Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(paraphrasing)
(fix typo)
 
(10 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 2: Baris 2:


== '''Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix''' ==
== '''Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix''' ==
Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux. Tutorial ini menggunakan simbol '''$''' untuk menandakan perintah terminal, sedangkan tanda bracket '''<>''' menandakan parameter input yang ditulis oleh user:
 
  $ command '''''<input-yang-ditulis-user>'''''
# Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.  
# Simbol '''$''' menandakan perintah terminal, bracket '''[ ]''' menandakan parameter input.
 
  $ '''command''' '''''[input-user]'''''
== '''1 | Login SSH''' ==
== '''1 | Login SSH''' ==
Sebelum login, [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']] untuk dapat melakukan login ke ALELEON Supercomputer.  
{| class="wikitable"
!Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
|-
!1
|-
| [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''Aktifkan VPN ALELEON Supercomputer''']].
|-
!2
|-
|Gunakan software shell preferensi user.  


* SIlahkan gunakan software shell sesuai preferensi masing-masing user untuk login SSH.
* Lakukan login ke Login Node dengan kredensial berikut:


=== Kredensial SSH Login Node Utama ===
User login ke Login Node utama dengan kredensial berikut:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Kredensial SSH Login Node Utama  
! colspan="2" |Kredensial Login Node Utama
|-
|'''Username dan password'''
|'''Username dan password'''
|''Diberikan oleh admin ALELEON''
|''Diberikan oleh admin EFISON''
|-
|-
|'''Host untuk user Windows / MacOS'''
|'''Host untuk user Windows / MacOS'''
Baris 25: Baris 36:
|<code>22</code> ''(default)''
|<code>22</code> ''(default)''
|-
|-
| colspan="2" |Contoh perintah login melalui terminal:
| colspan="2" |Contoh login via terminal:
* User OS Windows dan MacOS -> <code>'''$ ssh <''username''>@aleleon.hpc'''</code>
* User Windows & MacOS -> <code>'''$ ssh ''[username]''@aleleon.hpc'''</code>
* User OS Linux -> <code>'''$ ssh <''username''>@10.192.50.10'''</code>
* User Linux -> <code>'''$ ssh ''[username]''@10.192.50.10'''</code>
|}
|-
|-
| colspan="2" |'''Note khusus:'''
!
* Mempunyai GPU NVIDIA T400.
|-
** Dapat melakukan compiling dengan lib. NVIDIA CUDA 12
|Login Node ALELEON Supercomputer mendukung '''SSH X11:'''  
|}
ALELEON Supercomputer mendukung '''SSH X11''' untuk menampilkan window GUI dengan panduan berikut:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Dari OS
!User OS
!Metode
!Metode
|-
|-
|Windows
|Windows
|EFISON merekomendasikan software [https://mobaxterm.mobatek.net/download.html '''MobaXTerm Home Edition''']
|Admin merekomendasi software [https://mobaxterm.mobatek.net/download.html '''MobaXTerm Home Edition''']
|-
|-
|MacOS
|MacOS
|<code>$ ssh -Y ''<username>''@''<hostname>''</code>
|<code>$ ssh '''-Y''' ''[username]''@aleleon.hpc</code>
|-
|-
|Linux
|Linux
|<code>$ ssh -X ''<username>''@''<hostname>''</code>
|<code>$ ssh '''-X''' ''[username]''@10.192.50.10</code>
|}
|}
 
|-
=== Kredensial SSH Login Node Lainnya ===
!
Apabila tidak dapat login ke Login Node Utama, gunakan Login Node Backup ''(klik expand atau kembangkan)'':
|-
|Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama ''down'':
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Kredensial Login Node Backup
! colspan="2" |Kredensial Login Node Backup 1
|-
|-
|'''Username dan password'''
|'''Username dan password'''
Baris 57: Baris 68:
|-
|-
|'''Host untuk user Windows / MacOS'''
|'''Host untuk user Windows / MacOS'''
|<code>aleleon2.hpc</code>
|<code>aleleon3.hpc</code>
|-
|-
|'''Host untuk user Linux'''
|'''Host untuk user Linux'''
|<code>10.192.50.12</code>
|<code>10.192.50.13</code>
|-
|-
|'''Nomor port'''
|'''Nomor port'''
|<code>22</code> ''(default)''
|<code>22</code> ''(default)''
|-
| colspan="2" |'''Note khusus:'''
* Mempunyai spesifikasi terbatas (CPU AMD EPYC 4 core dan RAM 16GB).
* Tidak mempunyai GPU.
|}
|}
Terdapat login node khusus dengan spesifikasi besar bagi user yang ingin melakukan compiling file skala besar ''(klik expand atau kembangkan)'':
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Kredensial Login Node Besar
! colspan="2" |Kredensial Login Node Backup 2
|-
| colspan="2" |''Tanpa GPU sehingga tidak dapat compiling / install package GPU''
|-
|-
|'''Username dan password'''
|'''Username dan password'''
Baris 77: Baris 85:
|-
|-
|'''Host untuk user Windows / MacOS'''
|'''Host untuk user Windows / MacOS'''
|<code>aleleon3.hpc</code>
|<code>aleleon2.hpc</code>
|-
|-
|'''Host untuk user Linux'''
|'''Host untuk user Linux'''
|<code>10.192.50.13</code>
|<code>10.192.50.12</code>
|-
|-
|'''Nomor port'''
|'''Nomor port'''
|<code>22</code> ''(default)''
|<code>22</code> ''(default)''
|-
| colspan="2" |'''Note khusus:'''
* Mempunyai spesifikasi CPU 12 core dan RAM 128GB.
* Mempunyai GPU NVIDIA GT1030.
** Dapat melakukan compiling dengan lib. NVIDIA CUDA 12
|}
|}
|}
== '''2 | Selamat Datang di Login Node''' ==
== '''2 | Selamat Datang di Login Node''' ==
[[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|700x700px]]


Setelah login, user masuk ke '''Login Node''' untuk berinteraksi dengan ALELEON Supercomputer.
Login SSH membawa user masuk ke '''Login Node.''' Pada Login Node, user dapat melakukan: 


* Pada Login Node, user dapat melakukan kegiatan manajemen data, download / upload, compiling, menyiapkan job komputasi, dan submit job komputasi (''job submission'') yang akan dijalankan oleh Compute Node.
=== Manajemen Data dan Folder ===
* Apabila user ingin mengakses software yang terinstal di ALELEON Supercomputer (''untuk keperluan selain menjalankan komputasi''), gunakan [[Module Environment|'''Module Environment''']].
User dapat melakukan kegiatan manajemen data:
* Sementara itu '''Compute Node''' berperan untuk menjalankan job komputasi semua user yang disubmit melalui SLURM. Tutorial dijelaskan pada bagian 3.
 
* Upload dan download data via software FTP. Info lebih lanjut lihat laman '''[[Upload File dengan Aplikasi FTP]]'''
* Mengatur file dan folder via software FTP atau terminal (cd, mkdir, cp, mv, vim, nano, dan lain-lainnya).
* ''Kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour.''
 
=== Mengakses, Compiling, dan Instalasi Software ===
User dapat melakukan kegiatan mengakses, compiling, dan instalasi software secara lokal di direktori HOME masing-masing.
 
* Info lebih detail lihat laman '''''<coming soon>'''''
 
=== Menjalankan Komputasi ===
User dapat menjalankan komputasi ke '''Compute Node''' melalui manajemen SLURM.
* Lihat subbab [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#3_|_Menjalankan_Komputasi_ke_Compute_Node_via_SLURM '''Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM''']
 
* Mengakses software yang terinstal di ALELEON Supercomputer melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']].


{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
Baris 108: Baris 127:
[[Berkas:Slurmm.png|al=|600x600px]]
[[Berkas:Slurmm.png|al=|600x600px]]


User menjalankan job komputasi melalui '''SLURM''', program manajemen (''scheduler'') untuk menjalankan komputasi user pada Compute Node sekaligus mengatur antrian job semua user.
User menjalankan job komputasi ke Compute Node melalui program manajemen atau scheduler '''SLURM.'''  
 
=== Tutorial Spesifik per Software Komputasi ===
User dapat melihat tutorial menjalankan komputasi masing-masing software komputasi di laman [[Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan|'''Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan''']]:
 
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
 
=== Tutorial Umum ===
Berikut menjabarkan tutorial umum menjalankan komputasi melalui SLURM.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Langkah menjalankan job komputasi dengan SLURM
! colspan="2" |Langkah Menjalankan Komputasi melalui SLURM di Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
|-
|-
|'''1'''
|'''1'''
|'''Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.'''
|
* [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''User dapat melakukan upload / download file dengan bantuan aplikasi FTP''']] seperti FileZilla, WinSCP, dan lainnya.
=====Menyiapkan File Komputasi=====
* Untuk kerapian data, disarankan untuk menaruh satu job pada satu folder tersendiri.
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
*File input dan data komputasi.
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
**Info membuat SLURM Submit Script lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Contoh SLURM Submit Script dengan software CP2K
|-
|-
|'''2'''
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|
#!/bin/bash
=== SLURM Submit Script ===
 
