nomor port 22 (default) Contoh login via terminal: User Windows & MacOS -> $ ssh [username]@aleleon.hpc User Linux -> $ ssh [username]@10.192.50.10
Login Node ALELEON Supercomputer mendukung SSH X11: User OS Metode Windows Admin merekomendasi software MobaXTerm Home Edition MacOS $ ssh -Y [username]@aleleon.hpc Linux $ ssh -X [username]@10.192.50.10
Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama down: Kredensial Login Node Backup 1 Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON Host untuk user Windows / MacOS aleleon3.hpc Host untuk user Linux 10.192.50.13 Nomor port 22 (default) Kredensial Login Node Backup 2 Tanpa GPU sehingga tidak dapat compiling / install package GPU Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON Host untuk user Windows / MacOS aleleon2.hpc Host untuk user Linux 10.192.50.12 Nomor port 22 (default)

2 | Selamat Datang di Login Node

Login SSH membawa user masuk ke Login Node. Pada Login Node, user dapat melakukan:

Manajemen Data dan Folder

User dapat melakukan kegiatan manajemen data:

• Upload dan download data via software FTP. Info lebih lanjut lihat laman Upload File dengan Aplikasi FTP
• Mengatur file dan folder via software FTP atau terminal (cd, mkdir, cp, mv, vim, nano, dan lain-lainnya).
• Kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour.

Mengakses, Compiling, dan Instalasi Software

User dapat melakukan kegiatan mengakses, compiling, dan instalasi software secara lokal di direktori HOME masing-masing.

• Info lebih detail lihat laman <coming soon>

Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan komputasi ke Compute Node melalui manajemen SLURM.

• Lihat subbab Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM

• Mengakses software yang terinstal di ALELEON Supercomputer melalui Module Environment.

Keterangan: Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di semua jenis Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya. Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.

3 | Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM

User menjalankan job komputasi ke Compute Node melalui program manajemen atau scheduler SLURM.

Tutorial Spesifik per Software Komputasi

User dapat melihat tutorial menjalankan komputasi masing-masing software komputasi di laman Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan:

Tutorial Umum

Berikut menjabarkan tutorial umum menjalankan komputasi melalui SLURM.

Langkah Menjalankan Komputasi melalui SLURM di Terminal
1	Menyiapkan File Komputasi Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job: File input dan data komputasi. User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP. Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh Info membuat SLURM Submit Script lihat Submit Script ALELEON Supercomputer Contoh SLURM Submit Script dengan software CP2K #!/bin/bash # ----------------------------------------------------- # Template SLURM Submit Script # CP2K (versi CPU) | rev.080124 # # NOTES: # 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # 2. Template ini bersifat referensi. # User dapat mengubah bagian yang perlu diubah. # ----------------------------------------------------- # ----------------------------------------------------- # Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module # ----------------------------------------------------- # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal program #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file CP2K yang dijalankan INPUT_FILE="////.inp" # Memuat modul software CP2K versi CPU # Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas module load cp2k//// # ---------------------------------------------------- # Script jalannya program # ---------------------------------------------------- # Perintah menjakankan CP2K mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
2	Menjalankan Job Komputasi Jalankan job dengan perintah sbatch. $ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh. $ sbatch my_job_submission.sh
3A	User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut. Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu. $ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job: Daftar STATE squeue SLURM STATE Kepanjangan Penjelasan R RUN Job berjalan PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON) CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM CA CANCELED Job dibatalkan oleh user PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON
3B	Menghentikan Job Komputasi Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID. Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID. User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri. $ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231

Support dan Laporan Kendala Penggunaan

Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.