LAMMPS: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) kTidak ada ringkasan suntingan |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (fix link tutorial) |
||
Baris 59: | Baris 59: | ||
User dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan: | User dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan: | ||
===[ | ===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A - Menjalankan Komputasi ke Compute Node via Job Composer|EFIRO Job Composer]]=== | ||
Dengan pilihan template yang tersedia: | Dengan pilihan template yang tersedia: | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
Baris 68: | Baris 68: | ||
|Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 pada CPU saja | |Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 pada CPU saja | ||
|} | |} | ||
===[ | ===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#4 - Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM sbatch|SLURM sbatch via Terminal]]=== | ||
Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS versi CPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan. | Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS versi CPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan. | ||
{| class="wikitable mw-collapsible" | {| class="wikitable mw-collapsible" | ||
Baris 143: | Baris 143: | ||
Berikutnya user dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan: | Berikutnya user dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan: | ||
===[ | ===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A - Menjalankan Komputasi ke Compute Node via Job Composer|EFIRO Job Composer]]=== | ||
Dengan pilihan template yang tersedia: | Dengan pilihan template yang tersedia: | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
Baris 152: | Baris 152: | ||
|Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 dengan akselerasi GPU | |Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 dengan akselerasi GPU | ||
|} | |} | ||
===[ | ===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#4 - Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM sbatch|SLURM sbatch via Terminal]]=== | ||
Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan. | Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan. | ||
{| class="wikitable mw-collapsible" | {| class="wikitable mw-collapsible" |
Revisi per 13 Maret 2023 05.34
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) adalah framework molekular dinamik untuk pemodelan material (material modelling). LAMMPS adalah software open-source di bawah lisensi GPL v2.
Modul LAMMPS
Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
2023.02.08 | lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12 | V | V | V | V | V |
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
2023.02.08 | lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12 | V | V | V | V | V |
Permintaan Instalasi Package LAMMPS
Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (missing package), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui:
Menjalankan LAMMPS pada CPU
User dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan:
EFIRO Job Composer
Dengan pilihan template yang tersedia:
Nama Template | Penjelasan |
---|---|
LAMMPS 2023.02.08 (CPU) | Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 pada CPU saja |
SLURM sbatch via Terminal
Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS versi CPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.
Contoh SLURM Submit Script LAMMPS versi CPU |
---|
#!/bin/bash # ------------------------------------------------------------------------ # | Template SLURM Submit Script # | Software : LAMMPS # | Versi : tergantung input user # | Update script : 07/03/2023 # | # | NOTES: # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang # | sekiranya perlu diubah. # | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi # | ALELEON Supercomputer lihat: # | https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer # ------------------------------------------------------------------------ # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Alokasi jumlah compute node #SBATCH --nodes=//// # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file LAMMPS dengan format file-nya INPUT_FILE='////' # Memuat modul software LAMMPS versi CPU module load lammps//// # DAFTAR MODUL LAMMPS: # --------------------------------------------------------- # | Nama modul | Versi LAMMPS | # --------------------------------------------------------- # | lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12 | 2023.02.08 | # --------------------------------------------------------- # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Perintah menjalankan LAMMPS mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -in $INPUT_FILE |
Menjalankan LAMMPS dengan Akselerasi GPU
Terdapat beberapa hal khusus dan rekomendasi yang harus diperhatikan ketika menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU untuk menghasilkan performa optimal yaitu:
- Menggunakan 2 atau 4 core thread CPU per jumlah GPU.
- Menggunakan threading OpenMP (OMP; OMP_NUM_THREAD) dengan jumlah 2 untuk kebanyakan komputasi.
- Atau gunakan jumlah 4 untuk beban komputasi yang besar.
Berikutnya user dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan:
EFIRO Job Composer
Dengan pilihan template yang tersedia:
Nama Template | Penjelasan |
---|---|
LAMMPS 2023.02.08 (GPU) | Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 dengan akselerasi GPU |
SLURM sbatch via Terminal
Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.
Contoh SLURM Submit Script LAMMPS dengan akselerasi GPU |
---|
#!/bin/bash # ------------------------------------------------------------------------ # | Template SLURM Submit Script # | Software : LAMMPS # | Versi : tergantung input user # | Update script : 07/03/2023 # | # | NOTES: # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang # | sekiranya perlu diubah. # | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi # | ALELEON Supercomputer lihat: # | https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer # ------------------------------------------------------------------------ # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Partisi compute node GPU #SBATCH --partition=ampere # Alokasi jumlah GPU #SBATCH --gpus=//// # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Rekomendasi 2 thread OMP secara umum #SBATCH --cpus-per-task=2 # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file LAMMPS dengan format file-nya INPUT_FILE='////' # Memuat modul software LAMMPS versi GPU module load lammps//// # DAFTAR MODUL LAMMPS: # --------------------------------------------------------- # | Nama modul | Versi LAMMPS | # --------------------------------------------------------- # | lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12 | 2023.02.08 | # --------------------------------------------------------- # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Export threading OMP export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK # Perintah menjalankan LAMMPS mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -sf gpu -pk gpu $SLURM_GPUS -in $INPUT_FILE |