[[Berkas:Slurmsubmitscript.png|nir|jmpl|300x300px|Contoh SLURM Submit Script]]User membuat SLURM Submit Script yaitu script bash yang berisikan alokasi kebutuhan komputasi (CPU, RAM, walltime, output, dll) dan alur jalannya program komputasi user.  
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
#
# NOTES:  
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------


* User bebas memberikan nama pada SLURM Submit Script (satu kata tanpa separator spasi).
# -----------------------------------------------------
* User menentukan sendiri alokasi komputasi untuk menjalankan job user.
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
$ vim '''<''nama-SLURM-Job-script''>.sh'''
# -----------------------------------------------------
''Contoh dengan nama "skripsi.sh":''
''$ vim '''skripsi.sh'''''


==== Tutorial Membuat dan Aturan SLURM Submit Script di ALELEON Supercomputer ====
# Alokasi jumlah core thread CPU
Halaman berikut membahas cara membuat SLURM Submit Script beserta aturan untuk mengalokasikan kebutuhan komputasi di ALELEON Supercomputer:
#SBATCH --ntasks=////


[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB


==== Contoh Template SLURM Submit Script ====
# Alokasi limit waktu menjalankan job
Halaman berikut merangkum daftar software komputasi di ALELEON Supercomputer beserta info tutorial dan contoh template SLURM Submit Script-nya.
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////


[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
# Definisi file untuk menampung output terminal program
|-
#SBATCH --output=result-%j.txt
|'''3'''
|
=== Melakukan Job Submission ===
Setelah menulis dan save script, jalankan job submission dengan perintah '''sbatch'''.
'''$ sbatch <''nama-SLURM-Job-script''>.sh'''
Contoh menjalankan script skripsi.sh diatas. Perhatikan bahwa user akan mendapatkan job ID.
$ sbatch '''skripsi.sh'''
Submitted batch job 231
|-
|'''4A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue plus flag -ul $USER. Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Apabila ingin melihat status semua job, jalankan perintah squeue -l.
'''$ squeue -l'''
Info squeue lebih lengkap lihat subbab '''Memonitor Jalannya Job dengan squeue.'''
|-
|'''4B'''
|
=== Membatalkan Job Submission ===
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.


* User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri ''(kecuali user adalah cracker yang bisa menembus akses root ALELEON)''.
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt


'''$ scancel <''job-ID-submission-user''>'''
# Nama input file CP2K yang dijalankan
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
INPUT_FILE="////.inp"
$ scancel '''231'''
|}


== '''4 | Memonitor Jalannya Job dengan squeue''' ==
# Memuat modul software CP2K versi CPU
Sesuai panduan di atas, user dapat memantau status jalannya job submission dengan perintah squeue. Info esensial untuk user adalah STATE dan NODELIST(REASON).
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas  
module load cp2k////


* '''STATE (ST)''' -> memberikan kondisi jalannya program user.
# ----------------------------------------------------
* '''NODELIST(REASON)'''
# Script jalannya program
** NODELIST memberikan nama Compute Node tempat program berjalan.
# ----------------------------------------------------
** REASON memberikan kode alasan saat program user belum / tidak berjalan (PENDING).


# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
|-
|'''2'''
|
===== Menjalankan Job Komputasi =====
Jalankan job dengan perintah sbatch.
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
$ sbatch my_job_submission.sh
|-
|'''3A'''
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ '''squeue -ul $USER'''
Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Daftar STATE squeue SLURM
|+Daftar STATE squeue SLURM
Baris 181: Baris 220:
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|R
| R
|RUN
|RUN
|Job berjalan
| Job berjalan  
|-
|-
|PD
|PD
|PENDING
|PENDING
|Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|-
|CG
| CG
|COMPLETING
|COMPLETING
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
|-
|-
|CA
|CA
|CANCELED
| CANCELED
|Job dibatalkan oleh user
|Job dibatalkan oleh user
|-
|-
|PR
|PR
|PREEMPETED
|PREEMPETED
|Job dibatalkan oleh sys-admin Aleleon, alasan akan dikabarkan melalui email
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
|-
|-
|S
| S
|SUSPENDED
|SUSPENDED  
|Job ditahan oleh sys-admin Aleleon
|Job ditahan oleh admin EFISON
|}
|}
{| class="wikitable"
|+Daftar info REASON pada job PENDING yang telah dikonfirmasi terjadi
!NODELIST
!Penjelasan
|-
|-
|Resources
|'''3B'''
Priority
|
|Job menunggu tersedianya alokasi resources (CPU, RAM, GPU) yang dipesan oleh Submit script user
=====Menghentikan Job Komputasi=====
|-
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
|AssocMaxWallDurationPerJobLimit
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
|Job tidak dapat berjalan karena melewati batas walltime maksimum partisi.
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
 
$ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
* User harus melakukan scancel job yang bersangkutan dan mengubah SBATCH time dibawah limit ALELEON.
Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
|-
$ scancel 231
|QOSMaxCpuPerUserLimit
|Job melewati batas alokasi QOS CPU user.
 
