LAMMPS

Dari ALELEON by EFISON

Revisi sejak 23 Mei 2023 07.45 oleh WilsonLisan (bicara | kontrib) (update versi LAMMPS ke 2022.06.23u4)

Lammps-logo.png

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) adalah framework molekular dinamik untuk pemodelan material (material modelling). LAMMPS adalah software open-source di bawah lisensi GPL v2.

Modul LAMMPS

ALELEON Supercomputer menyediakan LAMMPS yang dapat berjalan di CPU dan dengan akselerasi GPU. Berikut adalah detail versi LAMMPS yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul LAMMPS versi CPU
Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2022.06.23 update 4 lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1 V V V V V
Modul LAMMPS dengan akselerasi GPU
Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

2022.06.23 update 4 lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1 V V V V V

Permintaan Instalasi Package LAMMPS

Apabila user menjumpai error package LAMMPS yang hilang (missing package), silahkan lapor ke admin lengkap dengan nama package yang dibutuhkan supaya dapat dilakukan proses instalasinya melalui:

Wiki-pelaporankendala.jpg

Menjalankan LAMMPS di CPU

User dapat menjalankan LAMMPS di CPU dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template LAMMPS versi CPU yang tersedia:

Template Job Composer LAMMPS versi CPU
Nama Template Penjelasan
LAMMPS 2022.06.23 update 4 (CPU) Menjalankan LAMMPS versi 2022.06.23 update 4 di CPU

SLURM sbatch via Terminal

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS di CPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script LAMMPS versi CPU 
#!/bin/bash

# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : LAMMPS
# | Versi           : tergantung input user
# | Update script   : 07/03/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi 
# |    ALELEON Supercomputer lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
# ------------------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt   

# Nama input file LAMMPS dengan format file-nya
INPUT_FILE='////'

# Memuat modul software LAMMPS versi CPU
module load lammps////

# DAFTAR MODUL LAMMPS versi CPU: 
# -------------------------------------------------------------------------
# | Nama modul                                    | Versi LAMMPS          | 
# -------------------------------------------------------------------------
# | lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1  | 2022.06.23 update 4   |
# -------------------------------------------------------------------------

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -in $INPUT_FILE

Menjalankan LAMMPS dengan Akselerasi GPU

Terdapat beberapa hal khusus dan rekomendasi yang harus diperhatikan ketika menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU untuk menghasilkan performa optimal yaitu:

  • Menggunakan 2 atau 4 core thread CPU per jumlah GPU.
  • Menggunakan threading OpenMP (OMP; OMP_NUM_THREAD) dengan jumlah 2 untuk kebanyakan komputasi.
    • Atau gunakan jumlah 4 untuk beban komputasi yang besar.

Berikutnya user dapat menjalankan LAMMPS dengan pilihan:

EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template LAMMPS versi akselerasi GPU yang tersedia:

Template Job Composer LAMMPS versi GPU
Nama Template Penjelasan
LAMMPS 2022.06.23 update 4 (GPU) Menjalankan LAMMPS versi 2022.06.23 update 4 dengan akselerasi GPU

SLURM sbatch via Terminal

Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan LAMMPS dengan akselerasi GPU. Perhatikan nama modul mengacu versi LAMMPS yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script LAMMPS dengan akselerasi GPU 
#!/bin/bash
  
# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : LAMMPS
# | Versi           : tergantung input user
# | Update script   : 07/03/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi 
# |    ALELEON Supercomputer lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
# ------------------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah GPU 
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Rekomendasi 2 thread OMP secara umum
#SBATCH --cpus-per-task=2

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt  

# Nama input file LAMMPS dengan format file-nya
INPUT_FILE='////' 

# Memuat modul software LAMMPS versi GPU
module load lammps////

# DAFTAR MODUL LAMMPS versi GPU: 
# -------------------------------------------------------------------------
# | Nama modul                                    | Versi LAMMPS          | 
# -------------------------------------------------------------------------
# | lammps/2022.06.23u4-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.1  | 2022.06.23 update 4   |
# -------------------------------------------------------------------------

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Export threading OMP 
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK 

# Perintah menjalankan LAMMPS
mpirun --mca pml ucx --mca osc ucx --np $SLURM_NTASKS lmp -sf gpu -pk gpu $SLURM_GPUS -in $INPUT_FILE

Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.

Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: 

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
  • mail-user
    • Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
  • mail-type=begin
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
  • mail-type=end
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
    • Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=LAMMPS&oldid=1111"