ORCA

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Modul ORCA

Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul ORCA

Versi	Nama modul	Dukungan hardware
		CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
4.2.1	orca/4.2.1-OMPI3.1.4	V	-	-	V
5.0.3	orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1	V	-	-	V

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan dengan satu core. ORCA dapat berjalan paralel (multi core CPU) untuk menambah kecepatan komputasi dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Pilihan Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: (klik expand atau kembangkan)

• Job submission terminal
  • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
• Job submission web EFIRO
  • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal
1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan. User dapat upload / download file dengan software FTP. Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA dengan multi-core CPU.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya. Klik expand / kembangkan Template SLURM Submit Script ORCA #!/bin/bash # ----------------------------------------------------- # Template SLURM Submit Script # ORCA | rev.080124 # # NOTES: # 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # 2. Template ini bersifat referensi. # User dapat mengubah bagian yang perlu diubah. # 3. Perhatikan jumlah ntasks mengikuti besar core # yang didefinisikan pada input file. # ----------------------------------------------------- # ----------------------------------------------------- # Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module # ----------------------------------------------------- # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job # Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal program #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file ORCA yang dijalankan INPUT_FILE="////.inp" # Memuat modul software ORCA # Daftar modul lihat subbab "Modul ORCA" di atas module load orca//// # ---------------------------------------------------- # Script jalannya program # ---------------------------------------------------- # Menyimpan full PATH orca dengan which WHICH_ORCA=$(which orca) # Perintah menjakankan ORCA ${WHICH_ORCA} ${INPUT_FILE}
Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan: Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit. Spesifikasi sistem dan software komputasi. Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: $ slimit-mpi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: $ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah: $ squeue -ul $USER Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job. STATE Penjelasan R (RUN) Job berjalan PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON) CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up CA (CANCELED) Job dibatalkan user PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: $ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO
1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO. Pilih menu New Job -> From Template

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: