FLACS-CFD: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(italic deskripsi gambar)
(formatting dan nambah 24.1)
Baris 27: Baris 27:
|22.1
|22.1
|flacs-cfd/22.1
|flacs-cfd/22.1
|V
|X
|V
|X
|-
|24.1
|flacs-cfd/24.1
|V
|V
|X
|X
Baris 32: Baris 39:
|X
|X
|}
|}
== '''Skema Menjalankan FLACS-CFD''' ==
== '''Pilihan Skema Menjalankan FLACS-CFD''' ==
Terdapat dua cara dalam menjalankan FLACS-CFD:  
Terdapat dua cara menjalankan FLACS-CFD:  


# Menjalankan satu simulasi per job submission.
# Menjalankan satu simulasi per job submission.
Baris 57: Baris 64:
   
   
  ''Maka total alokasi adalah CPU 8*2 = 16 core dan memori RAM 8*4GB = 32GB''  
  ''Maka total alokasi adalah CPU 8*2 = 16 core dan memori RAM 8*4GB = 32GB''  
 
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
== '''Menjalankan FLACS-CFD''' ==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
*'''Job submission terminal'''
 
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
=== Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch) ===
*'''Job submission web EFIRO'''
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
===Job Submission Terminal===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan FLACS-CFD di Terminal
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
|-
|'''0'''
!3
|
|-
==== Login SSH ====
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
|-
|-
|'''1'''
!
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
|-
|-
| rowspan="2" |'''2'''
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|
=====Template SLURM Submit Script FLACS-CFD=====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk FLACS-CFD
!Template Submit Script FLACS-CFD
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 133: Baris 140:
|}
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk FLACS-CFD dengan skema Array
!Template Submit Script FLACS-CFD dengan skema Array
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 221: Baris 228:
|}
|}
|-
|-
|
!
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk FLACS-CFD=====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
|-
!Skenario Komputasi
|*''Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].''
!(CPU)''<sup>1</sup>''
*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].''
!(RAM)''<sup>1</sup>''
! gpus
(GPU)
! time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''2''</sup>
!4
| 128
|128GB
|2
| rowspan="3" |3-00:00:00
atau
 
72:00:00
|-
|-
| FLACS-CFD
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
|128
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
|240GB
|0
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
|-
| FLACS-CFD di high-mem node
!5
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''  
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
#Apabila menggunakan skema array:
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
#*CPU = ntasks * total array
 
#*RAM = ntasks * total array
Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
! colspan="2" |--- Daftar ST (STATE) Job ---
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|-
| colspan="5" |
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] 
|}
|-
| '''3'''
|
==== '''Menjalankan Job Komputasi''' ====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
* Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan  
!Penjelasan  
|-
|-
| R
| R (RUN)
|RUN
|Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
|PD (PENDING)
|PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
| Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
| CG  
|CG (COMPLETING)
| COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA  
|CA (CANCELED)
|CANCELED
|Job dibatalkan user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED  
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
| SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|-
|'''4B'''
!
|
|-
==== Menghentikan Job Komputasi ====
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
 
* Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
 
contoh membatalkan job ID 231:
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
  $ scancel 231
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231  
|}
|}
===Job Submission Web EFIRO===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
! 2
|-
|Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''


=== Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer) ===
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan FLACS-CFD di Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''0'''
! 3
|
=====Login Web EFIRO =====
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
|-
|-
|'''1'''
|
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template FLACS-CFD yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template FLACS-CFD yang tersedia
! colspan="2" |Pilih template FLACS-CFD yang diinginkan
|-
|-
!Nama Template
! Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|FLACS-CFD 21.3
|FLACS-CFD 21.3
|Menjalankan FLACS-CFD 21.3 untuk satu simulasi  
|Menjalankan FLACS-CFD 21.3 satu simulasi
|-
|-
|FLACS-CFD 21.3 Array
|FLACS-CFD 21.3 Array
|Menjalankan FLACS-CFD 21.3 dengan skema array
|Menjalankan FLACS-CFD 21.3 skema array
|-
|-
|FLACS-CFD 22.1
|FLACS-CFD 22.1
|Menjalankan FLACS-CFD 22.1 untuk satu simulasi
|Menjalankan FLACS-CFD 22.1 satu simulasi
|-
|-
|FLACS-CFD 22.1 Array
|FLACS-CFD 22.1 Array
|Menjalankan FLACS-CFD 22.1 dengan skema array
|Menjalankan FLACS-CFD 22.1 skema array
|}
|-
|FLACS-CFD 24.1
|Menjalankan FLACS-CFD 24.1 satu simulasi
|-
|-
|'''3'''
|FLACS-CFD 24.1 Array
|
|Menjalankan FLACS-CFD 24.1 skema array
=====Menyiapkan File Komputasi=====
|}Kemudian Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]


Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
!4
|
=====Melengkapi Submit Script=====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
|-
!Skenario Komputasi
| Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
!(CPU)''<sup>1</sup>''
[[Berkas:Jcjoboption.png|nirbing|400x400px]]*Upload file melalui menu '''<code>Edit Files</code>'''
!(RAM)''<sup>1</sup>''
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''2''</sup>
!5
|128
|128GB
|2
| rowspan="3" |3-00:00:00
atau
 
72:00:00
|-
|-
|FLACS-CFD
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
|128
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
|240GB
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|0
*Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
|-
|-
|FLACS-CFD di high-mem node
!
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''  
|*''Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].''
#Apabila menggunakan skema array:
*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].''
#*CPU = ntasks * total array
#*RAM = ntasks * total array
# Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!6
|-
|-
| colspan="5" |
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|400x400px]]
**SLURM akan menahan job apabila:
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
*''Job completed dapat dijalankan kembali dengan '''<code>Submit</code>'''.''  
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
$ '''sausage'''
! colspan="2" |--- Daftar Status Job ---
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
|'''5'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Status
!Arti
!Arti
|-
|-
|Not Submitted
| Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
Baris 464: Baris 365:
|Job berjalan.
|Job berjalan.
|-
|-
|Queue
|Queue  
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|-
|Completed
|Completed
Baris 478: Baris 372:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|-
| colspan="2" |'''Untuk melihat alasan queue:'''
#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
#[[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
|}
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|'''6A'''
! 7
|
|-
=====Melihat Output Komputasi=====
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|'''6B'''
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==

Revisi per 21 Juni 2024 09.09

FLACS-CFD adalah software industri CFD buatan Gexcon (in-house software) untuk pemodelan ledakan dan keamanan desain konstruksi pabrik khususnya dari sisi simulasi persebaran api, asap, dan gas beracun ketika terjadi kecelakaan.

LICENSED SOFTWARE!
Software ini berjalan di ALELEON Supercomputer melalui FLACS License Manager dengan izin lisensi yang dikelola oleh PT. Gexcon Indonesia.

Versi yang Tersedia

Berikut adalah detail versi FLACS-CFD yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul FLACS-CFD
Versi Nama Modul Dukungan Hardware
CPU GPU OMP Threading MPI Multi-Node
21.3 flacs-cfd/21.3 V X V X
22.1 flacs-cfd/22.1 V X V X
24.1 flacs-cfd/24.1 V X V X

Pilihan Skema Menjalankan FLACS-CFD

Terdapat dua cara menjalankan FLACS-CFD:

  1. Menjalankan satu simulasi per job submission.
  2. Menjalankan banyak simulasi sekaligus dalam satu job submission dengan metode SLURM Array.

