OpenMX: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(fix indication [ ])
(formatting terminal)
Baris 87: Baris 87:
!
!
|-
|-
| Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
 
* <small>Klik expand / kembangkan</small>
 
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template OpenMX
!Template Submit Script OpenMX
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
Baris 145: Baris 148:
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} openmx ${INPUT_FILE}
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} openmx ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>
|}
|-
| Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template OpenMX
|}
|}
|-
|-
Baris 158: Baris 166:
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
  '''$ slimit-hybmpi'''  
  '''$ slimit-hympi'''  
|-
|-
!4
!4
Baris 172: Baris 180:
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Daftar ST (STATE) menunjukkan status jalannya job:
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
|-
|-
!STATE
!STATE
Baris 195: Baris 203:
| S (SUSPENDED)
| S (SUSPENDED)
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|}  
|}
|-
|-
!
!

Revisi per 23 Juli 2024 09.33

OpenMX Logo.png

OpenMX adalah software package untuk simulasi material skala nano berdasarkan DFT (Density Functional Theories), norm-conserving pseudopotensials, dan pseudo-atomic localized basis functinons. OpenMX merupakan software tidak berbayar dengan lisensi GNU GPLv3.

Modul OpenMX

Berikut adalah detail versi OpenMX yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul OpenMX
Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

3.9.9 openmx/3.9.9-GCC11.3-AOCL4.0 V V - V V

DATA.PATH pada File Input

User wajib mendefinisikan DATA.PATH berikut pada file input supaya OpenMX dapat berjalan. Daftar DATA.PATH per versi OpenMX lihat tabel di bawah. 

DATA.PATH        [data-path-OpenMX]
Daftar DATA.PATH OpenMX
Versi DATA.PATH
3.9.9 /comp/openmx/3.9.9-GCC11.3-AOCL4.0/DFT_DATA19

Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan OpenMX

OpenMX dapat berjalan melalui metode paralelisasi MPI, threading OpenMP (OMP), atau Hybrid MPI/OMP. ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada SLURM Submit Script (lihat subbab Menjalankan OpenMX):

  • SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP
  • Apabila ingin Pure MPI maka isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1.
# Pure MPI 
#SBATCH --ntasks=[isi-sesuai-keinginan]
#SBATCH --cpus-per-task=1
  • Apabila ingin Hybrid MPI/OMP maka isi kedua parameter tersebut. Perlu diingat bahwa total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task. Contoh berikut menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:
# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --cpus-per-task=4
  • Apabila ingin Pure OMP maka isi jumlah ntasks dengan 1.
# Pure OMP 
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=[isi-sesuai-keinginan]

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
  • Perhatikan DATA.PATH pada file input.
  • User dapat upload / download file dengan software FTP.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script OpenMX 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# OpenMX | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan rate CCH = ntasks * cpus-per-task.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU, mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file OpenMX yang dijalankan
INPUT_FILE='////.dat'

# Memuat modul software OpenMX
# Daftar modul lihat subbab "Modul OpenMX" di atas 
module load openmx////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Definisi threading OMP 
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# Perintah menjakankan OpenMX
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} openmx ${INPUT_FILE}
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Template OpenMX
*Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-hympi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer New Pinnedapps jc.png di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template OpenMX yang diinginkan
Nama Template Penjelasan
OpenMX 3.9.9 Menjalankan OpenMX 3.9.9
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

Jcjoboption.png

  • Upload file melalui menu Edit Files
  • Perhatikan DATA.PATH pada file input.
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.

  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
  • Klik Save setiap kali mengubah script.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal: 

$ slimit-hybmpi
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.

  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.
  • Job completed dapat dijalankan kembali dengan Submit.
Daftar status job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Untuk melihat alasan queue:#Buka app Active Jobs Pinnedapps activejobs.pngdi homepage EFIRO.
  1. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=OpenMX&oldid=1677"