LAMMPS

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) adalah framework molekular dinamik untuk pemodelan material (material modelling). LAMMPS adalah software open-source di bawah lisensi GPL v2.

Modul LAMMPS

Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

LAMMPS versi CPU

Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	Dukungan hardware
			CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2023.02.08	lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12	V	V	V	V	V

LAMMPS yang dapat berjalan di GPU

Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	Dukungan hardware
			CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2023.02.08	lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12	V	V	V	V	V

Permintaan Instalasi Package LAMMPS

Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (missing package), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui:

Menjalankan LAMMPS pada CPU

User dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan (klik judul di bawah ini):

EFIRO Job Composer

Dengan pilihan template yang tersedia:

Nama Template	Penjelasan
LAMMPS 2023.02.08 (CPU)	Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 pada CPU saja

SLURM sbatch via Terminal

Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS versi CPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script LAMMPS versi CPU

#!/bin/bash ----- echo <<README Template SLURM Submit Script Software  : LAMMPS versi CPU Versi  : tergantung input user Update script c: 14/02/2023 NOTES: 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah. 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi ALELEON Supercomputer lihat: https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer 4. Daftar modul software LAMMPS lihat: https://wiki.efisonlt.com/wiki/LAMMPS#Modul_LAMMPS ----- README # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Alokasi jumlah compute node #SBATCH --nodes=//// # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file LAMMPS dengan format file-nya INPUT_FILE='////' # Memuat modul software LAMMPS versi CPU module load lammps//// echo <<DAFTARMODUL ----- Daftar nama modul LAMMPS CPU saat ini, pilih modul LAMMPS yang akan digunakan: LAMMPS 2023.02.08 -> lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12 ----- DAFTARMODUL # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Perintah menjalankan LAMMPS mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -in $INPUT_FILE

Menjalankan LAMMPS dengan Akselerasi GPU

Terdapat beberapa hal khusus dan rekomendasi yang harus diperhatikan ketika menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU untuk menghasilkan performa optimal yaitu:

• Menggunakan 2 atau 4 core thread CPU per jumlah GPU.
• Menggunakan threading OpenMP (OMP; OMP_NUM_THREAD) dengan jumlah 2 untuk kebanyakan komputasi.
  • Atau gunakan jumlah 4 untuk beban komputasi yang besar.

Berikutnya user dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan (klik judul di bawah ini):

EFIRO Job Composer

Dengan pilihan template yang tersedia:

Nama Template	Penjelasan
LAMMPS 2023.02.08 (GPU)	Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 dengan akselerasi GPU

SLURM sbatch via Terminal

Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script LAMMPS dengan akselerasi GPU

#!/bin/bash echo <<README ----- Template SLURM Submit Script Software  : LAMMPS dengan akselerasi GPU Versi  : tergantung input user Update script c: 15/02/2023 NOTES: 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah. 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi ALELEON Supercomputer lihat: https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer 4. Daftar modul software LAMMPS lihat: https://wiki.efisonlt.com/wiki/LAMMPS#Modul_LAMMPS 5. Rekomendasi alokasi SBATCH optimal: > ntasks antara 2 atau 4 per jumlah GPU. > cpus-per-task direkomendasikan 2, atau 4 untuk beban komputasi yang besar. ----- README # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Partisi compute node GPU #SBATCH --partition=ampere # Alokasi jumlah GPU #SBATCH --gpus=//// # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Rekomendasi 2 thread OMP secara umum #SBATCH --cpus-per-task=2 # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file LAMMPS dengan format file-nya INPUT_FILE='////' # Memuat modul software LAMMPS versi CPU module load lammps//// echo <<DAFTARMODUL ----- Daftar nama modul LAMMPS GPU saat ini, pilih modul LAMMPS yang akan digunakan: LAMMPS 2023.02.08 -> lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12 ----- DAFTARMODUL # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Export threading OMP export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK # Perintah menjalankan LAMMPS mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -sf gpu -pk gpu $SLURM_GPUS -in $INPUT_FILE