DFTB+

DFTB+ adalah software package yang versatil untuk simulasi mechanical quantum. DFTB+ menggunakan lisensi GNU Lesser General Public License.

Modul DFTB+

Berikut adalah detail versi DFTB+ yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	Dukungan hardware
			CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
22.2	dftbplus/22.2-GCC11.3-AOCL4.0	V	V	-	V	V

Pure MPI atau Hybrid MPI/OpenMP pada DFTB+

DFTB+ secara default berjalan dengan paralelisasi OpenMP. Sementara itu DFTB+ pada ALELEON Supercomputer dicompile dengan MPI sehingga dapat berjalan dengan paralelisasi hybrid MPI dan OpenMP. Tim admin menyerahkan keputusan kepada user untuk memilih antara menjalankan DFTB+ dengan metode pure MPI atau hybrid MPI/OpenMP.

Subbab Menjalankan DFTB+ menjelaskan bagaimana cara user menjalankan DFTB+ dengan Pure MPI atau Hybrid MPI/OpenMP.

Menjalankan DFTB+

User dapat menjalankan DFTB+ dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template DFTB+ yang tersedia:

Nama Template	Penjelasan
DFTB+ 22.2 (CPU)	Menjalankan DFTB+ 22.2 versi CPU Apabila ingin Pure MPI, isi SBATCH cpus-per-task (mewakili jumlah thread OpenMP) dengan 1. #SBATCH --cpus-per-task=1 Apabila ingin Hybrid MPI / OpenMP, perhatikan bahwa SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI dan cpus-per-task mewakili jumlah thread OpenMP. #SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI #SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP

SLURM sbatch via Terminal

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan DFTB+. Perhatikan:

• Nama modul mengacu versi DFTB+ yang akan digunakan
• Apabila ingin Pure MPI, isi SBATCH cpus-per-task (mewakili jumlah thread OpenMP) dengan 1.

#SBATCH --cpus-per-task=1

• Apabila ingin Hybrid MPI / OpenMP, perhatikan bahwa SBATCH ntasks mewakili jumlah task MPI dan cpus-per-task mewakili jumlah thread OpenMP.

#SBATCH --ntasks -> mewakili jumlah task MPI
#SBATCH --cpus-per-task -> mewakili jumlah thread OpenMP

Contoh script coming soon

Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.

Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end

• mail-user
  • Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
• mail-type=begin
  • Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
• mail-type=end
  • Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
  • Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.