Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(initial writing)
 
(membuat tabel tidak collapsible)
 
(24 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
== '''1 - Login''' ==
Halaman ini menjelaskan tutorial web EFIRO: layanan web service untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web '''<code>http://efisonlt.ood</code>''' kemudian masukkan username dan password user.


== '''2 - Halaman Dashboard EFIRO''' ==
== '''1  | Login Web EFIRO''' ==
Setelah login, user masuk ke halaman dashboard EFIRO:  
Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
 
* Buka alamat web '''<code>http://aleleon.ood</code>''' kemudian masukkan username dan password user.
** Bagi user Linux, buka alamat <code>'''http://10.192.50.11'''</code>
 
== '''2 | Halaman Dashboard EFIRO''' ==
[[Berkas:Efiromenubarbig3.png|1085x1085px]] 
 
Setelah login, user masuk ke halaman dashboard EFIRO yang berada di '''Login Node'''. Berikut adalah daftar menu beserta penjelasannya: 
{| class="wikitable"
!Daftar Menu Dashboard EFIRO
|-
|'''<code>Files > Home Directory</code>'''
*Menampilkan isi direktori HOME user.
*User dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, copy, rename, delete, dll.
[[Berkas:Efiroftp3.png|al=|jmpl|''Halaman Home Directory dan menu manajemen file''|kiri]]
|-
|'''<code>Jobs > Job Composer</code>'''
*Halaman untuk menjalankan komputasi di Compute Node ALELEON Supercomputer.
*Lihat subbab [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#3_|_Menjalankan_Komputasi_ke_Compute_Node_via_Job_Composer '''Menjalankan Komputasi ke Compute Node via Job Composer'''].
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|al=|jmpl|''Halaman Job Composer''|kiri]]
|-
|'''<code>Jobs > Active Jobs</code>'''
*Menampilkan status dan antrian job komputasi semua user yang sedang berjalan.
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Terdapat dua opsi yaitu '''<code>All Jobs</code>''' untuk melihat antrian semua job dan '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja.''|kiri]]
|-
|'''<code>Interactive Apps</code>'''
*Menampilkan daftar sesi interaktif untuk menjalankan komputasi seperti sesi Jupyter atau virtual desktop.
'''<code>My Interactive Sessions</code>'''
*Menampilkan daftar sesi interaktif user yang sedang aktif dan sudah selesai.
|-
|'''<code>Clusters > Aleleon Shell Access</code>'''
*Halaman terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer. Untuk kegiatan yang membutuhkan terminal.
[[Berkas:Efiroshell.png|kiri|jmpl|200x200px|''Terminal ALELEON Supercomputer'']]
|}
 
== '''3 | Menjalankan Komputasi ke Compute Node via Job Composer''' ==
[[Berkas:Slurmm.png|al=|600x600px]]
 
Pada web EFIRO, user menjalankan job komputasi ke [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Compute_Node '''Compute Node'''] melalui menu '''<code>Job Composer</code>''' yang memvisualisasikan penggunaan program manajemen atau scheduler '''SLURM.''' 
 
=== Tutorial Spesifik per Software Komputasi ===
User dapat melihat tutorial menjalankan komputasi masing-masing software komputasi di laman [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']]:
 
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
 
=== Tutorial Umum ===
Berikut adalah tutorial umum menggunakan halaman Job Composer ''(klik Expand atau Kembangkan)'':
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Menggunakan Job Composer
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
|-
|'''1'''
|
=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|''Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|''Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''''']]
|-
|'''2'''
|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
*PIlih template software yang diinginkan.
*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
|-
|'''3'''
|
=====Menyiapkan File Komputasi=====
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
 
Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
Gunakan menu '''<code>Open Terminal</code>''' apabila membutuhkan terminal.
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|
=====Melengkapi Submit Script =====
Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
|-
|
{| class="wikitable"
|-
! colspan="5" |Keterangan tambahan
|-
| colspan="5" |
*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
**SLURM akan menahan job apabila:
***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
$ '''sausage'''
[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
|}
|-
|'''5'''
|
=====Menjalankan Job Komputasi=====
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
{| class="wikitable"
|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
!Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah melihat status job ketika queue
|-
|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
|}
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
=====Menghentikan Job Komputasi=====
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
|'''6A'''
|
=====Melihat Output Komputasi=====
User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
|'''6B'''
|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
|}
== '''4 | Sesi Interaktif EFIRO''' ==
Web EFIRO mempunyai fitur sesi komputasi interaktif berbasis GUI seperti IDE dan virtual desktop melalui menu '''<code>Interactive Apps</code>'''. Sesi interaktif berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Interactive_Node '''Interactive Node''']. Silahkan lihat daftar sesi interaktif EFIRO berikut:
=== Sesi Interaktif ALELEON Desktop ===
ALELEON Desktop adalah sesi virtual desktop. Berikut adalalah langkah memulai sesi ALELEON Desktop ''(klik Expand atau Kembangkan)'':
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Langkah Memulai Sesi ALELEON Desktop[[Berkas:Aleleondesktop.png|pus|500x500px]]
|-
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Interactive Apps</code> > <code>ALELEON Desktop</code>'''
[[Berkas:Efirojupyternotebooklab.png|nirbing|238x238px]]
|-
|-
|'''2'''
|
|
===Jobs > Job Composer===
====Mengisi Formulir Sesi ALELEON Desktop====
*Halaman untuk membuat dan menjalankan komputasi di Compute Node ALELEON Supercomputer.
Isi formulir untuk memulai sesi ALELEON Desktop dengan panduan berikut:
*Job Composer berisikan serangkaian template, formulir, dan script untuk menjalankan software komputasi.
{| class="wikitable"
*User dapat melihat semua job yang pernah dijalankan beserta hasilnya pada halaman Job Composer ini.
!Panduan Formulir ALELEON Desktop
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|al=|jmpl|'''Halaman Job Composer'''|kiri]]
|-
|-
|
|
===Jobs > Active Jobs===
*'''Partition''' -> pilih sesuai keinginan user:
*Menampilkan status dan antrian job komputasi semua user yang sedang berjalan.
**'''<code>Torti</code>''' -> sistem CPU
[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|'''Halaman Active Jobs'''|kiri]]
**'''<code>Tilla</code>''' -> sistem GPU
*'''Number of CPU Cores''' -> Min: '''1''', maks: '''32'''
*'''Number of GPUs'''
**'''<code>Torti</code>''' -> 0
**'''<code>Tilla</code>''' -> 1
*'''Number of hours''' ''(Durasi sesi interaktif)'' -> Min: '''1''', maks: '''72'''
|}
{| class="wikitable"
!Perhatikan sisa Kredit Core Hour user!
|-
|Bagi akun perseorangan, sesi ALELEON Desktop tidak akan berjalan apabila:
*Number of CPU cores * Number of Hour lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
*Number of GPUs * Number of Hour lebih besar dari sisa GPU Hour user.
Cek sisa Kredit Core Hour user dengan langkah:
*Buka '''<code>Clusters</code>''' > '''<code>Aleleon Shell Access</code>''' pada dasboard EFIRO.
 
*Jalankan perintah:
$ '''sausage'''
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]]
|}
|-
|-
|'''3'''
|
|
===Interactive Apps===
==== Memulai Sesi ALELEON Desktop ====
*Menampilkan daftar software yang bisa diakses secara interaktif (langsung) oleh user.
Apabila sudah selesai, klik '''<code>Launch</code>'''.  
===My Interactive Sessions===
 
*Menampilkan daftar sesi interaktif user yang sedang aktif dan sudah selesai.
* User akan diarahkan ke halaman '''<code>My Interactive Sessions</code>'''.
* ''Tunggu hingga sesi ALELEON Desktop user siap diakses.''
|-
|'''4'''
|Apabila status sudah menunjukkan Running, klik '''<code>Launch Aleleon Desktop</code>'''.
 
* User dapat mengatur kualitas gambar dengan slider '''<code>Compression</code>''' dan '''<code>Image Quality</code>'''.
* ''Sistem mulai menghitung Core Hour saat status sesi ALELEON Desktop menunjukkan running.''
 