* Job akan berjalan saat alokasi sesuai limit QOS sudah tersedia.
|-
|QOSMaxMemoryPerUserLimit
|Job melewati batas alokasi QOS memori RAM user.
 
* Job akan berjalan saat alokasi sesuai limit QOS sudah tersedia.
|-
|MaxCPUPerAccount
|Job melewati batas alokasi QOS akumulasi CPU semua user di satu grup Akun Institusi.
 
* Job akan berjalan saat alokasi sesuai limit QOS sudah tersedia.
|-
|MaxMemoryPerAccount
|Job melewati batas alokasi QOS akumulasi memori RAM semua user di satu grup Akun Institusi.  
 
* Job akan berjalan saat alokasi sesuai limit QOS sudah tersedia.
|}
|}
User dapat lapor ke admin EFISON apabila menjumpai NODELIST yang tidak terdapat pada daftar diatas ketika job user tidak berjalan.
== '''Support dan Laporan Kendala Penggunaan''' ==
 
== '''5 | Support dan Laporan Kendala Penggunaan''' ==
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]

Revisi terkini sejak 6 April 2024 09.42

Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.

Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix

  1. Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.
  2. Simbol $ menandakan perintah terminal, bracket [ ] menandakan parameter input.
$ command [input-user]

1 | Login SSH

Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer
1
Aktifkan VPN ALELEON Supercomputer.
2
Gunakan software shell preferensi user.
  • Lakukan login ke Login Node dengan kredensial berikut:
Kredensial Login Node Utama
Username dan password Diberikan oleh admin EFISON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.10
Nomor port 22 (default)
Contoh login via terminal:
  • User Windows & MacOS -> $ ssh [username]@aleleon.hpc
  • User Linux -> $ ssh [username]@10.192.50.10
Login Node ALELEON Supercomputer mendukung SSH X11:
User OS Metode
Windows Admin merekomendasi software MobaXTerm Home Edition
MacOS $ ssh -Y [username]@aleleon.hpc
Linux $ ssh -X [username]@10.192.50.10
Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama down:
Kredensial Login Node Backup 1
Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon3.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.13
Nomor port 22 (default)
Kredensial Login Node Backup 2
Tanpa GPU sehingga tidak dapat compiling / install package GPU
Username dan password Diberikan oleh admin ALELEON
Host untuk user Windows / MacOS aleleon2.hpc
Host untuk user Linux 10.192.50.12
Nomor port 22 (default)

2 | Selamat Datang di Login Node

Login SSH membawa user masuk ke Login Node. Pada Login Node, user dapat melakukan:

Manajemen Data dan Folder

User dapat melakukan kegiatan manajemen data:

  • Upload dan download data via software FTP. Info lebih lanjut lihat laman Upload File dengan Aplikasi FTP
  • Mengatur file dan folder via software FTP atau terminal (cd, mkdir, cp, mv, vim, nano, dan lain-lainnya).
  • Kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour.

Mengakses, Compiling, dan Instalasi Software

User dapat melakukan kegiatan mengakses, compiling, dan instalasi software secara lokal di direktori HOME masing-masing.

  • Info lebih detail lihat laman <coming soon>

Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan komputasi ke Compute Node melalui manajemen SLURM.

Keterangan:
  • Dimohon untuk tidak menjalankan komputasi selain compiling di semua jenis Login Node karena mempunyai spesifikasi terbatas dan akan mengganggu user lainnya.
  • Admin EFISON berhak memberikan peringatan kepada user atau menghentikan program user yang memakan semua resources Login Node dalam waktu lama.

3 | Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM

User menjalankan job komputasi ke Compute Node melalui program manajemen atau scheduler SLURM.

Tutorial Spesifik per Software Komputasi

User dapat melihat tutorial menjalankan komputasi masing-masing software komputasi di laman Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Tutorial Umum

Berikut menjabarkan tutorial umum menjalankan komputasi melalui SLURM.

Langkah Menjalankan Komputasi melalui SLURM di Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Menyiapkan File Komputasi

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:

  • File input dan data komputasi.
    • User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
  • Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
Contoh SLURM Submit Script dengan software CP2K 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# CP2K (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file CP2K yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software CP2K versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas 
module load cp2k////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan CP2K
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE}
2
Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch. 

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh. 

$ sbatch my_job_submission.sh
3A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE Kepanjangan Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON
3B
Menghentikan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

  • Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

Support dan Laporan Kendala Penggunaan

Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal&oldid=1454"