Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(mengubah judul SSH)
(paraphrasing)
Baris 1: Baris 1:
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|600x600px]]
Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.  
Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.  


Baris 95: Baris 97:
|}
|}


== '''2 | Selamat Datang di Login Node''' ==
== '''Selamat Datang di Login Node''' ==
[[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|700x700px]]
[[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|700x700px]]


Login SSH membawa user masuk ke '''Login Node.''' Pada Login Node, user dapat melakukan: 
Login SSH membawa user masuk ke '''Login Node''' selaku front-end sistem'''.''' User dapat melakukan serangkaian kegiatan berikut pada Login Node.  
 
=== Manajemen Data dan Folder ===
User dapat melakukan kegiatan manajemen data:
 
* Upload dan download data via software FTP. Info lebih lanjut lihat laman '''[[Upload File dengan Aplikasi FTP]]'''
* Mengatur file dan folder via software FTP atau terminal (cd, mkdir, cp, mv, vim, nano, dan lain-lainnya).
* ''Kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour.''
 
=== Mengakses, Compiling, dan Instalasi Software ===
User dapat melakukan kegiatan mengakses, compiling, dan instalasi software secara lokal di direktori HOME masing-masing.
 
* Info lebih detail lihat laman '''''<coming soon>'''''
 
=== Menjalankan Komputasi ===
User dapat menjalankan komputasi ke '''Compute Node''' melalui manajemen SLURM.
* Lihat subbab [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#3_|_Menjalankan_Komputasi_ke_Compute_Node_via_SLURM '''Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM''']
 
* Mengakses software yang terinstal di ALELEON Supercomputer melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']].


{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|'''''Keterangan:'''''  
|'''''Keterangan:'''''  
* Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di semua jenis Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.
* Semua kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour user.
* Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.


* Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.
* Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.
|}
|}
== '''3 | Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM''' ==
[[Berkas:Slurmm.png|al=|600x600px]]
User menjalankan job komputasi ke Compute Node melalui program manajemen atau scheduler '''SLURM.'''
=== Tutorial Spesifik per Software Komputasi ===
User dapat melihat tutorial menjalankan komputasi masing-masing software komputasi di laman [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']]:
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
=== Tutorial Umum ===
Berikut menjabarkan tutorial umum menjalankan komputasi melalui SLURM.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan Komputasi melalui SLURM di Terminal
!No
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
!Kegiatan
|-
|-
|'''1'''
|'''1'''
|
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
=== Manajemen File ===
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
User dapat melakukan kegiatan manajemen data pada direktori HOME.
*File input dan data komputasi.
 
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
* Untuk upload / download file gunakan '''[[Upload File dengan Aplikasi FTP|software FTP]]'''
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
**Info membuat SLURM Submit Script lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Contoh SLURM Submit Script dengan software CP2K
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
! colspan="2" |
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"
 
# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas
module load cp2k////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
|-
|-
|'''2'''
|'''2'''
|
|
===== Menjalankan Job Komputasi =====
=== Melihat Sisa / Penggunaan Core Hour ===
Jalankan job dengan perintah sbatch.
Untuk akun perseorangan jalankan perintah:
  $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
  $ '''sausage'''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
Untuk akun institusi ikuti petunjuk khusus dari admin.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''3A'''
! colspan="2" |
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
|-
|-
| R
|'''3'''
|RUN
|
| Job berjalan
=== Mengakses Software dan Compiling ===
|-
 
|PD
* Untuk mengakses software gunakan [[Module Environment|'''Module Environment''']].
|PENDING
* Info untuk compiling lihat laman [[Compiler ALELEON Supercomputer|'''Compiler ALELEON Supercomputer''']].
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
| CG
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|CA
| CANCELED
|Job dibatalkan oleh user
|-
|PR
|PREEMPETED
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
| S
! colspan="2" |
|SUSPENDED
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|-
|-
|'''3B'''
|'''4'''
|
|
=====Menghentikan Job Komputasi=====
===Menjalankan Job Komputasi===
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
*Menjalankan job komputasi dengan job submission.
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*Tutorial per software komputasi lihat laman:**[[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']]
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
$ scancel 231
|}
|}
== '''Support dan Laporan Kendala Penggunaan''' ==
== '''Support dan Laporan Kendala Penggunaan''' ==
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
Apabila butuh support lainnya, hubungi admin melalui email:
'''support@efisonlt.com'''

Revisi per 4 Juni 2024 15.15

Sbatch Terminal.png

Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.

Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix

  1. Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.
  2. Simbol $ menandakan perintah terminal, bracket [ ] menandakan parameter input.
$ command [input-user]

Login SSH

Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
1
Aktifkan koneksi jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
2
Gunakan software shell preferensi user.
  • Lakukan login ke Login Node dengan kredensial berikut:
Kredensial Login Node Utama
Username dan password Diberikan oleh admin EFISON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.10
Nomor port 22 (default)
Contoh login via terminal:
  • User Windows & MacOS -> $ ssh [username]@aleleon.hpc
  • User Linux -> $ ssh [username]@10.192.50.10
Login Node ALELEON Supercomputer mendukung SSH X11:
User OS Metode
Windows Admin merekomendasi software MobaXTerm Home Edition
MacOS $ ssh -Y [username]@aleleon.hpc
Linux $ ssh -X [username]@10.192.50.10
Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama down:
Kredensial Login Node Backup 1
Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon3.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.13
Nomor port 22 (default)
Kredensial Login Node Backup 2
Tanpa GPU sehingga tidak dapat compiling / install package GPU
Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon2.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.12
Nomor port 22 (default)

Selamat Datang di Login Node

Login SSH membawa user masuk ke Login Node selaku front-end sistem. User dapat melakukan serangkaian kegiatan berikut pada Login Node.

Keterangan:
  • Semua kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour user.
  • Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.
  • Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.
No Kegiatan
1

Manajemen File

User dapat melakukan kegiatan manajemen data pada direktori HOME.

2

Melihat Sisa / Penggunaan Core Hour

Untuk akun perseorangan jalankan perintah: 

$ sausage

Untuk akun institusi ikuti petunjuk khusus dari admin.

3

Mengakses Software dan Compiling

4

Menjalankan Job Komputasi

Support dan Laporan Kendala Penggunaan

Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Apabila butuh support lainnya, hubungi admin melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal&oldid=1530"