ATEST: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Web EFIRO: tes) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Terminal: test) |
||
Baris 245: | Baris 245: | ||
Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]. | Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]. | ||
|- | |- | ||
| | |<nowiki>---</nowiki> | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
!Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH | !Panduan nilai maksimal alokasi komputasi SBATCH | ||
Baris 270: | Baris 270: | ||
User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui [https://efisonlt.com/pelaporan-kendala-aleleon-supercomputer/ '''form ini''']. | User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi melalui [https://efisonlt.com/pelaporan-kendala-aleleon-supercomputer/ '''form ini''']. | ||
|- | |- | ||
|'''Versi CPU:''' | |'''Versi CPU dan GPU:''' | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! | !Jenis komputasi | ||
!ntasks | !ntasks | ||
!mem | !mem | ||
Baris 278: | Baris 278: | ||
!time | !time | ||
|- | |- | ||
|normal | |CPU normal | ||
| rowspan="2" |128 | | rowspan="2" |128 | ||
|240GB | |240GB | ||
| rowspan="2" | - | | rowspan="2" | - | ||
| rowspan=" | | rowspan="3" |72:00:00 | ||
|- | |- | ||
|high-mem* | |CPU high-mem* | ||
|500GB | |500GB | ||
|- | |- | ||
|GPU | |||
|32 | |32 | ||
|120GB | |120GB | ||
|2 | |2 | ||
|} | |} | ||
<nowiki>*</nowiki>Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code> | |||
|- | |- | ||
|'''Versi MPI (dengan MPI4PY):''' | |'''Versi MPI (dengan MPI4PY):''' | ||
Baris 320: | Baris 312: | ||
* Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]. | * Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']]. | ||
|} | |} | ||
--- | |||
|- | |- | ||
|'''4''' | |'''4''' | ||
Baris 332: | Baris 325: | ||
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>''' | '''<code>$ squeue -ul $USER</code>''' | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" |Daftar ST (STATE) yang menunjukkan status jalannya job: | ! colspan="2" |Daftar ST (STATE) yang menunjukkan status jalannya job: | ||
|- | |- |
Revisi per 5 April 2024 03.48
Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.
Langkah Menjalankan Komputasi
Terdapat dua langkah utama:
- Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
- Memilih metode menjalankan komputasi.
Membuat Conda Environment
Kegiatan ini dilakukan pada terminal:
- Diakses melalui login SSH, atau
- Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access
Membuat Conda Environment | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.
| |||||||||||
| ||||||||||||
2 | Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah:
$ conda create --name [nama-conda-env] pip Contoh nama 'skripsi' $ conda create --name skripsi pip |
Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package | |
---|---|
0 | Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user. |
1 | Aktifkan conda env dengan perintah:
$ source activate [nama-conda-env] Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi' $ source activate skripsi |
User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:
| |
2 | Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip
|
3 | Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:
|
Manajemen Conda Environment | |
---|---|
1 | Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini. |
2 | Untuk mengubah nama conda env:
$ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru] Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis $ conda rename -n skripsi tesis |
Untuk menghapus conda env:
|
Metode Menjalankan Komputasi
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:
- Job submission di terminal
- Job submission di web EFIRO
- Interactive job Jupyter Lab / Notebook
Job Submission Terminal
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
- Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux.
Langkah Job Submission Terminal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login SSH ke ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---
--- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
$ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231 |
Job Submission Web EFIRO
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
Langkah Job Submission Web EFIRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Buka app Job Composer di Pinned Apps.Pilih menu New Job -> From Template
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Pilih template Anaconda Python yang diinginkan.
Job Name kemudian klik Create New Job
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Upload dan edit file untuk menjalankan komputasi pada Edit Files
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor .
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | Jalankan job dengan klik tombol Submit .
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 | Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
|
Interactive Job Jupyter
Ketentuan:
- Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
- Berjalan di Interactive Node.
Langkah Interactive Job Sesi Jupyter | |||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||
2 | Buka app Jupyter di Pinned Apps.
| ||||||||||||||||||
3 | Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut:
| ||||||||||||||||||
4 | Klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter.
| ||||||||||||||||||
5 | Apabila status Running, klik tombol Connect to Jupyter .
Cancel .
| ||||||||||||||||||
6 | Pilih Notebook Python 3 untuk memulai sesi notebook Python 3. | ||||||||||||||||||
7 | User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan pada:
|