AmberTools adalah suite untuk molecular dynamic (MD) yang merupakan bagian dari software Amber. AmberTools merupakan software tidak berbayar dengan lisensi GNU General Public License.
WOLOLO!
| Software ini sedang dalam fase pengujian / trial. Riskan dengan kegagalan teknis seperti program tidak stabil, gagal berjalan atau menghasilkan output yang salah.
|
Modul AmberTools
Berikut adalah detail versi DFTB+ yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Modul AmberTools versi CPU
| Versi
|
Nama modul
|
Dukungan hardware
|
| CPU
|
GPU
|
OMP
Threading
|
MPI
multi-node
|
| AmberTools24
|
ambertools/24-cpu
|
V
|
-
|
V
|
V
|
Modul AmberTools versi GPU
| Versi
|
Nama modul
|
Dukungan hardware
|
| CPU
|
GPU
|
OMP
Threading
|
MPI
multi-node
|
| AmberTools24
|
ambertools/24-gpu
|
V
|
V
|
V
|
V
|
Pilihan MPI atau Threading OpenMP untuk Menjalankan AmberTools
ALELEON Supercomputer menyediakan AmberTools yang dapat dijalankan dengan MPI dan OpenMP (Hybrid MPI/OMP). ALELEON Supercomputer menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih metode paralelisasi tersebut melalui konfigurasi pada Submit Script (lihat subbab Pilihan Menjalankan Komputasi:
- SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI sedangkan SBATCH cpus-per-task mewakili jumlah thread OMP.
#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP
- Apabila ingin Pure MPI maka isi jumlah SBATCH cpus-per-task dengan 1.
# Pure MPI
#SBATCH --ntasks=<isi-sesuai-keinginan>
#SBATCH --cpus-per-task=1
- Apabila ingin Hybrid MPI/OMP maka isi kedua parameter tersebut.
- Perlu diingat bahwa total core CPU yang digunakan adalah ntasks * cpus-per-task.
- Contoh berikut menggunakan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI sehingga total menggunakan 8 core CPU:
# Hybrid MPI/OMP, contoh dengan 2 proses MPI dan 4 thread OMP per MPI.
#SBATCH --ntasks=2
#SBATCH --cpus-per-task=4
- Apabila ingin Pure OMP maka isi jumlah ntasks dengan 1.
# Pure OMP
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=<isi-sesuai-keinginan>
Pilihan Menjalankan Komputasi
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand / kembangkan)
- Job submission terminal
- Job submission web EFIRO
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.
Job Submission Terminal
| Langkah Job Submission Terminal
|
| 1
|
| Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
|
| 2
|
| Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|
| 3
|
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Nama file bebas dengan format .sh, contoh
submit.sh
|
|
|
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
| Template Submit Script AmberTools versi CPU
|
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# AmberTools (versi CPU) | rev.240724
#
# !! TRIAL PHASE - use at your own risk!
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
# User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Memuat modul software AmberTools versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul AmberTools" di atas
module load ambertools////
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# Masukkan script jalannya program dibawah ini
|
| Template Submit Script AmberTools versi GPU
|
#!/bin/bash
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# AmberTools (versi GPU) | rev.240724
#
# !! TRIAL PHASE - use at your own risk!
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
# User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Memuat modul software AmberTools versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul AmberTools" di atas
module load ambertools////
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
# Masukkan script jalannya program dibawah ini
|
|
- Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
|
| 4
|
Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script]
Contoh:
$ sbatch submit.sh
|
| 5
|
| User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
$ squeue -ul $USER
| Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
|
| STATE
|
Penjelasan
|
| R (RUN)
|
Job berjalan
|
| PD (PENDING)
|
Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
|
| CG (COMPLETING)
|
Job selesai dan dalam proses clean-up
|
| CA (CANCELED)
|
Job dibatalkan user
|
| PR (PREEMPETED)
|
Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|
| S (SUSPENDED)
|
Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|
|
|
|
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
$ scancel [job-ID]
Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
|
Job Submission Web EFIRO
| Langkah Job Submission Web EFIRO
|
| 1
|
| Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
|
| 2
|
 Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.
Pilih menu New Job -> From Template
|
| 3
|
| Pilih template AmberTools yang diinginkan:
|
| Nama Template
|
Penjelasan
|
| AmberTools24 (CPU)
|
Menjalankan AmberTools24 pada CPU
|
| AmberTools24 (GPU)
|
Menjalankan AmberTools24 pada GPU
| Isi Job Name dan klik Create New Job
|
| 4
|
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
- Upload / download / edit file via menu
Edit Files
|
| 5
|
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
- Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
- Klik
Save setiap kali mengubah script.
|
|
|
| 6
|
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
- Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
- Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik
Stop.
| Daftar Status Job
|
| Status
|
Arti
|
| Not Submitted
|
Job belum pernah dijalankan.
|
| Running
|
Job berjalan.
|
| Queue
|
Job mengantri dan belum berjalan.
|
| Completed
|
Job selesai berjalan.
|
| Failed
|
Job berhenti karena error atau di stop user.
|
Untuk melihat alasan job yang queue: Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer. |
|
| 7
|
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
- Atau dengan membuka menu
Edit Files
|
| 8
|
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
- Pilih ruang job yang akan dihapus.
- Klik menu
Delete
|
Pelaporan Kendala dan Support
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
---
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
support@efisonlt.com
Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.
