Komputasi Python dengan Conda Environment

Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.

Langkah Menjalankan Komputasi

Terdapat dua langkah utama:

1. Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
2. Memilih metode menjalankan komputasi.

Membuat Conda Environment

Kegiatan ini dilakukan pada terminal:

• Diakses melalui login SSH, atau
• Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access

Membuat Conda Environment dan Instalasi Package Python
1
Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan. $ module load [nama-modul-anaconda] Daftar nama modul Anaconda Nama Modul Versi Anaconda3/2023.07-2 Anaconda 3 2023.07-2 Anaconda3/2022.05 Anaconda 3 2022.05 Anaconda3/2021.05 Anaconda 3 2021.05 Anaconda3/2020.11 Anaconda 3 2020.11
2
Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah: $ conda create --name [nama-conda-env] pip Contoh dengan nama 'skripsi' $ conda create --name skripsi pip
3
Aktifkan conda env dengan perintah: $ source activate [nama-conda-env] Contoh: $ source activate skripsi
4
Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip Contoh instalasi PyTorch dengan pip. Contoh instalasi TensorFlow dengan pip.
5
Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah: $ conda deactivate

Manajemen Conda Environment
a
Mengaktifkan conda env yang telah dibuat: Muat modul Anaconda yang dipakai untuk membuat conda env. Lakukan source activate.
b
Melihat daftar conda env yang telah dibuat: $ conda env list
c
Mengubah nama conda env: $ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru] Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis $ conda rename -n skripsi tesis
d
Menghapus conda env: $ conda remove -n <nama-conda-env> --all

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

• Job submission terminal
  • Menggunakan manajemen Slurm di terminal dan compute node.
  • Hanya untuk file Python (py), file ipynb harus diubah ke py.
• Job submission web EFIRO
  • Menggunakan manajemen Slurm di laman web EFIRO dan compute node.
  • Hanya untuk file Python (py), file ipynb harus diubah ke py.
• Interactive job Jupyter
  • Sesi IDE Jupyter Lab atau Notebook.
  • Menggunakan interactive node.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal
1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan. User dapat upload / download file dengan software FTP.
3
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya. Anaconda Python di CPU #!/bin/bash # ----------------------------------------------------- # Template SLURM Submit Script # Anaconda Python (CPU) # # NOTES: # 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # 2. Template ini bersifat referensi. # User dapat mengubah bagian yang perlu diubah. # 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment. # ----------------------------------------------------- # ----------------------------------------------------- # Alokasi komputasi SBATCH dan file input # ----------------------------------------------------- # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal program #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama Conda Environment yang digunakan CONDA_NAME=//// # Nama program Python yang dijalankan INPUT_FILE=////.py # ---------------------------------------------------- # Script jalannya program # ---------------------------------------------------- # Mengaktifkan Conda Environment module load Anaconda3 source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME} # Menjalankan file Python python3 ${INPUT_FILE} Anaconda Python di GPU #!/bin/bash # ----------------------------------------------------- # Template SLURM Submit Script # Anaconda Python (GPU) # # NOTES: # 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # 2. Template ini bersifat referensi. # User dapat mengubah bagian yang perlu diubah. # 3. Pastikan user sudah membuat Conda Environment. # ----------------------------------------------------- # ----------------------------------------------------- # Alokasi komputasi SBATCH dan file input # ----------------------------------------------------- # Menggunakan partisi compute node GPU #SBATCH --partition=ampere # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah GPU #SBATCH --gpus=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal program #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama Conda Environment yang digunakan CONDA_NAME=//// # Nama program Python yang dijalankan INPUT_FILE=////.py # ---------------------------------------------------- # Script jalannya program # ---------------------------------------------------- # Memuat modul NVIDIA CUDA default module load cuda # Mengaktifkan Conda Environment module load Anaconda3 source activate ${CONDA}/${CONDA_NAME} # Menjalankan file Python python3 ${INPUT_FILE} Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
Panduan nilai maksimal SBATCH ntasks, mem, time, gpus
SBATCH alokasi komputasi mempunyai limit berdasarkan: Sisa CCH dan GH user dan Fair Usage Limit. Spesifikasi sistem dan software komputasi. Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: $ slimit-python
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: $ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: $ squeue -ul $USER Daftar ST (STATE) menunjukkan status jalannya job: STATE Penjelasan R (RUN) Job berjalan PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON) CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up CA (CANCELED) Job dibatalkan user PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: $ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO
1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka app Job Composer di Pinned Apps. Pilih menu New Job -> From Template
3
Pilih template Anaconda Python yang diinginkan Nama Template Penjelasan Anaconda Python (CPU) Menjalankan Anaconda Python versi CPU Anaconda Python (GPU) Menjalankan Anaconda Python versi GPU Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job
4
Upload dan edit file untuk menjalankan komputasi pada Edit Files Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan software FTP. Apabila butuh akses terminal buka Open Terminal.
5
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor. Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. Ikuti petunjuk NOTES didalamnya Klik Save setiap kali mengubah script.
Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH Pada akun perseorangan, SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) > sisa CPU Core Hour gpus * time (jam) > sisa GPU Hour Cek sisa Core Hour dengan langkah: Buka menu Open Terminal Jalankan perintah sausage Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan total ntasks total mem total gpus time 128 128GB 2 72:00:00 User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui form ini Versi CPU dan GPU: Jenis komputasi ntasks mem gpus time CPU normal 128 240GB - 72:00:00 CPU high-mem* 500GB GPU 32 120GB 2 *Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001 Versi MPI (dengan MPI4PY): ntasks mem gpus time 384 240GB - 72:00:00 Ketika ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Mem mengalokasikan memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit. Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job. Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop. Job completed dapat dijalankan kembali dengan Submit. Daftar status job: Status Arti Not Submitted Job belum pernah dijalankan. Running Job berjalan. Queue Job mengantri dan belum berjalan. Completed Job selesai berjalan. Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user Untuk melihat alasan queue: Buka app Active Jobs pada homepage EFIRO. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents Atau dengan membuka Edit Files Kolom Folder Contents.