[[Berkas:Aleleondesktoplaunch.png|nir|jmpl|''ALELEON Desktop menunjukkan status Running.'']]
|-
|-
|'''5A'''
|
|
===Clusters > Aleleon Shell Access===
====Mengakses Kembali Sesi ALELEON Desktop yang Berjalan====
*Halaman terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer.
User dapat mengunjungi sesi ALELEON Desktop yang berjalan di '''<code>My Interactive Sessions</code>'''
*Untuk kegiatan yang membutuhkan terminal seperti compiling, membuat environment (user Python, R, GROMACS), dll.
 
[[Berkas:Efiroshell.png|kiri|jmpl|200x200px|'''Terminal ALELEON Supercomputer''']]
[[Berkas:Interactivesession.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''5B'''
|
|
===Files > Home Directory===
==== '''Menghentikan Sesi ALELEON Desktop''' ====
*Menampilkan isi direktori HOME user.
User dapat menghentikan sesi ALELEON Desktop yang berjalan dengan klik tombol '''<code>Delete</code>'''[[Berkas:Aleleondesktoplaunch.png|nir|jmpl|''Klik tombol '''<code>Delete</code>''' untuk menghentikan sesi ALELEON Desktop yang sedang berjalan'']]
*User dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, copy, rename, delete, dll.
|}
[[Berkas:Efiroftp3.png|al=|jmpl|'''Halaman Home Directory dan menu manajemen file'''|kiri]]
 
=== '''Sesi Interaktif Jupyter (Notebook dan Lab)''' ===
EFIRO menyediakan sesi interaktif Jupyter untuk versi Notebook dan Lab. Berikut adalalah langkah memulai sesi Jupyter:
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Langkah Memulai Sesi Interaktif Jupyter
[[Berkas:Efirojupyterlab.png|nirbing|400x400px]]
|-
|'''0'''
|Kunjungi laman software berikut untuk tutorial spesifik memulai sesi Jupyter:
 
*'''[[Anaconda Python|Python]]'''
* '''[[R]]'''
|}
|}
=='''5 | Support dan Laporan Kendala Penggunaan'''==
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


== 3 - Menjaklan ==
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]

Revisi terkini sejak 12 Januari 2024 12.18

Halaman ini menjelaskan tutorial web EFIRO: layanan web service untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.

1 | Login Web EFIRO

Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.

2 | Halaman Dashboard EFIRO

Efiromenubarbig3.png

Setelah login, user masuk ke halaman dashboard EFIRO yang berada di Login Node. Berikut adalah daftar menu beserta penjelasannya:

Daftar Menu Dashboard EFIRO
Files > Home Directory
  • Menampilkan isi direktori HOME user.
  • User dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, copy, rename, delete, dll.
Halaman Home Directory dan menu manajemen file
Jobs > Job Composer
Halaman Job Composer
Jobs > Active Jobs
  • Menampilkan status dan antrian job komputasi semua user yang sedang berjalan.
Halaman Active Jobs. Terdapat dua opsi yaitu All Jobs untuk melihat antrian semua job dan Your jobs untuk melihat status job user saja.
Interactive Apps
  • Menampilkan daftar sesi interaktif untuk menjalankan komputasi seperti sesi Jupyter atau virtual desktop.

My Interactive Sessions

  • Menampilkan daftar sesi interaktif user yang sedang aktif dan sudah selesai.
Clusters > Aleleon Shell Access
  • Halaman terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer. Untuk kegiatan yang membutuhkan terminal.
Terminal ALELEON Supercomputer

3 | Menjalankan Komputasi ke Compute Node via Job Composer

Pada web EFIRO, user menjalankan job komputasi ke Compute Node melalui menu Job Composer yang memvisualisasikan penggunaan program manajemen atau scheduler SLURM.

Tutorial Spesifik per Software Komputasi

User dapat melihat tutorial menjalankan komputasi masing-masing software komputasi di laman Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Tutorial Umum

Berikut adalah tutorial umum menggunakan halaman Job Composer (klik Expand atau Kembangkan):

Langkah Menggunakan Job Composer

Efirojobcomposer3.png

1
Membuka Job Composer dan Memilih Template Job
  • Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
  • Pilih New Job > From Template
Menu Jobs > Jobs Composer
Menu New Jobs > From Template
2 Jcselecttemplate3.png
  • PIlih template software yang diinginkan.
  • Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
  • Apabila sudah selesai, klik Create New Job.
3
Menyiapkan File Komputasi

Jcjoboption3.png

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

  • Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.

