LAMMPS: Perbedaan antara revisi

Revisi per 6 Desember 2024 14.09

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) adalah framework molekular dinamik untuk pemodelan material (material modelling). LAMMPS adalah software open-source di bawah lisensi GPL v2.

Modul LAMMPS

Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul LAMMPS versi CPU dan GPU
Versi	Nama modul	Dukungan hardware
Versi	Nama modul	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2022.06.23 update 4	lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1	V	V	V	V
2023.08.02 update 1	lammps/2023.08.02u1-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1	V	V	V	V

Hubungi tim admin melalui email support@efisonlt.com untuk permintaan instalasi versi lain.

Permintaan Instalasi Package LAMMPS

Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (missing package), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui:

Pilihan Menjalankan Komputasi

ALELEON Supercomputer menyediakan opsi menjalankan komputasi:

Batch Job
- Menjalankan file input QE siap jalan pada compute node melalui manajemen Slurm.
- Tersedia dua opsi tampilan yaitu terminal dan portal web EFIRO.

Batch Job

Langkah Batch Job di Terminal

1

Login SSH ke ALELEON Supercomputer.

2

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

User dapat upload / download file dengan software FTP.

3A

Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.

Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh

Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.

Klik expand / kembangkan

Template Submit Script LAMMPS versi CPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# LAMPPS (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt  

# Nama input file LAMMPS yang dijalankan
INPUT_FILE="////"

# Memuat modul software LAMMPS versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul LAMMPS" di atas 
module load lammps////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --np ${SLURM_NTASKS} lmp -in ${INPUT_FILE}

Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS akselerasi GPU:

Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
- Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task

Template Submit Script LAMMPS versi GPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# LAMPPS (versi GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Rekomendasi performa optimal: 
#    ntasks = 2 atau 4 per GPU
#    cpus-per-task = 2 atau 4 
# 4. Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
# Rekomendasi gunakan 2 atau 4 per jumlah GPU 
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah thread OMP per task MPI
#SBATCH --cpus-per-task=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt  

# Nama input file LAMMPS yang dijalankan
INPUT_FILE="////"

# Memuat modul software LAMMPS versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul LAMMPS" di atas 
module load lammps////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Definisi threading OMP 
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}
 
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --np ${SLURM_NTASKS} lmp -sf gpu -pk gpu ${SLURM_GPUS} -in ${INPUT_FILE}

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.

Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

3B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:

$ slimit-lammps

4

Jalankan job komputasi dengan perintah:

$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh

5

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE	Penjelasan
R (RUN)	Job berjalan
PD (PENDING)	Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING)	Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED)	Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED)	Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED)	Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email

Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:

$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Batch Job di Portal Web EFIRO

1

Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.

2

Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

3

Pilih template LAMMPS yang diinginkan:
Nama Template	Penjelasan
LAMMPS 2022.06.23u4 (CPU)	Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada CPU
LAMMPS 2022.06.23u4 (GPU)	Menjalankan LAMMPS 2022.06.23u4 pada GPU
LAMMPS 2023.08.02u1 (CPU)	Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada CPU
LAMMPS 2023.08.02u1 (GPU)	Menjalankan LAMMPS 2023.08.02u1 pada GPU

Isi Job Name dan klik Create New Job

4

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:

Upload / download / edit file via menu Edit Files
- Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan software FTP.

5A

Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:

Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Klik Save setiap kali mengubah script.

Rekomendasi performa optimal untuk LAMMPS akselerasi GPU:

Menggunakan 2 atau 4 ntasks per gpus
Menggunakan 2 atau 4 cpus-per-task per ntasks.
- Perhatikan usage CPU = ntasks * cpus-per-task

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

5B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu Open Terminal:

$ slimit-lammps

6

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar Status Job
Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue: Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

7

Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka menu Edit Files

Kolom Folder Contents.

8

Untuk menghapus ruang job dan datanya:*Pilih ruang job yang akan dihapus.

Klik menu Delete

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

@@ Baris 39: / Baris 39: @@
 [[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
 =='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
-User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand / kembangkan)</small>''
+ALELEON Supercomputer menyediakan opsi menjalankan komputasi:
-*'''Job submission terminal'''
-**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
+* '''Batch Job'''
-*'''Job submission web EFIRO'''
+** Menjalankan file input QE siap jalan pada [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.
-** ''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
+** Tersedia dua opsi tampilan yaitu terminal dan portal web EFIRO.
-===Job Submission Terminal===
+===Batch Job===
 {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
-!Langkah Job Submission Terminal
+!Langkah Batch Job di Terminal
 [[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
 |-
@@ Baris 254: / Baris 255: @@
 ===Job Submission Web EFIRO===
 {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
-!Langkah Job Submission Web EFIRO
+!Langkah Batch Job di Portal Web EFIRO
 [[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
 |-

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas