Komputasi Python dengan Anaconda: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Web EFIRO: test) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Job Submission Web EFIRO: test) |
||
Baris 371: | Baris 371: | ||
|[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#1_|'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#1_|_Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer. | |[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#1_|'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#1_|_Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer. | ||
|- | |- | ||
! colspan="2" | | ! colspan="2" |. | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
|[[Berkas:Pinnedapps jc.png|nir|jmpl|143x143px|Buka app '''<code>Job Composer</code>''' di Pinned Apps.]][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nir|jmpl|180x180px|Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>''']] | |[[Berkas:Pinnedapps jc.png|nir|jmpl|143x143px|Buka app '''<code>Job Composer</code>''' di Pinned Apps.]][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nir|jmpl|180x180px|Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>''']] | ||
|- | |- | ||
! colspan="2" | | ! colspan="2" |. | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
Baris 396: | Baris 396: | ||
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]] | [[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]] | ||
|- | |- | ||
| | ! colspan="2" |. | ||
|- | |- | ||
|'''4''' | |'''4''' | ||
Baris 405: | Baris 404: | ||
* Apabila butuh akses terminal buka <code>'''Open Terminal'''</code>. | * Apabila butuh akses terminal buka <code>'''Open Terminal'''</code>. | ||
|- | |- | ||
| | ! colspan="2" |. | ||
|- | |- | ||
| rowspan="3" |'''5''' | | rowspan="3" |'''5''' | ||
Baris 415: | Baris 413: | ||
* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script. | * Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script. | ||
|- | |- | ||
! | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
Baris 496: | Baris 494: | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
| | ! colspan="2" |. | ||
|- | |- | ||
|'''6''' | |'''6''' | ||
Baris 532: | Baris 529: | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
| | ! colspan="2" |. | ||
|- | |- | ||
|'''7''' | |'''7''' |
Revisi per 5 April 2024 04.09
Halaman ini menjelaskan menjalankan komputasi Python dengan environment Anaconda di ALELEON Supercomputer.
Langkah Menjalankan Komputasi
Terdapat dua langkah utama:
- Membuat dan menyiapkan conda environment untuk komputasi user.
- Memilih metode menjalankan komputasi.
Membuat Conda Environment
Kegiatan ini dilakukan pada terminal:
- Diakses melalui login SSH, atau
- Pada web EFIRO, buka menu Clusters -> Aleleon Shell Access
Membuat Conda Environment | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Pilih dan aktifkan modul Anaconda yang akan digunakan.
| |||||||||||
| ||||||||||||
2 | Buat conda env di direktori HOME dan aktifkan dengan perintah:
$ conda create --name [nama-conda-env] pip Contoh nama 'skripsi' $ conda create --name skripsi pip |
Mengaktifkan Conda Environment dan Instalasi Package | |
---|---|
0 | Aktifkan modul Anaconda yang digunakan untuk membuat conda env user. |
1 | Aktifkan conda env dengan perintah:
$ source activate [nama-conda-env] Contoh mengaktifkan conda env 'skripsi' $ source activate skripsi |
User dapat melihat daftar conda env yang dibuat sebelumnya dengan:
| |
2 | Lakukan instalasi package Python yang dibutuhkan dengan pip
|
3 | Untuk menonaktifkan conda env jalankan perintah:
|
Manajemen Conda Environment | |
---|---|
1 | Deactivate conda env untuk melakukan manajemen dibawah ini. |
2 | Untuk mengubah nama conda env:
$ conda rename -n [nama-saat-ini] [nama-baru] Contoh mengubah nama env skripsi ke tesis $ conda rename -n skripsi tesis |
Untuk menghapus conda env:
|
Metode Menjalankan Komputasi
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:
- Job submission di terminal
- Job submission di web EFIRO
- Interactive job Jupyter Lab / Notebook
Job Submission Terminal
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di terminal dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
- Tutorial ini mengasumsikan user familiar dengan terminal Linux.
Langkah Job Submission Terminal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login SSH ke ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Siapkan conda env dan file komputasi yang dibutuhkan.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---
--- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ sbatch [nama-submit-script] Contoh: $ sbatch submit.sh | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
$ scancel [job-ID] Job ID ada pada squeue diatas. contoh membatalkan job ID 231: $ scancel 231 |
Job Submission Web EFIRO
Ketentuan:
- Menjalankan file Python di web EFIRO Job Composer dengan scheduler SLURM.
- File ipynb harus dikonversi ke file Python.
- Berjalan di Compute Node.
Langkah Job Submission Web EFIRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
Kemudian Isi | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Upload dan edit file untuk menjalankan komputasi pada Edit Files
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor .
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | Jalankan job dengan klik tombol Submit .
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 | Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
|
Interactive Job Jupyter
Ketentuan:
- Menjalankan sesi interaktif Jupyter Lab atau Notebook.
- Berjalan di Interactive Node.
Langkah Interactive Job Sesi Jupyter | |||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||
2 | Buka app Jupyter di Pinned Apps.
| ||||||||||||||||||
3 | Isi formulir untuk memulai sesi Jupyter dengan panduan berikut:
| ||||||||||||||||||
4 | Klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter.
| ||||||||||||||||||
5 | Apabila status Running, klik tombol Connect to Jupyter .
Cancel .
| ||||||||||||||||||
6 | Pilih Notebook Python 3 untuk memulai sesi notebook Python 3. | ||||||||||||||||||
7 | User dapat mengunjungi sesi Jupyter yang sedang berjalan pada:
|