ORCA: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(italic deskripsi gambar)
(new formatting)
Baris 33: Baris 33:
|}
|}
== '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' ==
== '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' ==
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':
Secara default, ORCA berjalan dengan '''satu core'''. ORCA dapat berjalan '''paralel (multi core CPU)''' untuk menambah kecepatan komputasi dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':


=== '''!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal''' ===
=== '''!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal''' ===
Baris 45: Baris 45:
  '''%PAL NPROCS 32 END'''
  '''%PAL NPROCS 32 END'''
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
=='''Menjalankan ORCA'''==
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
*'''Job submission terminal'''**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
*'''Job submission web EFIRO'''
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
===Job Submission Terminal===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan ORCA di Terminal
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
|-
|'''0'''
!1
|
|-
=====Login SSH=====
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
|-
!2
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Perhatikan file input untuk menjalankan Orca dengan multi-core CPU.
|-
!3A
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
|-
|'''1'''
!
|
=====Menyiapkan File Komputasi =====
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
|-
|-
| rowspan="2" |'''2'''
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|
===== Template SLURM Submit Script ORCA=====
Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script untuk ORCA
!Template SLURM Submit Script ORCA
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 125: Baris 128:
${WHICH_ORCA} ${INPUT_FILE}
${WHICH_ORCA} ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}  
|}
|-
|-
|
!
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk ORCA =====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
|-
!Skenario Komputasi
| *''Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].''
!ntasks
*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].''
(CPU)
!mem
(RAM)
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
!3B
|128
|128GB
|2
| rowspan="3" |3-00:00:00
atau
 
72:00:00
|-
|-
|ORCA versi CPU''<sup>2</sup>''
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
|384
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
| 240GB''<sup>2</sup>''
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
|0
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
'''$ slimit-mpi'''
|-
|-
|ORCA versi CPU di high-mem node
!4
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
| Jalankan job komputasi dengan perintah:
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
''Contoh:''
#ORCA mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
$ sbatch submit.sh
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!5
|-
|-
| colspan="5" |
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
**SLURM akan menahan job apabila:
 
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
! colspan="2" |--- Daftar ST (STATE) Job ---
$ '''sausage'''
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|'''3'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
!STATE
!STATE
!Kepanjangan
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R
|R (RUN)
|RUN
| Job berjalan
|Job berjalan
|-
|-
|PD
| PD (PENDING)
|PENDING
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
|CG (COMPLETING)
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
| CA (CANCELED)
|CANCELED
|Job dibatalkan user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|PR (PREEMPETED)
|PREEMPETED
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
|S (SUSPENDED)
|SUSPENDED
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
|-
|-
|'''4B'''
!
|
|-
=====Menghentikan Job Komputasi=====
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  '''$ scancel ''[job-ID]'''''
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
''Job ID ada pada squeue diatas.''
  $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
contoh membatalkan job ID 231:
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
  $ scancel 231
  $ scancel 231
|}
|}
===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
===Job Submission Web EFIRO===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menjalankan ORCA di Web EFIRO
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|-
|'''0'''
| Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
|
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
=====Login Web EFIRO=====
 
*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>''' lalu masukkan username dan password user.
|-
**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
! 3
|-
|-
|'''1'''
|
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template ORCA yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Template ORCA yang tersedia
! colspan="2" | Pilih template ORCA yang diinginkan
|-
|-
!Nama Template
!Nama Template  
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
Baris 272: Baris 221:
|ORCA 5.0.3
|ORCA 5.0.3
|Menjalankan ORCA 5.0.3
|Menjalankan ORCA 5.0.3
|}
|}Kemudian Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
 
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
|-
|-
|'''3'''
!4
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
 
Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
| Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|
[[Berkas:Jcjoboption.png|nirbing|400x400px]]
=====Melengkapi Submit Script=====
*Upload file melalui menu '''<code>Edit Files</code>'''**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|
! 5A
=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
|-
|-
!Skenario Komputasi
| Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
!ntasks
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
(CPU)
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
!mem
*Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
(RAM)
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
!gpus
(GPU)
!time
(time limit)
|-
|-
|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
!
|128
|128GB
|2
| rowspan="3" |3-00:00:00
atau
 
72:00:00
|-
|-
|ORCA versi CPU''<sup>2</sup>''
|
|384
*''Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].''
|240GB''<sup>2</sup>''
*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].''
|0
|-
|-
|ORCA versi CPU di high-mem node
! 5B
*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
|128
|500GB
|0
|-
|-
| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
| '''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada menu '''<code>Open Terminal</code>''':
#ORCA mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
'''$ slimit-mpi'''
#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
|-
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
!6
|-
|-
| colspan="5" |
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|400x400px]]
**SLURM akan menahan job apabila:
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
*''Job completed dapat dijalankan kembali dengan '''<code>Submit</code>'''.''  
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
$ '''sausage'''
! colspan="2" |--- Daftar Status Job ---
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|-
|'''5'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Status
!Arti
!Arti
Baris 369: Baris 274:
|Queue
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|-
|Completed
|Completed
Baris 381: Baris 279:
|-
|-
|Failed
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|-
| colspan="2" | '''Untuk melihat alasan queue:'''
#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
#[[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
|}
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|-
|'''6A'''
!7
|
|-
=====Melihat Output Komputasi=====
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|'''6B'''
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|}
|}
=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Revisi per 5 Juli 2024 02.07

Orca logo.png

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Modul ORCA

Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul ORCA
Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

4.2.1 orca/4.2.1-OMPI3.1.4 V - - V
5.0.3 orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1 V - - V

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan dengan satu core. ORCA dapat berjalan paralel (multi core CPU) untuk menambah kecepatan komputasi dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU: 

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU: 

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand atau kembangkan)

  • Job submission terminal**Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
  • User dapat upload / download file dengan software FTP.
  • Perhatikan file input untuk menjalankan Orca dengan multi-core CPU.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Template SLURM Submit Script ORCA 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# ORCA | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan jumlah ntasks mengikuti besar core
#    yang didefinisikan pada input file.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file ORCA yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software ORCA
# Daftar modul lihat subbab "Modul ORCA" di atas 
module load orca////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Menyimpan full PATH orca dengan which
WHICH_ORCA=$(which orca)

# Perintah menjakankan ORCA
${WHICH_ORCA} ${INPUT_FILE}
*Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-mpi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.

--- Daftar ST (STATE) Job ---
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer New Pinnedapps jc.png di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template ORCA yang diinginkan
Nama Template Penjelasan
ORCA 4.2.1 Menjalankan ORCA 4.2.1
ORCA 5.0.3 Menjalankan ORCA 5.0.3
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

Jcjoboption.png

  • Upload file melalui menu Edit Files**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan software FTP.
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.

  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
  • Klik Save setiap kali mengubah script.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada menu Open Terminal: 

$ slimit-mpi
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.

  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.
  • Job completed dapat dijalankan kembali dengan Submit.
--- Daftar Status Job ---
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Untuk melihat alasan queue:
  1. Buka app Active Jobs Pinnedapps activejobs.pngdi homepage EFIRO.
  2. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=ORCA&oldid=1566"