NAMD: Perbedaan antara revisi

Revisi per 22 Juli 2024 07.43

NAMD adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.

Modul NAMD

Berikut adalah detail versi NAMD yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul NAMD versi CPU
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2.14	namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX	V	-	-	V

Modul NAMD versi GPU
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2.14	namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11	V	V	-	V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)

Job submission terminal
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
Job submission web EFIRO
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

1

Login SSH ke ALELEON Supercomputer.

2

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

User dapat upload / download file dengan software FTP.

3A

Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.

Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh

Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.

Klik expand / kembangkan

Template Submit Script NAMD versi CPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# NAMD (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file NAMD yang dijalankan
INPUT_FILE="////.conf"

# Memuat modul software NAMD versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas 
module load namd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan NAMD
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}

Template Submit Script NAMD versi GPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# NAMD (versi GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file NAMD yang dijalankan
INPUT_FILE="////.conf"

# Memuat modul software NAMD versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas 
module load namd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan NAMD
charmrun ++local +p${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.

Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

3B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:

$ slimit-namd

4

Jalankan job komputasi dengan perintah:

$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh

5

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE	Penjelasan
R (RUN)	Job berjalan
PD (PENDING)	Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING)	Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED)	Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED)	Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED)	Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email

Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:

$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

1

Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.

2

Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

3

Pilih template NAMD yang diinginkan:
Nama Template	Penjelasan
NAMD 2.14 (CPU)	Menjalankan NAMD 2.14 pada CPU
NAMD 2.14 (GPU)	Menjalankan NAMD 2.14 dengan akselerasi GPU.

Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

4

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:*Upload / download / edit file via menu Edit Files** Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan software FTP.

5A

Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:

Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Klik Save setiap kali mengubah script.

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

5B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut melalui Open Terminal:

$ slimit-namd

6

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job (klik expand atau kembangkan)
Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Melihat alasan queue: Buka app `Active Jobs` di homepage EFIRO. Ubah opsi `Your jobs` untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

7

Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka menu Edit Files

Kolom Folder Contents.

8

Untuk menghapus ruang job dan datanya:

Pilih ruang job yang akan dihapus.
Klik menu Delete

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

@@ Baris 185: / Baris 185: @@
 </syntaxhighlight>
 |}
-|-
-!
 |-
 |
@@ Baris 258: / Baris 256: @@
 ! 2
 |-
-| Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
+| [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
 Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
@@ Baris 265: / Baris 263: @@
 !3
 |-
-|Pilih template NAMD yang diinginkan:
+|
 {| class="wikitable"
+! colspan="2" |Pilih template NAMD yang diinginkan:
 |-
 !Nama Template
@@ Baris 282: / Baris 281: @@
 ! 4
 |-
-|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
+|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>** Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
-[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|400x400px]]
+[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
-*Menu '''<code>Edit Files</code>''' -> upload / download / edit file
-**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
-*Menu '''<code>Open Terminal</code>''' -> menjalankan perintah slimit (langkah 5B)
 |-
 !5A
 |-
-|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
+|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
-[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
 *Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
 **Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
-* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
+*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
-|-
+[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
-!
+{| class="wikitable"
-|-
 |
 *''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
 *''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
+|}
 |-
 !5B

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas