Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→3 | Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM: menghapus istilah job submission) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (fix typo) |
||
(6 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) | |||
Baris 2: | Baris 2: | ||
== '''Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix''' == | == '''Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix''' == | ||
Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux. | |||
$ command ''''' | # Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux. | ||
# Simbol '''$''' menandakan perintah terminal, bracket '''[ ]''' menandakan parameter input. | |||
$ '''command''' '''''[input-user]''''' | |||
== '''1 | Login SSH''' == | == '''1 | Login SSH''' == | ||
{| class="wikitable" | |||
!Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer | |||
|- | |||
!1 | |||
|- | |||
| [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''Aktifkan VPN ALELEON Supercomputer''']]. | |||
|- | |||
!2 | |||
|- | |||
|Gunakan software shell preferensi user. | |||
* Lakukan login ke Login Node dengan kredensial berikut: | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Kredensial Login Node Utama | ! colspan="2" |Kredensial Login Node Utama | ||
|- | |- | ||
|'''Username dan password''' | |'''Username dan password''' | ||
|''Diberikan oleh admin | |''Diberikan oleh admin EFISON'' | ||
|- | |- | ||
|'''Host untuk user Windows / MacOS''' | |'''Host untuk user Windows / MacOS''' | ||
Baris 24: | Baris 37: | ||
|- | |- | ||
| colspan="2" |Contoh login via terminal: | | colspan="2" |Contoh login via terminal: | ||
* User | * User Windows & MacOS -> <code>'''$ ssh ''[username]''@aleleon.hpc'''</code> | ||
* User | * User Linux -> <code>'''$ ssh ''[username]''@10.192.50.10'''</code> | ||
|} | |||
|- | |||
! | |||
|- | |- | ||
| | |Login Node ALELEON Supercomputer mendukung '''SSH X11:''' | ||
ALELEON Supercomputer mendukung '''SSH X11''' | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! | !User OS | ||
!Metode | !Metode | ||
|- | |- | ||
|Windows | |Windows | ||
| | |Admin merekomendasi software [https://mobaxterm.mobatek.net/download.html '''MobaXTerm Home Edition'''] | ||
|- | |- | ||
|MacOS | |MacOS | ||
|<code>$ ssh -Y '' | |<code>$ ssh '''-Y''' ''[username]''@aleleon.hpc</code> | ||
|- | |- | ||
|Linux | |Linux | ||
|<code>$ ssh -X '' | |<code>$ ssh '''-X''' ''[username]''@10.192.50.10</code> | ||
|} | |} | ||
|- | |||
! | |||
|- | |||
|Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama ''down'': | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" |Kredensial Login Node | ! colspan="2" |Kredensial Login Node Backup 1 | ||
|- | |- | ||
|'''Username dan password''' | |'''Username dan password''' | ||
Baris 59: | Baris 75: | ||
|'''Nomor port''' | |'''Nomor port''' | ||
|<code>22</code> ''(default)'' | |<code>22</code> ''(default)'' | ||
|} | |} | ||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | ||
! colspan="2" |Kredensial Login Node Backup | ! colspan="2" |Kredensial Login Node Backup 2 | ||
|- | |||
| colspan="2" |''Tanpa GPU sehingga tidak dapat compiling / install package GPU'' | |||
|- | |- | ||
|'''Username dan password''' | |'''Username dan password''' | ||
Baris 79: | Baris 92: | ||
|'''Nomor port''' | |'''Nomor port''' | ||
|<code>22</code> ''(default)'' | |<code>22</code> ''(default)'' | ||
|} | |} | ||
|} | |||
== '''2 | Selamat Datang di Login Node''' == | == '''2 | Selamat Datang di Login Node''' == | ||
[[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|700x700px]] | [[Berkas:Login-node-compute-node-1.png|al=|nirbing|700x700px]] | ||
Baris 89: | Baris 100: | ||
Login SSH membawa user masuk ke '''Login Node.''' Pada Login Node, user dapat melakukan: | Login SSH membawa user masuk ke '''Login Node.''' Pada Login Node, user dapat melakukan: | ||
* Kegiatan | === Manajemen Data dan Folder === | ||
* Menjalankan komputasi ke '''Compute Node''' melalui manajemen SLURM. | User dapat melakukan kegiatan manajemen data: | ||
* Upload dan download data via software FTP. Info lebih lanjut lihat laman '''[[Upload File dengan Aplikasi FTP]]''' | |||
* Mengatur file dan folder via software FTP atau terminal (cd, mkdir, cp, mv, vim, nano, dan lain-lainnya). | |||
* ''Kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour.'' | |||
=== Mengakses, Compiling, dan Instalasi Software === | |||
User dapat melakukan kegiatan mengakses, compiling, dan instalasi software secara lokal di direktori HOME masing-masing. | |||
* Info lebih detail lihat laman '''''<coming soon>''''' | |||
=== Menjalankan Komputasi === | |||
User dapat menjalankan komputasi ke '''Compute Node''' melalui manajemen SLURM. | |||
* Lihat subbab [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#3_|_Menjalankan_Komputasi_ke_Compute_Node_via_SLURM '''Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM'''] | |||
* Mengakses software yang terinstal di ALELEON Supercomputer melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. | * Mengakses software yang terinstal di ALELEON Supercomputer melalui [[Module Environment|'''Module Environment''']]. | ||
Baris 103: | Baris 127: | ||
[[Berkas:Slurmm.png|al=|600x600px]] | [[Berkas:Slurmm.png|al=|600x600px]] | ||
User menjalankan job komputasi melalui '''SLURM''' | User menjalankan job komputasi ke Compute Node melalui program manajemen atau scheduler '''SLURM.''' | ||
=== Tutorial Spesifik per Software Komputasi === | === Tutorial Spesifik per Software Komputasi === | ||
Baris 113: | Baris 137: | ||
Berikut menjabarkan tutorial umum menjalankan komputasi melalui SLURM. | Berikut menjabarkan tutorial umum menjalankan komputasi melalui SLURM. | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! colspan="2" |Langkah | ! colspan="2" |Langkah Menjalankan Komputasi melalui SLURM di Terminal | ||
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]] | |||
|- | |- | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
|Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi | | | ||
=====Menyiapkan File Komputasi===== | |||
Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job: | |||
*File input dan data komputasi. | |||
**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']]. | |||
*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi. | |||
**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>'' | |||
**Info membuat SLURM Submit Script lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']] | |||
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed" | |||
!Contoh SLURM Submit Script dengan software CP2K | |||
|- | |||
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1"> | |||
#!/bin/bash | |||
# ----------------------------------------------------- | |||
# Template SLURM Submit Script | |||
# CP2K (versi CPU) | rev.080124 | |||
# | |||
# NOTES: | |||
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). | |||
# 2. Template ini bersifat referensi. | |||
# User dapat mengubah bagian yang perlu diubah. | |||
# ----------------------------------------------------- | |||
# ----------------------------------------------------- | |||
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module | |||
# ----------------------------------------------------- | |||
# Alokasi jumlah core thread CPU | |||
#SBATCH --ntasks=//// | |||
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) | |||
#SBATCH --mem=////GB | |||
# Alokasi limit waktu menjalankan job | |||
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS | |||
#SBATCH --time=//// | |||
# Definisi file untuk menampung output terminal program | |||
#SBATCH --output=result-%j.txt | |||
# Definisi file untuk menampung output error log | |||
#SBATCH --error=error-%j.txt | |||
# Nama input file CP2K yang dijalankan | |||
INPUT_FILE="////.inp" | |||
# Memuat modul software CP2K versi CPU | |||
# Daftar modul lihat subbab "Modul CP2K" di atas | |||
module load cp2k//// | |||
# ---------------------------------------------------- | |||
# Script jalannya program | |||
# ---------------------------------------------------- | |||
# Perintah menjakankan CP2K | |||
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} cp2k.zen2 ${INPUT_FILE} | |||
</syntaxhighlight> | |||
|} | |||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
| | | | ||
===== Menjalankan Job Komputasi ===== | |||
Jalankan job dengan perintah sbatch. | |||
$ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>''''' | $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>''''' | ||
Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>. | Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>. | ||
$ sbatch my_job_submission.sh | $ sbatch my_job_submission.sh | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''3A''' | ||
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut. | |User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut. | ||
*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu. | *Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu. | ||
Baris 145: | Baris 220: | ||
!Penjelasan | !Penjelasan | ||
|- | |- | ||
|R | | R | ||
|RUN | |RUN | ||
|Job berjalan | | Job berjalan | ||
|- | |- | ||
|PD | |PD | ||
|PENDING | |PENDING | ||
|Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)' | |Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']] | ||
|- | |- | ||
|CG | | CG | ||
|COMPLETING | |COMPLETING | ||
|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM | |Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM | ||
|- | |- | ||
|CA | |CA | ||
|CANCELED | | CANCELED | ||
|Job dibatalkan oleh user | |Job dibatalkan oleh user | ||
|- | |- | ||
Baris 165: | Baris 240: | ||
|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email | |Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email | ||
|- | |- | ||
|S | | S | ||
|SUSPENDED | |SUSPENDED | ||
|Job ditahan oleh admin EFISON | |Job ditahan oleh admin EFISON | ||
|} | |} | ||
|- | |- | ||
|''' | |'''3B''' | ||
|Apabila user ingin membatalkan job | | | ||
=====Menghentikan Job Komputasi===== | |||
Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID. | |||
*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID. | *Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID. | ||
*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri. | *User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri. |
Revisi terkini sejak 6 April 2024 09.42
Halaman ini menjelaskan tutorial menggunakan ALELEON Supercomputer via terminal.
Standar Kompetensi dan Persetujuan Prefix
- Tutorial ini mengasumsikan user dapat mengoperasikan terminal Linux.
- Simbol $ menandakan perintah terminal, bracket [ ] menandakan parameter input.
$ command [input-user]
1 | Login SSH
Langkah Login SSH ALELEON Supercomputer | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ||||||||||||||||||||||
Aktifkan VPN ALELEON Supercomputer. | ||||||||||||||||||||||
2 | ||||||||||||||||||||||
Gunakan software shell preferensi user.
| ||||||||||||||||||||||
Login Node ALELEON Supercomputer mendukung SSH X11:
| ||||||||||||||||||||||
Berikut kredensial Login Node backup ketika yang utama down:
|
2 | Selamat Datang di Login Node
Login SSH membawa user masuk ke Login Node. Pada Login Node, user dapat melakukan:
Manajemen Data dan Folder
User dapat melakukan kegiatan manajemen data:
- Upload dan download data via software FTP. Info lebih lanjut lihat laman Upload File dengan Aplikasi FTP
- Mengatur file dan folder via software FTP atau terminal (cd, mkdir, cp, mv, vim, nano, dan lain-lainnya).
- Kegiatan ini tidak mengurangi Kredit Core Hour.
Mengakses, Compiling, dan Instalasi Software
User dapat melakukan kegiatan mengakses, compiling, dan instalasi software secara lokal di direktori HOME masing-masing.
- Info lebih detail lihat laman <coming soon>
Menjalankan Komputasi
User dapat menjalankan komputasi ke Compute Node melalui manajemen SLURM.
- Lihat subbab Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM
- Mengakses software yang terinstal di ALELEON Supercomputer melalui Module Environment.
Keterangan:
|
3 | Menjalankan Komputasi ke Compute Node via SLURM
User menjalankan job komputasi ke Compute Node melalui program manajemen atau scheduler SLURM.
Tutorial Spesifik per Software Komputasi
User dapat melihat tutorial menjalankan komputasi masing-masing software komputasi di laman Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan:
Tutorial Umum
Berikut menjabarkan tutorial umum menjalankan komputasi melalui SLURM.
Langkah Menjalankan Komputasi melalui SLURM di Terminal | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
Menyiapkan File KomputasiSiapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
| |||||||||||||||||||||
2 |
Menjalankan Job KomputasiJalankan job dengan perintah sbatch. $ sbatch <nama-SLURM-Submit-script> Contoh menjalankan nama script $ sbatch my_job_submission.sh | |||||||||||||||||||||
3A | User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
$ squeue -ul $USER Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
| |||||||||||||||||||||
3B |
Menghentikan Job KomputasiApabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
$ scancel <job-ID-submission-user> Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. $ scancel 231 |
Support dan Laporan Kendala Penggunaan
Apabila terdapat masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.