LAMMPS
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) adalah framework molekular dinamik untuk pemodelan material (material modelling). LAMMPS adalah software open-source di bawah lisensi GPL v2.
Modul LAMMPS
Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
| Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
| 2023.02.08 | lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12 | V | V | V | V | V |
| Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
| 2023.02.08 | lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12 | V | V | V | V | V |
Permintaan Instalasi Package LAMMPS
Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (missing package), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui:
Menjalankan LAMMPS pada CPU
User dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan (klik judul di bawah ini):
EFIRO Job Composer
Dengan pilihan template yang tersedia:
| Nama Template | Penjelasan |
|---|---|
| LAMMPS 2023.02.08 (CPU) | Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 pada CPU saja |
SLURM sbatch via Terminal
Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS versi CPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.
| Contoh SLURM Submit Script LAMMPS versi CPU |
|---|
#!/bin/bash echo <<README ----- Template SLURM Submit Script Software : LAMMPS versi CPU Versi : tergantung input user Update script c: 14/02/2023 NOTES: 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah. 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi ALELEON Supercomputer lihat: https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer 4. Daftar modul software LAMMPS lihat: https://wiki.efisonlt.com/wiki/LAMMPS#Modul_LAMMPS ----- README # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Alokasi jumlah compute node #SBATCH --nodes=//// # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file LAMMPS dengan format file-nya INPUT_FILE='////' # Memuat modul software LAMMPS versi CPU module load lammps//// echo <<DAFTARMODUL ----- Daftar nama modul LAMMPS CPU saat ini, pilih modul LAMMPS yang akan digunakan: LAMMPS 2023.02.08 -> lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12 ----- DAFTARMODUL # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Perintah menjalankan LAMMPS mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -in $INPUT_FILE |
Menjalankan LAMMPS dengan Akselerasi GPU
Terdapat beberapa hal khusus dan rekomendasi yang harus diperhatikan ketika menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU untuk menghasilkan performa optimal yaitu:
- Menggunakan 2 atau 4 core thread CPU per jumlah GPU.
- Menggunakan threading OpenMP (OMP; OMP_NUM_THREAD) dengan jumlah 2 untuk kebanyakan komputasi.
- Atau gunakan jumlah 4 untuk beban komputasi yang besar.
Berikutnya user dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan (klik judul di bawah ini):
EFIRO Job Composer
Dengan pilihan template yang tersedia:
| Nama Template | Penjelasan |
|---|---|
| LAMMPS 2023.02.08 (GPU) | Menjalankan LAMMPS versi 2023.02.08 dengan akselerasi GPU |
SLURM sbatch via Terminal
Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.
| Contoh SLURM Submit Script LAMMPS dengan akselerasi GPU |
|---|
#!/bin/bash
echo <<README
-----
Template SLURM Submit Script
Software : LAMMPS dengan akselerasi GPU
Versi : tergantung input user
Update script c: 15/02/2023
NOTES:
1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
sekiranya perlu diubah.
3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
ALELEON Supercomputer lihat:
https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
4. Daftar modul software LAMMPS lihat:
https://wiki.efisonlt.com/wiki/LAMMPS#Modul_LAMMPS
5. Rekomendasi alokasi SBATCH optimal:
> ntasks antara 2 atau 4 per jumlah GPU.
> cpus-per-task direkomendasikan 2, atau 4 untuk beban komputasi
yang besar.
-----
README
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere
# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Rekomendasi 2 thread OMP secara umum
#SBATCH --cpus-per-task=2
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Nama input file LAMMPS dengan format file-nya
INPUT_FILE='////'
# Memuat modul software LAMMPS versi CPU
module load lammps////
echo <<DAFTARMODUL
-----
Daftar nama modul LAMMPS GPU saat ini,
pilih modul LAMMPS yang akan digunakan:
LAMMPS 2023.02.08 -> lammps/2023.02.08-GCC12.2-FFTW3-CUDA12
-----
DAFTARMODUL
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
# Export threading OMP
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -sf gpu -pk gpu $SLURM_GPUS -in $INPUT_FILE
|