Menjalankan FLACS-CFD dengan SLURM Array

Metode ini memungkinkan user untuk menjalankan banyak simulasi sekaligus dalam satu job submission. Terdapat beberapa hal yang perlu diperhatikan:

  • Menggunakan parameter SBATCH SLURM dengan rumus:
#SBATCH --array=1-<jumlah-job-simulasi>

Contoh user menjalankan 8 job simulasi, maka parameter array menjadi: 
#SBATCH --array=1-8
  • Nama file input menggunakan metode wildcard.
  • Ketika menjalankan array, alokasi SBATCH ntasks (core thread CPU) dan mem (memori RAM) digunakan oleh setiap array job.
Contoh user mengalokasikan ntasks 2 dan mem 4GB untuk 8 job array
#SBATCH --array=1-8
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --mem=4GB 

Maka total alokasi adalah CPU 8*2 = 16 core dan memori RAM 8*4GB = 32GB

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.*Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Template Submit Script FLACS-CFD 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# FLACS-CFD | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Memuat modul software FLACS-CFD
# Daftar modul lihat subbab "Modul FLACS-CFD" di atas 
module load flacs-cfd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

fgc - ////
run_flacscfd_omp ////
Template Submit Script FLACS-CFD dengan skema Array 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# FLACS-CFD Array | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Jumlah job array, contoh: 1-128
#SBATCH --array=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# FLACS CS INPUT FILES WITH WILDCARD. Example: cs??????.dat3
INPUT_FILE="cs////.dat3"

# Memuat modul software FLACS-CFD
# Daftar modul lihat subbab "Modul FLACS-CFD" di atas 
module load flacs-cfd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Abbreviate some SLURM variables for brevity/readability
TASK_MIN=${SLURM_ARRAY_TASK_MIN}
TASK_MAX=${SLURM_ARRAY_TASK_MAX}
TASK_ID=${SLURM_ARRAY_TASK_ID}
TASK_COUNT=${SLURM_ARRAY_TASK_COUNT}

# Form a list of relevant files, and check the number of array elements
# matches the number of cases with 6-digit identifiers.
CS_FILES=(`ls -1 ${INPUT_FILE}`)

if test "${#CS_FILES[@]}" -ne "${TASK_COUNT}";
then
  printf "Number of files is:       %s\n" "${#CS_FILES[@]}"
  printf "Number of array tasks is: %s\n" "${TASK_COUNT}"
  printf "Do not match!\n"
fi

# All tasks loop through the entire list to find their specific case.

for (( jid = $((${TASK_MIN})); jid <= $((${TASK_MAX})); jid++ ));
do
  if test "${TASK_ID}" -eq "${jid}";
  then
      # File list index with offset zero
      file_id=$((${jid} - ${TASK_MIN}))
      # Form the substring file_id (recall syntax is :offset:length)
      my_file=${CS_FILES[${file_id}]}
      my_file_id=${my_file:2:6}
  fi
done

printf "Task %d has file %s id %s\n" "${TASK_ID}" "${my_file}" "${my_file_id}"

# Running fgc and FLACS CFD
fgc - ${my_file_id}
run_flacscfd_omp ${my_file_id}
*Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.

--- Daftar ST (STATE) Job ---
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer New Pinnedapps jc.png di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template FLACS-CFD yang diinginkan
Nama Template Penjelasan
FLACS-CFD 21.3 Menjalankan FLACS-CFD 21.3 satu simulasi
FLACS-CFD 21.3 Array Menjalankan FLACS-CFD 21.3 skema array
FLACS-CFD 22.1 Menjalankan FLACS-CFD 22.1 satu simulasi
FLACS-CFD 22.1 Array Menjalankan FLACS-CFD 22.1 skema array
FLACS-CFD 24.1 Menjalankan FLACS-CFD 24.1 satu simulasi
FLACS-CFD 24.1 Array Menjalankan FLACS-CFD 24.1 skema array
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

Jcjoboption.png*Upload file melalui menu Edit Files

5
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.

  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
  • Klik Save setiap kali mengubah script.
*Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.

  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.
  • Job completed dapat dijalankan kembali dengan Submit.
--- Daftar Status Job ---
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Untuk melihat alasan queue:
  1. Buka app Active Jobs Pinnedapps activejobs.pngdi homepage EFIRO.
  2. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=FLACS-CFD&oldid=1560"