CP2K: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(paraphrasing CPU - GPU)
(→‎Modul CP2K: paraphrasing caption)
Baris 6: Baris 6:
ALELEON Supercomputer menyediakan CP2K yang dapat berjalan di CPU dan dengan akselerasi GPU. Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
ALELEON Supercomputer menyediakan CP2K yang dapat berjalan di CPU dan dengan akselerasi GPU. Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+CP2K versi CPU
|+Modul CP2K versi CPU
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul
! rowspan="2" |Nama modul
Baris 29: Baris 29:
|}
|}
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+CP2K dengan akselerasi GPU
|+Modul CP2K dengan akselerasi GPU
''Modul ini sedang dalam tahap pengujian''
''Modul ini sedang dalam tahap pengujian''
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi

Revisi per 17 April 2023 10.35

CP2K.png

CP2K adalah package untuk quantum chemistry dan solid state physics yang dapat melakukan simulasi liquid, molekolar, periodik, material, kristal, dan sistem biologis. CP2K menggunakan pemodelan DFT dengan pendekatan Gaussian and plane waves GPW dan GAPW.

Modul CP2K

ALELEON Supercomputer menyediakan CP2K yang dapat berjalan di CPU dan dengan akselerasi GPU. Berikut adalah detail versi CP2K yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul CP2K versi CPU
Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL V V - - V
Modul CP2K dengan akselerasi GPU Modul ini sedang dalam tahap pengujian
Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

9.1 cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA V V V - V

Menjalankan CP2K di CPU

User dapat menjalankan CP2K di CPU dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template CP2K versi CPU yang tersedia:

Template Job Composer CP2K versi CPU
Nama Template Penjelasan
CP2K 9.1 (CPU) Menjalankan CP2K versi 9.1 di CPU

SLURM sbatch via Terminal

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan CP2K di CPU. Perhatikan nama modul mengacu versi CP2K yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script CP2K versi CPU 
#!/bin/bash

# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : CP2K
# | Versi           : tergantung input user
# | Update script   : 17/04/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi 
# |    ALELEON Supercomputer lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
# ------------------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt   

# Nama input file CP2K dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'

# Memuat modul software CP2K versi CPU
module load cp2k////

# DAFTAR MODUL CP2K versi CPU: 
# ---------------------------------------
# | Nama modul             | Versi CP2K | 
# ---------------------------------------
# | cp2k/9.1-GCC10-MKL     | 9.1        |
# ---------------------------------------

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Perintah menjalankan CP2K
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FILE

Menjalankan CP2K dengan Akselerasi GPU

Saat ini CP2K versi akselerasi GPU sedang dalam tahap pengujian dengan referensi SLURM Submit Script yang digunakan oleh tim admin:

SLURM Submit Script tim admin untuk menguji CP2K versi GPU 
#!/bin/bash

#SBATCH --partition=ampere
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --ntasks=9 #jumlah ideal menurut dokumentasi CP2K
#SBATCH --mem=64GB
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --output=result-%j.txt
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'

# Memuat modul software CP2K versi GPU
module load cp2k/9.1-GCC10-MKL-CUDA

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Unset UCX supaya MPI berjalan di NVIDIA
unset UCX_TLS
unset UCX_NET_DEVICES

# Perintah menjalankan CP2K
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx cp2k.zen2 $INPUT_FILE

Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.

Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: 

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
  • mail-user
    • Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
  • mail-type=begin
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
  • mail-type=end
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
    • Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=CP2K&oldid=1067"