Interactive Job Jupyter

Langkah Interactive Job Sesi Jupyter
1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka app Jupyter di Pinned Apps pada homepage EFIRO.
3
Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut: Choose Jupyter version pilih sesuai preferensi user, Jupyter Lab atau Notebook Partition -> pilih sesuai kebutuhan: torti -> CPU saja tilla -> CPU dan GPU Alokasi komputasi torti tilla Number of CPU core(s) 1 - 32 Amount of memory/RAM 1 - 64 Number of GPUs - 1 Number of hours 1 - 72 Pada akun perseorangan, sesi Jupyter tidak akan berjalan apabila: Alokasi CPU * hours > sisa CPU Core Hour Alokasi GPU * hours > sisa GPU Hour Cek sisa Core Hour dengan: Buka app Aleleon Shell Access pada homepage EFIRO Jalankan perintah sausage Choose how to launch Jupyter -> Anaconda Choose Anaconda version Pilih versi yang digunakan untuk membuat conda env user Conda environment directory Isi nama conda env user yang akan digunakan Software modules Membuat modul software, isi sesuai kebutuhan user Apabila menggunakan tilla, isi modul NVIDIA CUDA yang sesuai Daftar Software Modules NVIDIA CUDA Nama Software Modules Versi cuda/11.2-cuDNN8.1.1 CUDA 11.2 + cuDNN 8.1.1 cuda/11.6-cuDNN8.3.3 CUDA 11.6 + cuDNN 8.3.3 cuda/11.8-cuDNN8.6.0 CUDA 11.8 + cuDNN 8.6.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0 CUDA 12.0 + cuDNN 8.7.0 cuda/12.1-cuDNN8.8.1 CUDA 12.1 + cuDNN 8.8.1 cuda/12.3-cuDNN8.9.6 CUDA 12.3 + cuDNN 8.9.6 Environment setup Memuat environment variable, isi apabila ada Additional Jupyter arguments Memuat argument tambahan Jupyter, isi apabila ada Email address Notifikasi email untuk status mulai dan selesainya sesi Jupyter. Isi apabila berkenan.
4
Klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter. User akan diarahkan ke halaman My Interactive Sessions. Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses. Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware
5
Apabila status Running, klik tombol Connect to Jupyter. Sistem mulai menghitung Core Hour! Sesi Jupyter siap diakses. Untuk menghentikan sesi, klik tombol Cancel.
6
Pilih Notebook Python 3 untuk memulai sesi notebook Python 3. Gunakan Notebook Python 3 untuk menjalankan kernel conda env user di Jupyter Notebook Gunakan Notebook Python 3 untuk menjalankan kernel conda env user di Jupyter Lab
7
User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan pada: Menu My Interactive Sessions pada homepage EFIRO. Kolom Active interactive sessions pada homepage EFIRO.