Gunakan menu Open Terminal apabila membutuhkan terminal.

4
Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

  • Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
  • Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Keterangan tambahan
  • Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:
    • SLURM akan menahan job apabila:
      • ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
      • gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
    • Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu Open Terminal dan jalankan perintah:
$ sausage

Jcjoboption4.png

5
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Langkah melihat status job ketika queue
Buka Jobs > Active Jobs pada dashboard EFIRO.
  • Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
Halaman Active Jobs. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

6A
Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.
6B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

4 | Sesi Interaktif EFIRO

Web EFIRO mempunyai fitur sesi komputasi interaktif berbasis GUI seperti IDE dan virtual desktop melalui menu Interactive Apps. Sesi interaktif berjalan di Interactive Node. Silahkan lihat daftar sesi interaktif EFIRO berikut:

Sesi Interaktif ALELEON Desktop

ALELEON Desktop adalah sesi virtual desktop. Berikut adalalah langkah memulai sesi ALELEON Desktop (klik Expand atau Kembangkan):

Langkah Memulai Sesi ALELEON Desktop
Aleleondesktop.png
1 Buka menu dashboard EFIRO Interactive Apps > ALELEON Desktop

Efirojupyternotebooklab.png

2

Mengisi Formulir Sesi ALELEON Desktop

Isi formulir untuk memulai sesi ALELEON Desktop dengan panduan berikut:

Panduan Formulir ALELEON Desktop
  • Partition -> pilih sesuai keinginan user:
    • Torti -> sistem CPU
    • Tilla -> sistem GPU
  • Number of CPU Cores -> Min: 1, maks: 32
  • Number of GPUs
    • Torti -> 0
    • Tilla -> 1
  • Number of hours (Durasi sesi interaktif) -> Min: 1, maks: 72
Perhatikan sisa Kredit Core Hour user!
Bagi akun perseorangan, sesi ALELEON Desktop tidak akan berjalan apabila:
  • Number of CPU cores * Number of Hour lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
  • Number of GPUs * Number of Hour lebih besar dari sisa GPU Hour user.

Cek sisa Kredit Core Hour user dengan langkah:

  • Buka Clusters > Aleleon Shell Access pada dasboard EFIRO.
  • Jalankan perintah:
$ sausage

Shellaccess.png

3

Memulai Sesi ALELEON Desktop

Apabila sudah selesai, klik Launch.

  • User akan diarahkan ke halaman My Interactive Sessions.
  • Tunggu hingga sesi ALELEON Desktop user siap diakses.
4 Apabila status sudah menunjukkan Running, klik Launch Aleleon Desktop.
  • User dapat mengatur kualitas gambar dengan slider Compression dan Image Quality.
  • Sistem mulai menghitung Core Hour saat status sesi ALELEON Desktop menunjukkan running.
ALELEON Desktop menunjukkan status Running.
5A

Mengakses Kembali Sesi ALELEON Desktop yang Berjalan

User dapat mengunjungi sesi ALELEON Desktop yang berjalan di My Interactive Sessions

Interactivesession.png

5B

Menghentikan Sesi ALELEON Desktop

User dapat menghentikan sesi ALELEON Desktop yang berjalan dengan klik tombol Delete
Klik tombol Delete untuk menghentikan sesi ALELEON Desktop yang sedang berjalan

Sesi Interaktif Jupyter (Notebook dan Lab)

EFIRO menyediakan sesi interaktif Jupyter untuk versi Notebook dan Lab. Berikut adalalah langkah memulai sesi Jupyter:

Langkah Memulai Sesi Interaktif Jupyter

Efirojupyterlab.png

0 Kunjungi laman software berikut untuk tutorial spesifik memulai sesi Jupyter:

5 | Support dan Laporan Kendala Penggunaan

Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO&oldid=1352"